Geri Dön

Farklı klinik numunelerden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem ve kolistin direncinin üç farklı yöntem ile karşılaştırılması

Comparison of carbapenem and colistin resistance in Klebsiella pneumoniae strains isolated from different clinical specimens by three different methods

PDF İndir

  1. Tez No: 963584
  2. Yazar: ŞULE ÇETİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. TUNCER ÖZEKİNCİ
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Medeniyet Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 101

Özet

Günümüzde karbapeneme dirençli Enterobacterales enfeksiyonlarında meydana gelen ciddi artışlardan dolayı, enfeksiyon yayılımının önlenmesi ve etkin tedavinin sağlanması için yapılan çalışmalar önem kazanmıştır. Çok ilaca dirençli mikroorganizmalara etkili sınırlı sayıda ajan olduğundan, yeni gelişebilecek dirençlerin önüne geçilmesi terapötik etkinlik açısından oldukça kıymetlidir. Bu çalışmada, karbapenemaz tipinin hızlı tespiti ile karbapenem dirençli Enterobacterales enfeksiyonlarının klinik tedavisine ve kolistin direnç mekanizmalarının araştırılmasıyla epidemiyolojik çalışmalara katkı sağlamak amaçlanmıştır. Çalışmamıza, Göztepe Prof.Dr. Süleyman Yalçın Şehir Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına 01.11.2019-30.09.2024 tarihleri arasında gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve etken olarak kabul edilen, karbapenemlere dirençli 100 adet K.pneumoniae izolatı dahil edilmiştir. İzolatların identifikasyonu MALDI-TOF MS (Matriks assisted lazer desorption ionization time of flight mass spectrometry), antibiyotik duyarlılıkları VITEK 2 (bioMérieux, MarcyI'Etoile, Fransa) otomatize sistemleri kullanılarak yapılmıştır. Seftazidim-avibaktam direnci Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile, kolistin direnci ise sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile test edilmiştir. Karbapenemaz genleri polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile saptanmış olup, kombinasyon disk testi ve lateral akım testi (NG-Test Carba 5) ile fenotipik olarak karşılaştırılmıştır. Fenotipik testlerin duyarlılıkları, PCR referans yöntemi esas alınarak hesaplanmıştır. İki fenotipik yöntem arasındaki farklılıklar McNemar testi ile; yöntemler arasındaki uyum düzeyi ise Cohen kappa analizi ile değerlendirilmiştir. Ayrıca sıvı mikrodilüsyon ile kolistine dirençli saptanan izolatlarda lateral akım testi (NG-Test Mcr-1) ve PCR ile mcr gen varlığı araştırılmıştır. Karbapeneme dirençli 100 izolatın 88'inde Karbapenem Direnci qPCR kiti içerisinde yer alan karbapenemaz genlerinden en az biri tespit edilmiştir. Tüm izolatlarda en sık saptanan gen blaOXA-48 (%78,4) olmuştur. Ayrı ayrı gen dağılımına bakıldığında, izolatların %38,6'sında blaOXA-48, %7,9'unda blaKPC, %3,4'ünde blaNDM, %2,2'sinde blaOXA-51, %17,04'ünde blaNDM+OXA-48, %14,7'sinde blaKPC+OXA-48, %6,8'inde blaNDM+KPC, %2,2'sinde blaOXA-48+OXA-51, %1,1'inde blaOXA-48+OXA-23/58, %3,4'ünde blaNDM+KPC+OXA-48, %1,1'inde blaNDM+KPC+OXA-23/58, %1,1'inde blaNDM+OXA-48+OXA-23/58 tespit edilmiştir. Hiçbir izolatta blaVIM ve blaIMP gen bölgelerine rastlanmamıştır. NG-Test Carba 5'in OXA-48 tespitinde kombinasyon disk testi ile benzer düzeyde, NDM ve KPC tespitinde ise daha yüksek duyarlılık gösterdiği belirlenmiştir. Her iki fenotipik yöntem NDM ve KPC tespitinde uyumlu sonuçlar vermiş; ancak OXA-48 saptanmasında aralarında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur. Ayrıca, NG-Test Carba 5, NDM tespitinde PCR ile tam uyum göstermiş, OXA-48 ve KPC tespitinde ise iyi düzeyde bir uyum sergilemiştir. Bununla birlikte sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile izolatların %52'sinde kolistin direnci tespit edilmiştir. NG-Test Mcr-1 ve Kolistin Direnci qPCR kiti ile yapılan çalışmalarda izolatların hiçbirinde mcr genlerine rastlanmamıştır. Kolay uygulanabilir ve hızlı sonuç veren NG-Test Carba 5 ile ülkemizde sık görülen karbapenemaz tiplerinde yüksek oranda duyarlılık saptanmıştır. NDM pozitif izolatlarda PCR ile tam uyum gösteren NG-Test Carba 5, özellikle seftazidim-avibaktam gibi hedefe yönelik tedavilerin doğru uygulanmasında etkili bir tanısal araç olarak değerlendirilebilir. Kolistin direncinin ise büyük ölçüde kromozomal mekanizmalarla ilişkili olduğu ve NG-Test Mcr-1 kullanımının rutin tanı süreçlerinde gerekli olmadığı kanaatine varılmıştır.

