Kamerun yerli ve melez sığırlarında mtDNA sitokrom B geni haplotip çeşitliliğinin analizi
mtDNA cytochrome B gene haplotype diversity among native and cross breed cattle in Cameroon
- Tez No: 804920
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EVREN KOBAN BAŞTANLAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Zooloji, Biology, Genetics, Zoology
- Anahtar Kelimeler: sığır, Kamerun, filogenetik, cytB, mtDNA, cattle, Cameroon, phylogenetics, cytB, mtDNA
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 71
Özet
Bu çalışmada, Kamerun (Afrika) yerli sığırı Gudali ile Simgud melez sığırının mitokondriyal DNA genetik çeşitliliği sitokrom B geninin dizisinin yaklaşık 1050 bp uzunluğundaki bölgesi üzerinden incelenmiştir. Gudali yerli sığırı çevre koşullarına ve bölge hastalıklarına dirençli olsa da verimliliği düşüktür. Egzotik ve yüksek verimli ırklar da Kamerun'un coğrafi ve iklim koşullarında ve bölge hastalıkları dâhilinde uyum sağlayamamaktadır. Yerel çiftçilerin aldıkları verimi ve gelirlerini artırmak için yerel sığır ırklarının ıslah edilmesi gerekmektedir. Islah çalışmalarının ilk adımı genetik karakterizasyondur. Kamerun Tarım Bakanlığı'nın bir birimi olan SODEPA'nın kontrol ettiği sığır yetiştiriciliği, yerli ırkların yerel adaptasyon özelliklerini, egzotik ırkların yüksek büyüme oranı potansiyeli ile birleştirmek için melezleme kullanımına dayanmaktadır. Soyağacı kaydı nadirdir, bu da bilinçli üreme kararları vermenin bir yolu olmadığı anlamına gelir. Bu durumu değiştirmek için SODEPA Afrika Bankası ile bir adım atmış ve yerel sığırların tespiti, filegenetik analizi, genomik tanımlamasını gerçekleştirmek üzere çalışma başlatmıştır. Çalışma verileri genomik seleksiyon yaparak yerel ırkların iyileştirilmesi için bir plan hazırlanması için kullanılacaktır. Gerçekleştirdiğimiz bu tez çalışması SODEPA projesinden desteklenmiştir. Toplam 89 örneğin analiz edildiği bu çalışmada, örneklerin sığır T1 haplotipi ile gruplandığı tespit edilmiştir. Median-Joining Network Analizinde merkezi haplotip etrafına bundan farklılaşan haplotipler yıldız şeklinde dizilmişlerdir. Yıldız şeklindeki yayılım, popülasyon genişlemesini işaret eden Tajima'nın D'si hesaplamasıyla uyumludur. Toplamda birbirleri ile yakın ilişkili 20 haplotip gözlenmiştir. Haplotip çeşitliliği, Hd: 0,483 olarak ve nükleotit çeşitliliği de Pi: 0,00077±0,00015 olarak hesaplanmıştır. İkili karşılaştırmalarda ortalama nükleotit farklılığı da k: 0,80695 olarak bulunmuştur. SODEPA'nın Kamerun sığırlarının genomik karakterizasyonu ve ıslah çalışmaları için başlattığı geniş kapsamlı projenin bir parçası olarak, 89 örnek analiz edilmiştir. İncelenen örnekler mtDNA T1 haplotipine ait olsalar da varyasyon göstermektedirler. Bu durum, genomik seleksiyona zemin oluşturacak çeşitliliğin yakalanması ve ıslah programı geliştirilmesi için umut vaat etmektedir. Çalışma sonuçlarının, bu örneklerle yapılacak diğer analizlerle birlikte değerlendirilmesi gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study, phylogenetic analysis of Cameroon (Africa) native cattle Gudali and Simgud cross breed was carried based on approximately 1050 bp region of mitochondrial DNA cytochrome B gene sequence. Although Gudali native cattle are resistant to environmental conditions and regional diseases, their productivity is low. However, exotic and highly productive breeds cannot adapt to the geographical and climatic conditions of Cameroon and the diseases of the region. Local cattle breeds need to be improved in order to increase the yield and income of local farmers. The very first step in developing a breeding program is genetic characterization. Cattle breeding in Cameroon is controlled by SODEPA, a division of the Ministry, which relies on the use of crossbreeding to combine the local adaptation characteristics of native breeds with the high growth rate potential of exotic breeds. Pedigree records are rare, which means there is no way to make informed breeding decisions. To change this situation, SODEPA took a step with the African Bank and launched projects for identification, genetic and genomic characterization of local cattle in government ranches. Study data will be used to prepare a plan for the improvement of local breeds by performing genomic selection. This thesis study is funded by this SODEPA project. In this study, a total of 89 samples were analyzed, 20 haplotypes were identified and all the samples belonged to bovine T1 haplotype. Median-Joining Network Analysis revealed one central haplotype and a star shape relationship between the other haplotypes differing by few mutations from the central one. The star-shaped spread is consistent with Tajima's D calculation, which indicates population expansion. Haplotype diversity was calculated as Hd: 0.483 and nucleotide diversity as Pi: 0.00077±0.00015. The mean pairwise nucleotide difference was found to be k: 0.80695. As part of a large-scale project initiated by SODEPA for the genomic characterization and breeding studies of Cameroonian cattle, 89 samples were analyzed. Although the samples examined belong to the mtDNA T1 haplotype, they showed variation. This is promising for capturing the diversity that will form the basis for genomic selection and developing a sustainable breeding program. The results of the study should be evaluated together with the other analyzes (SNP genotyping, genetic variation among productivity traits and disease resistance traits..) to be carried out using the same samples.
Benzer Tezler
- Kamerun yerli ve melez sığırlarında mtDNA D-loop bölgesinin haplotip çeşitliliğinin analizi
mtDNA D loop region haplotype diversity among native and cross breed cattle in Cameroon
ÇİSEL NİSAN
- Sayısal arazi modeline dayalı hidrolojik analizler ile sel riski haritaları oluşturma: Kamerun Douala uygulaması
Flood risk maps by using hydrological analysis based on digital elevation models: Case study in Douala Cameroon
AMADOU GBETNKOM PETOUONCHI
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Mühendislik BilimleriKonya Teknik ÜniversitesiHarita Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM ÖZTUĞ BİLDİRİCİ
- İbn Arabi'de harf ve sayı sembolizmi (İlm-i huruf)
Letter and number symbolism in İbn Arabî (İlm-i huruf)
MEHMET SADIK GÜR
Doktora
Türkçe
2024
Dil ve Konuşma TerapisiAnkara ÜniversitesiTemel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VAHİT GÖKTAŞ
- The Long Ride of OK, a picture book in stories
OK'un Uzun Yolları, öykülü resim kitabı
BURCU GİZEM KORAY
- Assessment of English language teaching/learning in Cameroon bilingual schools: A case study of two high schools
Kamerun çift dilli okullarında İngilizce öğretim/öğreniminin değerlendirilmesi: İki lise örneği
JEFF KENNY ELANGWE
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Eğitim ve Öğretimİstanbul Aydın Üniversitesiİngiliz Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AKBAR RAHIMI ALISHAH