Biyoinformatik analizler ile yeni bitkisel tatli proteinlerin belirlenmesi ve seçilen bir adayin rekombinant üretiminin incelenmesi
Identification of novel sweet plant proteins using bioinformatics and investigation of the recombinant production of a selected candidate
- Tez No: 804922
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BURCU KAPLAN TÜRKÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
Bitkisel tatlı proteinlerin gıdalarda günümüzde kullanılan tatlandırıcıların yerine kullanılmasının sağlık açısından önemi açıktır. Tatlı bitkisel proteinler arasında en çok çalışılan, rekombinant üretimi ve mühendisliği üzerine çok sayıda araştırma yapılmış protein thaumatindir. Bu tez çalışmasında ilk aşamada tatlı bitkisel proteinlere yüksek dizi benzerliği olan protein dizileri biyoinformatik metotlarla açığa çıkarılmıştır. Yapılan veritabanı aramaları sonucunda mabinlin ve thaumatin dizilerine benzerliği yüksek ve filogenetik olarak yakın ailelerden olan iki yeni bitkisel tatlı protein adayı belirlenmiştir. Çalışmanın ikinci kısmında ise, bu belirlenen adaylardan thaumatin benzeri proteinin E.coli rekombinant protein üretim sisteminde üretimini incelenmiştir. Acer yangbiense bitkisi genomunda kodlanan thaumatin benzeri proteininin E.coli konakçısına klonlanması ve rekombinant üretimi ilk defa bu tez çalışması ile incelenmiştir. Konakçıya göre kodon optimize olarak sentezlettirilen gen bölgesi pET151/D-Topo plazmidine klonlanmış ve farklı E.coli suşları ile protein üretimi incelenmiştir. Yapılan tüm denemelerde recombinant protein üretimi tespit edilememiş, bu da E.coli konakçısının bu bitki proteinini üretmeye uygun olmadığını ortaya çıkarmıştır. Böylece, bu çalışma ile uzun vadede yapılacak çalışmalarda başka bir konakçı hücre ile devam edilmesi gerekliliği anlaşılmış, bu açıdan yapılan bu tez çalışması sonraki çalışmalara ışık tutmuştur.
Özet (Çeviri)
Use of plant sweet proteins instead of the sweeteners used in foods today is important for health. Among the sweet plant proteins, the most studied protein is thaumatin, with numerous studies on recombinant production and engineering. In this thesis, in the first stage, protein sequences with high sequence similarity to sweet plant proteins were revealed by bioinformatic methods. As a result of the database searches, two new putative plant sweet protein candidates with high similarity to mabinlin and thaumatin sequences from phylogenetically close families were determined. In the second part of the study, the production of thaumatin-like protein from these determined candidates in the E.coli recombinant protein production system was investigated. The cloning and recombinant production of thaumatin-like protein encoded in the genome of Acer yangbiense plant into the E.coli host was investigated for the first time in this thesis study. The gene region, which was codon optimized according to the host, was cloned into the pET151/D-Topo plasmid and protein production with different E.coli strains was investigated. Recombinant protein production could not be detected in any of many different induction conditions, which revealed that the E.coli host is not suitable for producing this plant protein. Thus, with this study, it was understood that it is necessary to continue with another host cell in studies to be carried out in the long term for the recombinant production of these novel sweet plant proteins. Therefore, this thesis study conducted in this respect shed light on future studies.
Benzer Tezler
- Design of a sequence based miRNA clustering method; analysis of fungal milrnas and host organism target genes
Sekansa dayalı bir mirna kümeleme yöntemi tasarımı; bitki mantar miRNAları analizleri ve konaktaki hedef genleri
KÜBRA NARCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHİNUR S AKKAYA
DOÇ. DR. HASAN OĞUL
- Prostat kanserinde rol oynayan potansiyel mrna:mirna:lncrna' ların etkileşim ağının biyoinformatik analizler ile belirlenmesi
Identification of potential mrnas:mirnas:lncrnas network involved in prostate cancer by bioinformatics analysis
ÇAĞDAŞ AKTAN
Doktora
Türkçe
2023
Bilim ve TeknolojiEge ÜniversitesiSağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BUKET KOSOVA
- İdiyopatik epiretinal membranı olan hastaların vitreus örneklerinin proteomiks yöntemi ile değerlendirilmesi
In patients with idiopathic epiretinal membrane, vitreous samples of patients with proteomics method
FATMA SÜMER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Göz HastalıklarıKocaeli ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VEYSEL LEVENT KARABAŞ
- Kronik lenfositik lösemi B hücreleri ve normal B hücrelerinin karşilaştirmali proteomik analizi ile yeni biyobelirteçlerin belirlenmesi
Determination of new biomarkers by comparative proteomic analysis of chronic lymphocytic leukemia B cells and normal B cells
AYŞE CANER
- Yaşa bağlı maküla dejenerasyonu olan hastalarda vitreus örneklerindeki protein içeriğinin değerlendirilmesi
Quanti̇ti̇ve proteomi̇c analysi̇s of vi̇treous i̇n age related macular degenerati̇on
HAMZA KÖSE
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Göz HastalıklarıKocaeli ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VEYSEL LEVENT KARABAŞ