Özet (Çeviri)

Due to the significant increase in carbapenem resistant Enterobacterales infections in recent years, studies aimed at preventing the spread of infection and ensuring effective treatment have gained importance. Since there are only a limited number of agents effective against multidrug-resistant microorganisms, preventing the emergence of new resistance mechanisms is of great importance in terms of maintaining therapeutic efficacy. This study aims to contribute to the clinical treatment of carbapenem resistant Enterobacterales infections through the rapid detection of carbapenemase types, and to epidemiological research by investigating colistin resistance mechanisms. Our study included 100 carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae isolates, identified as causative agents, which were isolated from various clinical specimens submitted to the Medical Microbiology Laboratory of Göztepe Prof. Dr. Süleyman Yalçın City Hospital between 01.11.2019 and 30.09.2024. Identification of the isolates was performed using MALDI-TOF MS (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry), and antibiotic susceptibility testing was conducted using the VITEK 2 automated system (bioMérieux, Marcy-l'Étoile, France). Ceftazidime-avibactam resistance was tested using the Kirby-Bauer disk diffusion method, while colistin resistance was evaluated using the broth microdilution method. Carbapenemase genes were detected by polymerase chain reaction (PCR) and phenotypically compared using the combination disk test and the lateral flow assay (NG-Test Carba 5). The sensitivities of the phenotypic tests were calculated based on the PCR reference method. Differences between the two phenotypic methods were evaluated using the McNemar test, and the level of agreement between the methods was assessed using Cohen's kappa analysis. In addition, the presence of mcr genes was investigated by lateral flow assay (NG-Test Mcr-1) and PCR in isolates determined to be resistant to colistin by broth microdilution. Among the 100 carbapenem-resistant isolates, at least one carbapenemase gene included in the Carbapenem Resistance qPCR kit was detected in 88 isolates. Among all isolates, the most frequently detected gene was blaOXA-48 (78.4%). When gene distribution was evaluated individually, blaOXA-48 was detected in 38.6% of the isolates, blaKPC in 7.9%, blaNDM in 3.4%, and blaOXA-51 in 2.2%. Co-existence of genes was identified as follows: blaNDM+OXA-48 in 17.04%, blaKPC+OXA-48 in 14.7%, blaNDM+KPC in 6.8%, blaOXA-48+OXA-51 in 2.2%, blaOXA-48+OXA-23/58 in 1.1%, blaNDM+KPC+OXA-48 in 3.4%, blaNDM+KPC+OXA-23/58 in 1.1%, and blaNDM+OXA-48+OXA-23/58 in 1.1% of the isolates. None of the isolates harbored the blaVIM or blaIMP gene regions. It was determined that the NG-Test Carba 5 demonstrated a comparable level of sensitivity to the combination disk test in the detection of OXA-48, while exhibiting higher sensitivity in the detection of NDM and KPC. Both phenotypic methods yielded concordant results in the detection of NDM and KPC; however, a statistically significant difference was found between them in the detection of OXA-48. Moreover, NG-Test Carba 5 showed complete agreement with PCR in the detection of NDM and demonstrated a good level of concordance in the detection of OXA-48 and KPC. Accordingly, colistin resistance was detected in 52% of the isolates by the broth microdilution method. In studies conducted using the NG-Test Mcr-1 and the Colistin Resistance qPCR kit, mcr genes were not detected in any of the isolates. The NG-Test Carba 5, which is easy to apply and provides rapid results, demonstrated high sensitivity for the carbapenemase types frequently encountered in our country. The NG-Test Carba 5, which showed complete agreement with PCR in NDM-positive isolates, can be considered an effective diagnostic tool, particularly for the accurate administration of targeted therapies such as ceftazidime-avibactam. Colistin resistance was found to be largely associated with chromosomal mechanisms, and it was concluded that the use of the NG-Test Mcr-1 is not necessary in routine diagnostic procedures.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    494712

