Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında kolistin direncinin flow sitometri yöntemi ile araştırılması
Carbapenem resistant klebsiella pneumoniae strains' investigation of colistin resistance by flow cytometry
- Tez No: 806359
- Danışmanlar: PROF. DR. BETİGÜL ÖNGEN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 96
Özet
Çalışmamızda, karbapeneme dirençli Klebsiella pneumoniae (KRKP) gibi dirençli bakteri enfeksiyonu olan hastaların tedavisine doğru antibiyotikle ve en kısa sürede başlanmasına olanak sağlamak üzere KRKP izolatlarında kolistin direncinin flow sitometri (FCM) yöntemiyle doğru ve hızlı bir şekilde saptanıp saptanamadığı ve bu yöntemin klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında rutin kullanıma uygun olup olmadığının araştırılması amaçlanmıştır. İstanbul Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Bakteriyoloji laboratuvarına rutin inceleme amacı ile gönderilen klinik hasta örneklerinden izole edilmiş ve rutin yöntemlerle karbapeneme dirençli olduğu belirlenmiş 85 K. pneumoniae suşu çalışma kapsamına alınmıştır. Çalışmada K. pneumoniae suşlarının tür düzeyinde tanımlanması ayrıca karbapenem ve diğer antibiyotiklere direncinin saptanması için VITEK 2 otomatize sistemi kullanılmıştır. Karbapeneme dirençli olduğu doğrulanan 85 K. pneumoniae suşunun kolistin için MİK değerleri, referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon (SMD) yöntemiyle saptanmıştır. SMD yönteminde pozitif ve negatif kontrol olarak sırasıyla Escherichia coli NCTC 13846 (mcr-1 +) ve Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 suşları kullanılmıştır. Kolistin duyarlılığının saptanması için ayrıca flow sitometri (FCM) yöntemi uygulanmış ve hücreler canlı/ölü olarak katagorize edilmiştir. Canlı/ölü hücre ayrımı için, antibiyotik muamelesinin neden olduğu bakteriyel membran potansiyel değişikliklerini saptayabilen DiBAC₄(3) floresan boyası kullanılmıştır. KRKP suşlarının tamamı sefazolin, sefuroksim, seftazidim ve piperasilin/tazobaktama, %98,8'i siprofloksasine, %88,2'si amikasine, %87'si trimetoprim/sülfametoksazole ve %83,5'i gentamisine dirençli bulunmuştur. SMD yöntemi ile 68'i (%80) kolistine dirençli, 17'si (%20) kolistine duyarlı bulunan suşların MİK₅₀ değerinin 16 μg/ml, MİK₉₀ değerinin ise 32 μg/ml olduğu saptanmıştır. FCM yöntemi referans yöntemle karşılaştırıldığında her iki yöntem arasındaki kategorik uyumun %98,8 olduğu ayrıca FCM yönteminin özgüllüğünün %94, duyarlılığının %100, pozitif prediktif değerinin %98,5 ve negatif prediktif değerinin ise %100 olduğu belirlenmiştir. FCM yöntemi ile kolistin duyarlılık sonuçları ortalama 2 saatte elde edilmiştir. Sonuç olarak, FCM yönteminin K. pneumoniae suşlarında kolistin direncinin saptanmasında hızlı ve güvenilir bir yöntem olduğu ve klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında alternatif bir duyarlılık testi olarak kullanılabileceği görülmüştür.
