Modeling cellular processes with patika
Patika ile hücresel olayların incelenmesi
- Tez No: 112545
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN ATALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: biyoinformatik, hücresel yolaklar, nesneye dayalı veritabanı, özdevimli yerleşim, ontoloji, bioinformatics, cellular pathways, object oriented database, automated layout, ontology. IV
- Yıl: 2001
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 61
Özet
ÖZET PATİKA İLE HÜCRESEL OLAYLARIN MODELLENMESI Emek Demir, B.S., Bilkent Üniversitesi Molekuler Biyoloji ve Genetik Yüksek Lisans Tezi Tez Yöneticisi: Yardimci Doçent Dr. Rengül Çetin Atalay 19 Eylül 2001, 60 sayfa Çeşitli genomların DNA dizilerinin ortaya çıkarılmasıyla, bilimsel ilgi, genomların işlevlerinin büyük ölçekli çalışmalarla çözümlenmesinde yoğunlaşmaktadır. Bu tür proteom çalışmaları sonucu, yakın gelecekte hücresel olaylar hakkındaki bilgimiz artan bir ivmeyle çoğalacaktır. Bu verileri saklayacak, birleştirecek, erişimini ve çözümlenmesini sağlayacak araçların geliştirilmesi öncelikli gerekesinimlerden biridir. Bu çalışmada, hücresel işlemlerin modellenmesi için yeni bir ontoloji tanımlanmaktadır. Önerilen ontoloji, yeni bilgilerin eklenmesini ve parçalı ya da eksik verilerin birleştirilmesini sağlamasının yanısıra, varolan modelin değiştirilmesine ve birden çok düzeyde soyutlanabilmesine olanak tanımaktadır. PATİKA bu ontoloji üzerine kurulmuş tümleşik bir hücresel yolak modelleme ortamıdır. PATİKA, sunucu tarafında nesneye-dayalı, ölçeklenebilir bir veri tabanı ve istemci tarafında görsel düzenleyiciler ile çok kullanıcılı bir ortam sunmaktadır. PATİKA ayrıca özdevimli patika yerleşimi, işlevesel hesaplama desteği, ileri sorgulama olanakları ve kullanıcı dostu görsel arabirim gibi özellikleri de içermektedir. PATIKA'nm gelecekte hızlı bilgi edinimi, geniş ölçekli verilerin yorumlanması, ilaç tasarımı ve hastalık-gen ilişkilerinin belirlenmesi gibi alanlarda önemli bir araç olmasını bekliyoruz.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT MODELING CELLULAR PROCESSES WITH PATİKA Emek Demir, B.S., Bilkent University M.S. In Molecular Biology and Genetics Supervisor: Assistant Professor Rengül Çetin Atalay 19 September 2001, 60 pages Availability of the sequences of entire genomes shifts the scientific curiosity toward the identification of function of the genomes in large scale as in genome studies. In the near future data produced about cellular processes at molecular level will accumulate with an accelerating rate as a result of proteomics studies. In this regard, it is essential to develop tools for storing, integrating, accessing, and analyzing this data effectively. We define an ontology for a comprehensive representation of cellular events. The model presented here enables integration of fragmented or incomplete pathway information and supports manipulation and incorporations of the stored data, as well as multiple levels of abstraction. Based on this model, we present an integrated environment named PATİKA (Pathway Analysis Tool for Integration and Knowledge Acquisition). PATİKA is composed of a server-side, scalable, object-oriented database and client-side editors to provide an integrated, multi-user environment for visualizing and manipulating network of cellular events. This tool features automated pathway layout, functional computation support, advanced querying and a user-friendly graphical interface. We expect that PATİKA will be a valuable tool for rapid knowledge acquisition; micro array generated large-scale data interpretation; disease gene identification and drug development.
Benzer Tezler
- An ontology for computer-aided modeling of cellular processes
Bilgisayar destekli hücresel yolak modellemesi
EMEK DEMİR
Doktora
İngilizce
2005
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Silikozis hastalarında sfingolipid metabolizmasının araştırılması
Investigation of sphingolipid metabolism in silicosis patients
NESLİHAN KAPLAN
Doktora
Türkçe
2025
Farmasötik ToksikolojiHacettepe ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SUNA SABUNCUOĞLU
- Quantitative kinetic modelling of signaling pathways regulating pluripotency
Pluripotensiyi regüle eden sinyal yolaklarının kantitatif kinetik modellenmesi
SİMGE ŞENGÜL BABAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR PİR
- Assessment of the protein assembly modeling strategies
Protein kompleks modelleme yaklaşımlarının değerlendirmesi
BURCU ÖZDEN YÜCEL
Doktora
İngilizce
2024
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK
- Yağ asidi metabolizmasında görevli proteinlerin FoxO3a ile etkileşiminin in silico yöntemlerle incelenmesi
Examining the interaction of the fatty acid metabolism proteins with the FoxO3a by using in silico methods
İLKE SARAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Bilim ve Teknolojiİstanbul Kültür ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PELİN ÖZFİLİZ KILBAŞ