    Farklı klinik numunelerden izole edilen e. coli ve klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem, kinolon, kolistin direncinin araştırılması ve karbapenem dirençli suşlarda multipleks pcr yöntemi ile kpc, ndm, vım, oxa-48, ımp-1 genlerin tespiti

    An investigation of carbapenem, quinolone and colistin resistance in e. coli and klebsiella pneumoniae strains isolated from different clinical samples and detection of kpc, ndm, vim, oxa-48, imp-1 genes by multiplex pcr in carbapenem-resistant strains.

    ÖZGE ALKAN BİLİK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    MikrobiyolojiHarran Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET BAYRAKTAR

  2. Tez No

    713483

    Çoklu antibiyotik dirençli klebsiella pneumoniae suşlarının direnç genlerinin belirlenmesi ve bu suşlara etkili bakteriyofaj izolasyonu ve karakterizasyonu

    Isolati̇on and characteri̇zati̇on of bacteri̇ophages agai̇nst multi̇ple-anti̇bi̇oti̇c-resi̇stant klebsiella pneumonia strai̇ns and determi̇nati̇on of resi̇stance genes

    BURCU ALTUNAY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıAydın Adnan Menderes Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLİZ UYAR GÜLEÇ

  3. Tez No

    779453

    Investigation of efflux pump and aminoglycoside resistance genes in Staphylococcus aureus strains isolated from clinical specimens in Iraq

    Irak'ta klinik numunelerden izole edilen Staphylococcus aureus suşlarında atım pompası ve aminoglikosit direnç genlerinin incelenmesi

    AHMED AWAD FATTOOH MUSLMAWI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ YAŞAR KEMAL YAZGAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HİBA JASİM HAMZA

  4. Tez No

    957745

    Klinik örneklerden nadir olarak izole edilen ve tanımlanması zor mikroorganizmaların identifikasyonunda kütle spektrometrisi ile dizi analizi yönteminin uyumunun araştırılması

    Investigation of compatibility of mass spectrometry and sequence analysis methods in identification of rarely isolated and difficult to identify microorganisms from clinical samples

    GÖKÇEN ORMANOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    MikrobiyolojiSakarya Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZLEM AYDEMİR

  5. Tez No

    493408

    Klinik örneklerden izole edilen staphylococcus aureus izolatlarında SCCmec tiplendirilmesi ve integron varlığının araştırılması

    SCCmec typing and integron investigation of staphylococcus aureus strains isolated from clinical samples

    AYKUT GENÇ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Mikrobiyolojiİnönü Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BARIŞ OTLU

Geri Dön