Kamerun yerli ve melez sığırlarında mtDNA D-loop bölgesinin haplotip çeşitliliğinin analizi
mtDNA D loop region haplotype diversity among native and cross breed cattle in Cameroon
- Tez No: 792711
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EVREN KOBAN BAŞTANLAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Zooloji, Genetics, Zoology
- Anahtar Kelimeler: Sığır, Kamerun, filogenetik, cytB, mtDNA, Cattle, Cameroon, phylogenetics, cytB, mtDNA
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Bu çalışmada, Kamerun (Afrika) yerli sığırı Gudali ile Simgud melez sığırının mitokondriyal DNA genetik çeşitliliği mtDNA D-loop bölgesinin dizisinin yaklaşık 880 bp uzunluğundaki bölgesi üzerinden incelenmiştir. Gudali yerli sığırı çevre koşullarına ve bölge hastalıklarına dirençli olsa da verimliliği düşüktür ve Bakanlık tarafından ıslah programı geliştirilmek hedefi konulmuştur. Islah çalışmalarının ilk adımı genetik karakterizasyondur. SODEPA Afrika Bankası ile bir adım atmış ve yerel sığırların tespiti, filegenetik analizi, genomik tanımlamasını gerçekleştirmek üzere çalışma başlatmıştır. Çalışma verileri genomik seleksiyon yaparak yerel ırkların iyileştirilmesi için bir plan hazırlanması için kullanılacaktır. Gerçekleştirdiğimiz bu tez çalışması SODEPA projesinden desteklenmiştir. Toplam 74 örneğin analiz edildiği bu çalışmada, örneklerin sığır T1 haplotipi ile gruplandığı tespit edilmiştir. Median-Joining Network Analizinde merkezi bir haplotip gözlenmemiş, birbirlerinden az sayıda mutasyonla farklılaşan haplotiplerin ilişki ağı ortaya çıkmıştır. Simgud populasyonunda 20 bireye ait 883 baz çift uzunluğundaki diziler 27 mutasyonla farklılaşmışlardır ve 19 haplotip gözlenmiştir. Bu popülasyon verileri üzerinden hesaplanan nükleotid çeşitliliği 0,00547 ve haplotip çeşitliliği ise hd: 0.995'tir. İkili karşılaştırmalarda bulunan ortalama nükleotid farklılığı ise k: 4,82105 olarak hesaplanmıştır. Gudali populasyonunda 54 bireye ait 883 baz çift uzunluğundaki diziler birbirlerinden 42 lokusta 43 mutasyonla farklılaşmışlardır. Toplam 43 haplotip gözlenmiştir. Bu popülasyon verileri üzerinden hesaplanan nükleotid çeşitliliği 0,00431 ve haplotip çeşitliliği 0.984 olarak tespit edilmiştir. İkili karşılaştırmalarda bulunan ortalama nükleotid farklılığı ise k: 3,79 olarak hesaplanmıştır. SODEPA'nın Kamerun sığırlarının genomik karakterizasyonu ve ıslah çalışmaları için başlattığı geniş kapsamlı projenin bir parçası olarak, 75 örnek analiz edilmiştir. Gözlenen yüksek varyasyon, genomik seleksiyona zemin oluşturacak çeşitliliğin yakalanması ve ıslah programı geliştirilmesi için umut vaat etmektedir. Çalışma sonuçlarının, bu örneklerle yapılacak diğer analizlerle birlikte değerlendirilmesi gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study, phylogenetic analysis of Cameroon (Africa) native cattle Gudali and Simgud cross breed was carried based on approximately 880 bp region of mitochondrial DNA D-loop partial sequence. Although Gudali local cattle are resistant to environmental conditions and regional diseases, their productivity is low and the Ministry has set the goal of developing a breeding program. The first step in breeding studies is genetic characterization. SODEPA took a step with the African Bank and started work to perform the identification, phylogenetic analysis, genomic identification of local cattle. Study data will be used to prepare a plan for the improvement of local breeds by performing genomic selection. This thesis we have carried out has been supported by the SODEPA project. In this study, a total of 74 samples were analyzed, and compared to reference squences, bovine T1 haplotype was common. In the Median-Joining Network Analysis, a central haplotype was not observed, and a network of haplotypes that differed from each other with few mutations. In the Simgud population, 883 base pairs long sequences from 20 individuals were differentiated by 27 mutations and 19 haplotypes were observed. The nucleotide diversity calculated from these population data is 0.00547 and the haplotype diversity is hd: 0.995. The mean nucleotide difference in pairwise comparisons was calculated as k: 4.82105. In the Gudali population, 883 base pairs of sequences from 54 individuals differed from each other with 43 mutations at 42 loci. A total of 43 haplotypes were observed. The nucleotide diversity calculated from these population data was determined as 0.00431 and the haplotype diversity as 0.984. The mean nucleotide difference in pairwise comparisons was calculated as k: 3.79. The 75 samples were analyzed analyzed in this thesis project as part of a large-scale project initiated by SODEPA for the genomic characterization and breeding studies of Cameroonian cattle. The observed high variation is promising for capturing the diversity that will form the basis for genomic selection and developing a breeding program. The results of the study should be evaluated together with other analyzes to be made with these samples.
Benzer Tezler
- Kamerun yerli ve melez sığırlarında mtDNA sitokrom B geni haplotip çeşitliliğinin analizi
mtDNA cytochrome B gene haplotype diversity among native and cross breed cattle in Cameroon
SEÇİL ÜNALDI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiEge ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EVREN KOBAN BAŞTANLAR
- Sayısal arazi modeline dayalı hidrolojik analizler ile sel riski haritaları oluşturma: Kamerun Douala uygulaması
Flood risk maps by using hydrological analysis based on digital elevation models: Case study in Douala Cameroon
AMADOU GBETNKOM PETOUONCHI
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Mühendislik BilimleriKonya Teknik ÜniversitesiHarita Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM ÖZTUĞ BİLDİRİCİ
- İbn Arabi'de harf ve sayı sembolizmi (İlm-i huruf)
Letter and number symbolism in İbn Arabî (İlm-i huruf)
MEHMET SADIK GÜR
Doktora
Türkçe
2024
Dil ve Konuşma TerapisiAnkara ÜniversitesiTemel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VAHİT GÖKTAŞ
- The Long Ride of OK, a picture book in stories
OK'un Uzun Yolları, öykülü resim kitabı
BURCU GİZEM KORAY
- Assessment of English language teaching/learning in Cameroon bilingual schools: A case study of two high schools
Kamerun çift dilli okullarında İngilizce öğretim/öğreniminin değerlendirilmesi: İki lise örneği
JEFF KENNY ELANGWE
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Eğitim ve Öğretimİstanbul Aydın Üniversitesiİngiliz Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AKBAR RAHIMI ALISHAH