Modeling cellular processes with patika
Patika ile hücresel olayların incelenmesi
- Tez No: 112545
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN ATALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: biyoinformatik, hücresel yolaklar, nesneye dayalı veritabanı, özdevimli yerleşim, ontoloji, bioinformatics, cellular pathways, object oriented database, automated layout, ontology. IV, Ontology
- Yıl: 2001
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET PATİKA İLE HÜCRESEL OLAYLARIN MODELLENMESI Emek Demir, B.S., Bilkent Üniversitesi Molekuler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Tezi Tez Yöneticisi: Yardimci Doçent Dr. Rengül Çetin Atalay 19 Eylül 2001, 60 sayfa Çeşitli genomların DNA dizilerinin ortaya çıkarılmasıyla, bilimsel ilgi, genomların işlevlerinin büyük ölçekli çalışmalarla çözümlenmesinde yoğunlaşmaktadır. Bu tür proteom çalışmaları sonucu, yakın gelecekte hücresel olaylar hakkındaki bilgimiz artan bir ivmeyle çoğalacaktır. Bu verileri saklayacak, birleştirecek, erişimini ve çözümlenmesini sağlayacak araçların geliştirilmesi öncelikli gerekesinimlerden biridir. Bu çalışmada, hücresel işlemlerin modellenmesi için yeni bir ontoloji tanımlanmaktadır. Önerilen ontoloji, yeni bilgilerin eklenmesini ve parçalı ya da eksik verilerin birleştirilmesini sağlamasının yanısıra, varolan modelin değiştirilmesine ve birden çok düzeyde soyutlanabilmesine olanak tanımaktadır. PATİKA bu ontoloji üzerine kurulmuş tümleşik bir hücresel yolak modelleme ortamıdır. PATİKA, sunucu tarafında nesneye-dayalı, ölçeklenebilir bir veri tabanı ve istemci tarafında görsel düzenleyiciler ile çok kullanıcılı bir ortam sunmaktadır. PATİKA ayrıca özdevimli patika yerleşimi, işlevesel hesaplama desteği, ileri sorgulama olanakları ve kullanıcı dostu görsel arabirim gibi özellikleri de içermektedir. PATIKA'nm gelecekte hızlı bilgi edinimi, geniş ölçekli verilerin yorumlanması, ilaç tasarımı ve hastalık-gen ilişkilerinin belirlenmesi gibi alanlarda önemli bir araç olmasını bekliyoruz.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT MODELING CELLULAR PROCESSES WITH PATİKA Emek Demir, B.S., Bilkent University M.S. In Molecular Biology and Genetics Supervisor: Assistant Professor Rengül Çetin Atalay 19 September 2001, 60 pages Availability of the sequences of entire genomes shifts the scientific curiosity toward the identification of function of the genomes in large scale as in genome studies. In the near future data produced about cellular processes at molecular level will accumulate with an accelerating rate as a result of proteomics studies. In this regard, it is essential to develop tools for storing, integrating, accessing, and analyzing this data effectively. We define an ontology for a comprehensive representation of cellular events. The model presented here enables integration of fragmented or incomplete pathway information and supports manipulation and incorporations of the stored data, as well as multiple levels of abstraction. Based on this model, we present an integrated environment named PATİKA (Pathway Analysis Tool for Integration and Knowledge Acquisition). PATİKA is composed of a server-side, scalable, object-oriented database and client-side editors to provide an integrated, multi-user environment for visualizing and manipulating network of cellular events. This tool features automated pathway layout, functional computation support, advanced querying and a user-friendly graphical interface. We expect that PATİKA will be a valuable tool for rapid knowledge acquisition; micro array generated large-scale data interpretation; disease gene identification and drug development.
Benzer Tezler
- An ontology for computer-aided modeling of cellular processes
Bilgisayar destekli hücresel yolak modellemesi
EMEK DEMİR
Doktora
İngilizce
2005
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Silikozis hastalarında sfingolipid metabolizmasının araştırılması
Investigation of sphingolipid metabolism in silicosis patients
NESLİHAN KAPLAN
Doktora
Türkçe
2025
Farmasötik ToksikolojiHacettepe ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SUNA SABUNCUOĞLU
- Esnek imalat istemlerinde hücre oluşturma problemine 0-1 tamsayılı programlama ile modelleme yaklaşımı
Modeling approach with 0-1 integer programming for cell formation in flexible manufacturing systems
SÜLEYMAN ERTAN TANSÖKER
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
İşletmeİstanbul Teknik Üniversitesiİşletme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEMRA DURMUŞOĞLU
- Investigation of the mechanisms of hERG1 blocker toxins as anti-cancer agent with molecular modeling techniques
Anti kanser ajan olarak hERG1 bloker toksinlerin etkime mekanizmalarının moleküler modelleme teknikleri ile incelenmesi
BERİL ÇOLAK GÜNAY
Doktora
İngilizce
2024
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Rastgele markov alanları ve hücresel sinir ağları ile görüntü işleme
Image processing with markow random fields and cellular neural networks
MAHMUT ŞAMİL SAĞIROĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2001
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiElektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN NURİ UÇAN