Geri Dön

Hesperetin ve türevlerinin Candida glabrata üzerindeki inhibisyon etkisinin moleküler kenetlenme yöntemiyle incelenmesi

Determination of the inhibition effect of hesperetin and its derivatives on Candida glabrata by molecular docking method

PDF İndir

  1. Tez No: 807307
  2. Yazar: ŞEMSE ASAR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Mikrobiyoloji, Moleküler Tıp, Pharmacy and Pharmacology, Microbiology, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 89

Özet

Bu tez çalışmasında Candida glabrata organizmasının AWP1 protein yapısı hedef alınarak yeni aday inhibitör molekülleri geliştirilmesi amaçlanmıştır. Hesperetin molekülü referans olarak alınmış ve molekülün belirlenen uçlarına farklı sübstitüe gruplar takılarak protein yapısı üzerinde ki inhibisyon potansiyelleri arttırılmaya çalışılmıştır. Toplamda yüz adet molekül tasarımı yapılmış olup, tasarlanan her bir molekül için Moleküler Mekanik/MMFF metodu kullanılarak konformer tarama yapıldıktan sonra Yarı Deneysel/PM6 metodu kullanılarak bu moleküllerin alan, hacim, ağırlık, enerji, EHOMO, ELUMO, polarize edilebilirlik, dipol moment, log P değerleri hesaplanmıştır. Konformer taraması ve geometri optimizasyonu yapılan moleküllerin Autodock Vina programı aracılığıyla moleküler kenetlenme çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Kenetlenme çalışmalarından sonra tasarlanan moleküllerin protein yapısının aktif bölge amino asitleriyle olan etkileşimleri analiz edilmiştir. Elde edilen veriler sonucunda bağlanma enerjileri tasarlanan diğer moleküllere ve piyasada kullanılan antifungal ilaçlara göre daha yüksek olan iki adet molekül önerilmiştir. Aynı zamanda çalışmada kullanılan proteinin aktif bölge analizleri yapılmış olup olası mutasyon durumunda kritik amino asitler belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

In this thesis, it is aimed to develop new candidate inhibitor molecules by targeting the AWP1 protein structure of Candida glabrata organism. The hesperetin molecule was taken as a reference and the inhibition potentials on the protein structure were tried to be increased by attaching different substituents to the determined R groups of the molecule. A total of one hundred molecules were designed and after conformer distribution using the Moleküler Mekanik/MMFF method, the area, volume, weight, energy, EHOMO, ELUMO, polarizability, dipole moment, log P values of these molecules were calculated using the Semi Empirical/PM6 method. Molecular docking studies were carried out using the Autodock Vina program of the molecules with conformer distribution and geometry optimization. After the docking studies, the interactions of the protein structure of the designed molecules with the active site amino acids were analyzed. As a result of the data obtained, two molecules with higher binding energies than other designed molecules and antifungal drugs used in the market were proposed. At the same time, active site analyzes of the protein used in the study were made and critical amino acids were determined in case of possible mutation.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    610907

    Isolation of Hesperidin from Orange Peels and Synthesis of Its Semi-Synthetic Derivatives

    Portakal Kabuklarından Hesperidinin İzolasyonu ve Yarı Sentetik Türevlerinin Sentezi

    BEYZA KOÇAK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    KimyaEge Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZGEN ALANKUŞ

  2. Tez No

    34436

    Flavon ve bazı türevlerinin spektrumları üzerine asitlerin etkisi

    The Influence of acidic environment on the spectra of flavone some flavone derivates

    ELVAN DÖNMEZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1994

    Kimyaİstanbul Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÜLTEN ATUN

  3. Tez No

    373942

    Bazı adaçayı (Salvia spp.) ve dağ çayı (Sideritis spp.) türlerinin kimyasal ve duyusal özelliklerinin belirlenmesi

    Determination of chemical and sensory properties of some sage (Salvia spp.) and mountain tea (Sideritis spp.) spices

    CÜNEYT DİNÇER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    Gıda MühendisliğiAkdeniz Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. AYHAN TOPUZ

  4. Tez No

    909176

    Flavonoid türevlerinin pickering emülsiyonu yöntemiyle kaplanarak üretimi ve enzim inhibisyonu üzerine etkisinin değerlendirilmesi

    Production of flavonoid derivatives by encapsulation with pickering emulsion method and evaluation of their effect on enzyme inhibiton

    DENİZ TUĞÇE ALGAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERDAL KOCABAŞ

    DOÇ. DR. KEMAL ÇETİN

  5. Tez No

    881190

    Köyceğiz'de üretilen portakal ve limon türlerinin kabuklarından farklı yöntemlerle elde edilen uçucu yağlarının ve ekstrelerinin kimyasal içerik değişimlerinin ve biyoaktivitelerinin belirlenmesi

    Determination of chemical content changes and bioactivities of essential oils and extracts obtained by different methods of the peels of orange and lemon species grown in Köyceğiz

    ÖZGÜR BAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    KimyaMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK

    DOÇ. DR. YUSUF SICAK

Geri Dön