Yüksek verimli dizileme teknolojilerinin biyo-izlemeye entegrasyonu, yerel veri tabanının oluşturulması ve çalışmaya özel unix tabanlı biyoinformatik iş akışının geliştirilmesi
Integration of high throughput sequencing technologies into bio-tracking, establishment of a local database and development of working-specific unix-based bioinformatic workflow
- Tez No: 831168
- Danışmanlar: PROF. DR. EMRE KESKİN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 271
Özet
Ekosistemler barındırdıkları biyoçeşitlilik ile bir denge halinde yaşamı ayakta tutmaktadır. Ancak aşırı nüfus artışı, kaynakların dikkatsiz kullanımı gibi antropojenik etkiler ile bu ekosistemler tahrip olmaktadır. Bu ekosistemlerin barındırdığı biyoçeşitliliğin uzun vadede hızlı, ekonomik ve standardize teknikler ile takip edilmesi hem tür çeşitliliğinin korunması hem de koruma stratejilerinin erken evrelerde geliştirilebilmesi için büyük önem taşımaktadır. Son yıllarda en çok kullanılan moleküler tanımlama yöntemlerinden DNA barkodlama ve çevresel DNA metabarkodlama ile bu ihtiyaçlara cevap verilmeye başlanmıştır. Ancak bitkiler için yapılan çalışmalar gösteriyor ki literatürde çoğunlukla hayvanlar üzerinden geliştirilen bu tekniklerde bitkiler için halen önemli açıklar bulunmaktadır. Bitkilerde gerek evrensel barkod bölgesi gerek de evrensel primerler için henüz bir fikir birliğine varılamamıştır. Ayrıca birbirinden farklı ve geçiş ekosistemlerinde bulunan bitki türlerine yönelik çalışmalarda farklı sonuçlar elde edilmekte ve ekosisteme özgü değişiklik gösteren bu türlerin farklı analiz yöntemlerine ihtiyaçları bulunmaktadır. Hem bitkilerde yaşanan sorunlara farklı bir bakış açısı ile yaklaşmak hem de gelişen dizileme teknolojilerinden elde edilen ham verilerin birçok araştırmacı ve kullanıcı için oldukça yeni bilinmeyen bir bölge olarak karşılaşılması nedeni ile bu çalışmada nadir bir ekosistem olan İğneada Longoz Ormanları'nın sucul bitki türleri için DNA barkodlama ile yerel veri tabanı oluşturulmuş, eDNA metabarkodlama tekniği ile biyoçeşitliliği analiz edilmiş ve bitki spesifik biyoinformatik iş akışı optimize edilerek biyoçeşitlilik izleme çalışmalarının sucul bitki türlerindeki etkinliğini tespit edilerek biyoçeşitlilik izleme çalışmalarının sucul bitki türlerindeki etkinliği ortaya koyulmuştur.
Özet (Çeviri)
All ecosystems maintain life in a balance with their biodiversity. However, these ecosystems are destroyed by anthropogenic effects such as overpopulation, careless use of resources. Monitoring of the biodiversity of these ecosystems in the long term with fast, economic and standardized techniques has great importance for both conservation of species diversity and development of conservation strategies in the early stages of ecosystems destruction. In recent years, one of the most widely used molecular identification methods is DNA barcoding and environmental DNA. However, researches on the plant kingdom show that there are still gaps in the literature for these techniques, which are developed mostly in the animal kingdom. A consensus has not yet been reached for both the universal barcode region and the universal primers for barcoding of plants. In addition, plant species in different and / or transitional ecosystems show different results in studies and these ecosystem specific species have different needs for these analyses. In this study, a different perspective on plant-related issues and the fact that the raw data obtained from advancing sequencing technologies is encountered as a relatively unknown area for manyresearchers and users led to the creation of a local database through DNA barcoding for aquatic plant species in the rare ecosystem of İğneada Longoz Forests. Biodiversity was analyzed using the eDNA metabarcoding technique, and a plant-specific bioinformatics workflow was optimized. Furthermore, this study determined the effectiveness of biodiversity monitoring in aquatic plant species.
Benzer Tezler
- Comparative evaluation of prokaryotic community of salda lake using oxford nanopore-minion and next generation sequencing-illumina
Salda gölü'nün prokaryotik topluluğunun oxford nanopore-minıon ve yeni nesil dizileme-illumina ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi
KÜBRA DOYMUŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN İNCE
- Gene set-based classification models for cancer biology
Kanser biyolojisi için gen kümesi tabanlı sınıflandırma modelleri
AREZOU RAHIMI
Doktora
İngilizce
2020
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiKoç ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği ve Operasyon Yönetimi
DOÇ. DR. MEHMET GÖNEN
- Biyoyumak sistemlerinde mikrobiyotanın zamana bağlı değişiminin metagenomik analizi
Metagenomic analysis of time-dependent change of microbiota in biofloc systems
ATAKAN PİPİLOS
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMRE KESKİN
- Identification of oncostatin M target genes by RNA-seq in mouse primary myotube cells
Fare birincil miyotüp hücrelerinde RNA-seq ile oncostatin M hedef genlerinin tanımlanması
AYNUR ERKIN KASHGARI
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN KIR
- Species classification from short genomic reads using feedforwardneural networks
Beslemeli sinir ağları kullanarak genomik kısa okumalardan türsınıflandırması
EMRE ÖZZEYBEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AYBAR CAN ACAR