The use of metabarcoding approach to determine the diatom composition of mucilage in the sea of Marmara
Marmara denizindeki musilajın diatom bileşiminin belirlenmesi için metabarcodlama yaklaşımının kullanılması
- Tez No: 806941
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM RAŞİT BİLGİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Deniz Bilimleri, Marine Science
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Çevre Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 61
Özet
Marmara Havzası son yıllardaki endüstriyel faaliyetlerden olumsuz etkilenmektedir. Artan endüstriyel faaliyetlerin bir sonucu olarak, Marmara Denizi'nde zararlı alg oluşumları, kırmızı gelgitler ve müsilaj olayları artmıştır. Endüstriyel atıklar ve atık su arıtma tesislerinden biyolojik arıtılmadan deşarj edilen sular nedeniyle müsilaj sorunu son zamanlarda zirve seviyelere ulaşmıştır. Endüstriyel atıkların ve arıtılmamış atık suların deniz ekosistemi üzerindeki olumsuz etkileri, su kalitesinin düşmesine neden olmuş ve biyolojik çeşitlilik için ciddi bir tehdit haline gelmiştir. Deniz ekosisteminde ortaya çıkan sorunlara karşı harekete geçmek için, su kaynaklarının doğru yönetimini sağlamak ve sürdürülebilir deniz ekosistemi hizmetlerini sürdürmek için biyo-izleme çalışmaları büyük önem kazanmıştır. Biyo-izleme çalışmaları kapsamında, yeni nesil DNA dizileme teknolojilerine dayalı DNA metabarkodlama uygulamaları, mikroorganizmaların ve plankton gruplarının tespitinde güvenilir ve etkin yaklaşımlar sunmaktadır. Bu tür teknolojiler, müsilaj olaylarının zararlı etkilerinin izlenmesinde önemli bir rol oynar ve deniz ekosistemlerinin sağlığı için erken uyarı sistemleri olarak yardımcı olabilir. Bu tezde diatom cinslerini inceleyerek aşırı plankton ve müsilaj artışının etkilerini ve müsilajın su kalitesine etkilerini inceleyeceğim. Sonuçlarımıza göre, Skeletonema ve Nitzschia diatom cinsleri 10 tür isabetinde baskın organizma gruplarıdır; ancak Guinardia ve Pseudo-nitzschia, 100 tür isabetinde baskın olanlardır. Bu cinslerin müsilaj oluşumu üzerinde potansiyel bir etkisi olabilir.
Özet (Çeviri)
Marmara Basin has been adversely affected by industrial activities in the recent years. As a result of the rising industrial activities, the occurrence of harmful algal blooms, red-tides and mucilage events have increased in the Sea of Marmara. Mucilage problem has reached peak levels recently due to industrial wastes and the water discharged from wastewater treatment plants without biological treatment. Negative effects of industrial waste and untreated wastewater on the marine ecosystem resulted in a decrease in water quality and became a serious threat to biodiversity. To act against the problems arising in the marine ecosystem, bio-monitoring studies have become tremendously important to ensure the proper management of integrated water resources and to maintain sustainable marine ecosystem services. As a part of bio-monitoring studies, DNA metabarcoding applications based on next-generation DNA sequencing technologies offer reliable and effective approaches in the detection of microorganisms and plankton groups. Such technologies play an important role in the monitoring of the harmful effects of mucilage events and can help as early warning systems for the health of the marine ecosystems. In this thesis, I will study the effects of excessive plankton and mucilage increase, and the impacts of mucilage on water quality by examining diatom genera. According to our results, Skeletonema and Nitzschia diatom genera are the dominant organism groups for 10 species hits; however, Guinardia and Pseudo-nitzschia are the dominant ones for 100 species hits. These genera might have a potential effect on the mucilage formation.
Benzer Tezler
- Denizel ekosistemlerde DNA temelli biyoizleme uygulamalarının zooplankton türleri için sınanması
Assessing DNA-based biomonitoring applications in marine ecosystems on zooplankton species
ONUR DOĞAN
Doktora
Türkçe
2024
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiDeniz ve İçsu Kaynakları Yönetimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELEK İŞİNİBİLİR OKYAR
- Gemi balast suları ile taşınan yabancı türlerin eDNA metabarkodlama yöntemiyle tespiti ve risk analizleri: İzmit körfezi
Detection and risk analysis of non-indigenous species carried by ship's ballast water by eDNA metabarcoding method: Gulf of Izmit
YUSUF KORAY KÜÇÜK
- Biyoyumak sistemlerinde mikrobiyotanın zamana bağlı değişiminin metagenomik analizi
Metagenomic analysis of time-dependent change of microbiota in biofloc systems
ATAKAN PİPİLOS
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMRE KESKİN
- Yüksek verimli dizileme teknolojilerinin biyo-izlemeye entegrasyonu, yerel veri tabanının oluşturulması ve çalışmaya özel unix tabanlı biyoinformatik iş akışının geliştirilmesi
Integration of high throughput sequencing technologies into bio-tracking, establishment of a local database and development of working-specific unix-based bioinformatic workflow
ESRA MİNE ÜNAL
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMRE KESKİN
- Detection of lignolytic microorganisms biochemically degrading lignin in İğneada floodplain forest and bioaugmentation in anaerobic digestion technologies
İğneada longoz ormanında lignini biyokimyasal olarak parçalayan lignolitik mikroorganizmaların tespiti ve havasız çürütme teknolojilerinde biyoartırım
İBRAHİM HALİL MİRALOĞLU
Doktora
İngilizce
2023
Bilim ve TeknolojiBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHAR İNCE
DOÇ. DR. ULAŞ TEZEL
DOÇ. DR. TİMUÇİN AVŞAR