Antidot nanodelikli paklitaksel yüklü grafen nanotaşıyıcıların incelenmesi
Paclitaxel-loaded graphene nanocarriers with antidot nanoholes
- Tez No: 806927
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHDİ PARTOVİ MERAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ HANDAN EMİŞOĞLU KÜLAHLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: grafendeki kusurlar, moleküler dinamik simülasyonları, taksol-grafen etkileşimi, taxol konsantrasyonu, paklitakselin grafenden uzak evrimi, defects in graphene, molecular dynamics simulations, taxol-graphene interaction, taxol concentration, evolution of paclitaxel away from graphene
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 65
Özet
Bu çalışma, kanser önleyici ilaç Paklitaksel ile değişen nano delik boyutlarına sahip grafen nano taşıyıcılar arasındaki etkileşime dair değerli bilgiler sağlamıştır. Moleküler Dinamik (MD) simülasyonlarının kullanımı, hem nanodelik boyutunun grafen üzerindeki etkisini hem de Paklitaksel konsantrasyonunun bu etkileşim üzerindeki etkisini araştırmamıza izin verdi. Grafendeki kusurların etkisini incelemek için, karbon atomlarını grafen tabakasından seçici olarak çıkararak değişen boyutlarda nano delikler tanıttık. Bu nano delikler, kenar etkilerinden kaçınmak için grafen tabakasının ortasına dikkatlice inşa edildi. Karşılaştırma için toplam dört farklı nanodelik boyutu oluşturarak, bu nanodeliklerin çapını 0,5 Å artışlarla sistematik olarak 1,0 Å'dan 2,5 Å'ye değiştirdik. Nano deliklerin konumu ve boyutu, özel olarak yazılmış komut dosyaları kullanılarak tanımlandı ve simülasyonda doğru temsil edilmeleri sağlandı. Nano deliklerin konumu da dahil olmak üzere her grafen tabakasının atomik yapısı simülasyona başlamadan önce dikkatlice görselleştirildi ve doğrulandı. Değişen nanodelik boyutlarının yanı sıra, sisteme tek bir molekülden beş moleküle kadar geniş bir yelpazeyi kapsayan farklı Taxol konsantrasyonları eklendi. Fizyolojik koşulları doğru bir şekilde temsil etmek için simülasyon sistemi TIP4P/2005 su molekülleri ile çözüldü. Sonsuz bir sistemi taklit etmek ve kenar etkilerini önlemek için her üç boyutta da periyodik sınır koşulları uygulandı. Biyolojik koşulları kopyalamak için sistem önce nötrleştirildi ve ardından Na+ ve Cl- iyonları kullanılarak fizyolojik bir konsantrasyona (150 mM) iyonlaştırıldı. İyon yerleşimi rastgele yapıldı ve iyonlar, herhangi bir ilk güçlü etkileşimi önlemek için grafen tabakasından ve Taxol moleküllerinden en az 4.5 Å uzağa yerleştirildi. Sonuçlarımız, grafen üzerindeki nano deliklerin boyutunun ve Paklitaksel konsantrasyonunun, Paklitaksel ve grafen arasındaki etkileşimi önemli ölçüde etkilediğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
: In this study, provided valuable insight into the interaction between the anti-cancer drug Paclitaxel and graphene nanocarriers with varying nanohole sizes. The use of Molecular Dynamics (MD) simulations allowed us to investigate both the effect of nanohole size on graphene and the effect of Paclitaxel concentration on this interaction. To examine the effect of defects in graphene, we introduced nanoholes of varying sizes by selectively removing carbon atoms from the graphene sheet. These nanoholes were carefully built in the middle of the graphene sheet to avoid edge effects. We systematically changed the diameter of these nanoholes from 1.0 Å to 2.5 Å in 0.5 Å increments, generating a total of four different nanohole sizes for comparison. The position and size of the nanoholes were defined using custom-written scripts and ensured their correct representation in the simulation. The atomic structure of each graphene sheet, including the location of the nanoholes, was carefully visualized and verified before starting the simulation. Besides varying nanohole sizes, different concentrations of Taxol were added to the system, covering a wide range from a single molecule to five molecules. To accurately represent physiological conditions, the simulation system was solved with TIP4P/2005 water molecules. Periodic boundary conditions were applied in all three dimensions to mimic an infinite system and avoid edge effects. To replicate the biological conditions, the system was first neutralized and then ionized to a physiological concentration (150 mM) using Na+ and Cl- ions. Ion placement was random and ions were placed at least 4.5 Å away from the graphene layer and Taxol molecules to avoid any initial strong interactions. Our results show that the size of nanoholes and Paclitaxel concentration on graphene significantly affect the interaction between Paclitaxel and graphene.
Benzer Tezler
- Krom toksisitesinde serbest radikallerin rolü ve antidot araştırmaları
The Role of free radicals in chromium toxicity and antidote researches
İ. İPEK BOŞGELMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. GÜLİN GÜVENDİK
- Kanatlılarda karbamat grubu insektisitlerin kolinesteraz aktivitesi üzerine etkisi ve deneysel zehirlenme olaylarında oksimlerin sağıtım değeri üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
OYA KELEŞ
Doktora
Türkçe
1991
Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul ÜniversitesiFarmakoloji ve Toksikoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF.DR. SÜLEYMAN ŞENER
- Investigating magnetic properties of dot/antidot structures in magnetic thin films for microwave device applications
Manyetik ince filmlerdeki nokta/boşluk yapıların manyetik özelliklerinin mikrodalga cihaz uygulamaları için incelenmesi
ZEYNEP REYHAN ÖZTÜRK
Doktora
İngilizce
2023
Fizik ve Fizik MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET LEVENT KURNAZ
PROF. DR. FİKRET YILDIZ
- Arsenik toksisitesinde serbest radikaller ve antidot çalışmaları
Free radicals in arsenic toxicity and antidote treatments
AYBİKE DİP
Yüksek Lisans
Türkçe
2001
Adli TıpAnkara ÜniversitesiAdli Toksikoloji ve Adli Kimya Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. ŞAHAN SAYGI
- Tavşanlarda oluşturulan organofosfat toksisitesinde intravenöz lipid emülsiyonu tedavisi ile atropin ve pralidoksim tedavilerinin karşilaştirilmasi
Comparison of intravenous lipid emulsion cure with atropin and pralidoksim cure in organofosfade toxicity developed in rabbits
MURAT AKINCI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
İlk ve Acil YardımSelçuk ÜniversitesiAcil Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞEGÜL BAYIR