Geri Dön

Antidot nanodelikli paklitaksel yüklü grafen nanotaşıyıcıların incelenmesi

Paclitaxel-loaded graphene nanocarriers with antidot nanoholes

  1. Tez No: 806927
  2. Yazar: SAHİLA JABRAYİLOVA
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHDİ PARTOVİ MERAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ HANDAN EMİŞOĞLU KÜLAHLI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: grafendeki kusurlar, moleküler dinamik simülasyonları, taksol-grafen etkileşimi, taxol konsantrasyonu, paklitakselin grafenden uzak evrimi, defects in graphene, molecular dynamics simulations, taxol-graphene interaction, taxol concentration, evolution of paclitaxel away from graphene
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 65

Özet

Bu çalışma, kanser önleyici ilaç Paklitaksel ile değişen nano delik boyutlarına sahip grafen nano taşıyıcılar arasındaki etkileşime dair değerli bilgiler sağlamıştır. Moleküler Dinamik (MD) simülasyonlarının kullanımı, hem nanodelik boyutunun grafen üzerindeki etkisini hem de Paklitaksel konsantrasyonunun bu etkileşim üzerindeki etkisini araştırmamıza izin verdi. Grafendeki kusurların etkisini incelemek için, karbon atomlarını grafen tabakasından seçici olarak çıkararak değişen boyutlarda nano delikler tanıttık. Bu nano delikler, kenar etkilerinden kaçınmak için grafen tabakasının ortasına dikkatlice inşa edildi. Karşılaştırma için toplam dört farklı nanodelik boyutu oluşturarak, bu nanodeliklerin çapını 0,5 Å artışlarla sistematik olarak 1,0 Å'dan 2,5 Å'ye değiştirdik. Nano deliklerin konumu ve boyutu, özel olarak yazılmış komut dosyaları kullanılarak tanımlandı ve simülasyonda doğru temsil edilmeleri sağlandı. Nano deliklerin konumu da dahil olmak üzere her grafen tabakasının atomik yapısı simülasyona başlamadan önce dikkatlice görselleştirildi ve doğrulandı. Değişen nanodelik boyutlarının yanı sıra, sisteme tek bir molekülden beş moleküle kadar geniş bir yelpazeyi kapsayan farklı Taxol konsantrasyonları eklendi. Fizyolojik koşulları doğru bir şekilde temsil etmek için simülasyon sistemi TIP4P/2005 su molekülleri ile çözüldü. Sonsuz bir sistemi taklit etmek ve kenar etkilerini önlemek için her üç boyutta da periyodik sınır koşulları uygulandı. Biyolojik koşulları kopyalamak için sistem önce nötrleştirildi ve ardından Na+ ve Cl- iyonları kullanılarak fizyolojik bir konsantrasyona (150 mM) iyonlaştırıldı. İyon yerleşimi rastgele yapıldı ve iyonlar, herhangi bir ilk güçlü etkileşimi önlemek için grafen tabakasından ve Taxol moleküllerinden en az 4.5 Å uzağa yerleştirildi. Sonuçlarımız, grafen üzerindeki nano deliklerin boyutunun ve Paklitaksel konsantrasyonunun, Paklitaksel ve grafen arasındaki etkileşimi önemli ölçüde etkilediğini göstermektedir.

Özet (Çeviri)

: In this study, provided valuable insight into the interaction between the anti-cancer drug Paclitaxel and graphene nanocarriers with varying nanohole sizes. The use of Molecular Dynamics (MD) simulations allowed us to investigate both the effect of nanohole size on graphene and the effect of Paclitaxel concentration on this interaction. To examine the effect of defects in graphene, we introduced nanoholes of varying sizes by selectively removing carbon atoms from the graphene sheet. These nanoholes were carefully built in the middle of the graphene sheet to avoid edge effects. We systematically changed the diameter of these nanoholes from 1.0 Å to 2.5 Å in 0.5 Å increments, generating a total of four different nanohole sizes for comparison. The position and size of the nanoholes were defined using custom-written scripts and ensured their correct representation in the simulation. The atomic structure of each graphene sheet, including the location of the nanoholes, was carefully visualized and verified before starting the simulation. Besides varying nanohole sizes, different concentrations of Taxol were added to the system, covering a wide range from a single molecule to five molecules. To accurately represent physiological conditions, the simulation system was solved with TIP4P/2005 water molecules. Periodic boundary conditions were applied in all three dimensions to mimic an infinite system and avoid edge effects. To replicate the biological conditions, the system was first neutralized and then ionized to a physiological concentration (150 mM) using Na+ and Cl- ions. Ion placement was random and ions were placed at least 4.5 Å away from the graphene layer and Taxol molecules to avoid any initial strong interactions. Our results show that the size of nanoholes and Paclitaxel concentration on graphene significantly affect the interaction between Paclitaxel and graphene.

Benzer Tezler

  1. Krom toksisitesinde serbest radikallerin rolü ve antidot araştırmaları

    The Role of free radicals in chromium toxicity and antidote researches

    İ. İPEK BOŞGELMEZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    Eczacılık ve FarmakolojiAnkara Üniversitesi

    Farmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. GÜLİN GÜVENDİK

  2. Investigating magnetic properties of dot/antidot structures in magnetic thin films for microwave device applications

    Manyetik ince filmlerdeki nokta/boşluk yapıların manyetik özelliklerinin mikrodalga cihaz uygulamaları için incelenmesi

    ZEYNEP REYHAN ÖZTÜRK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Fizik ve Fizik MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET LEVENT KURNAZ

    PROF. DR. FİKRET YILDIZ

  3. Arsenik toksisitesinde serbest radikaller ve antidot çalışmaları

    Free radicals in arsenic toxicity and antidote treatments

    AYBİKE DİP

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    Adli TıpAnkara Üniversitesi

    Adli Toksikoloji ve Adli Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. ŞAHAN SAYGI

  4. Tavşanlarda oluşturulan organofosfat toksisitesinde intravenöz lipid emülsiyonu tedavisi ile atropin ve pralidoksim tedavilerinin karşilaştirilmasi

    Comparison of intravenous lipid emulsion cure with atropin and pralidoksim cure in organofosfade toxicity developed in rabbits

    MURAT AKINCI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    İlk ve Acil YardımSelçuk Üniversitesi

    Acil Tıp Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞEGÜL BAYIR