Özet (Çeviri)
In our study, it was aimed to investigate whether colistin resistance in carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae (CRKP) isolates can be detected accurately and quickly by flow cytometry (FCM) to allow the treatment of patients to be started with the right antibiotic and as soon as possible, and whether this method is suitable for routine use in clinical microbiology laboratories. Eighty five K. pneumoniae strains isolated from clinical patient samples sent to Istanbul Medical Faculty, Department of Medical Microbiology, Bacteriology laboratory for routine examination and determined to be resistant to carbapenem by routine methods were included in the study. In the study, the VITEK 2 automated system was used to identify K. pneumoniae strains at the species level and to determine their resistance to carbapenems and other antibiotics. MIC values for colistin of 85 K. pneumoniae strains confirmed to be carbapenem resistant were determined by the reference method, broth microdilution (BMD). Escherichia coli NCTC 13846 (mcr-1 +) and Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 strains were used as positive and negative controls in the BMD method, respectively. Flow cytometry (FCM) method was also applied to determine colistin sensitivity and cells were categorized as live/dead. DiBAC₄(3) fluorescent dye, which can detect bacterial membrane potential changes induced by antibiotic treatment, was used for live/dead cell differentiation. All CRKP strains were resistant to cefazolin, cefuroxime, ceftazidime and piperacillin/tazobactam, 98.8% to ciprofloxacin, 88.2% to amikacin, 87% to trimethoprim/sulfamethoxazole and 83.5% to gentamicin. According to the BMD method, 68 (80%) colistin-resistant strains, 17 (20%) colistin-sensitive strains were found. The MIC₅₀ value of 16 µg/ml and the MIC₉₀ value was 32 µg/ml. When the FCM method was compared with the reference method, it was determined that the categorical agreement between the two methods was 98.8%, and the specificity of the FCM method was 94%, the sensitivity was 100%, the positive predictive value was 98.5%, and the negative predictive value was 100%. Colistin susceptibility results were obtained in an average of 2 hours with the FCM method. In conclusion, it was seen that the FCM method is a fast and reliable method for detecting colistin resistance in K. pneumoniae strains and can be used as an alternative susceptibility test in clinical microbiology laboratories.
Benzer Tezler
- Kolistin ve karbapenem dirençli acinetobacter baumannii ve klebsiella pneumoniae suşlarında akım sitometri yöntemi ile kolistin ve meropenem kombinasyonunun in vitro etkinliğinin test edilmesi ve dama tahtası yöntemi ile karşılaştırılması
Testing the in vitro efficacy of colistin and meropenem combination with flow cytometry method in colistin and carbapenem resistant acinetobacter baumannii and klebsiella pneumoniae strains and comparison with checkerboard method
ÖZLEM IŞIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiBursa Uludağ ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CÜNEYT ÖZAKIN
- Karbapenem dirençli klebsıella pneumonıae kökenlerinde yıllar içerisinde kolistin minimal inhibitör konsantrasyon (mik) değerindeki artışın in vitro değerlendirilmesi
Invitro evaluation of colistin minimal inhibitor concentration (mic) value in years in carbapenemic resistant klebsiella pneumoniae origins
İSMAİL SELÇUK AYGAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEDİA DİNÇ
- Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarında kolistin direncinin ve heterodirencin araştırılması
Investigation of colistin resistance and heteroresistance in isolates of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae
ERKUT AFYONCU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiTrakya ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CANAN ERYILDIZ
- Klebsiella pneumoniae izolatlarında kolistin direncinin farklı yöntemlerle belirlenerek MCR direnç genlerinin araştırılması
Investigation of MCR resistance genes by determining colistin resistance in Klebsiella pneumoniae isolats by different methods
KÜBRA NUR TUTAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET PARLAK
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE ÖZKAÇMAZ
- Farklı klinik numunelerden izole edilen e. coli ve klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem, kinolon, kolistin direncinin araştırılması ve karbapenem dirençli suşlarda multipleks pcr yöntemi ile kpc, ndm, vım, oxa-48, ımp-1 genlerin tespiti
An investigation of carbapenem, quinolone and colistin resistance in e. coli and klebsiella pneumoniae strains isolated from different clinical samples and detection of kpc, ndm, vim, oxa-48, imp-1 genes by multiplex pcr in carbapenem-resistant strains.
ÖZGE ALKAN BİLİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
MikrobiyolojiHarran ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BAYRAKTAR