Çok ilaca dirençli koagülaz negatif stafilokokların direnç profillerinin incelenmesi
Investigation of resistance profiles of multidrug-resistant coagulase-negative-staphylococci
- Tez No: 808398
- Danışmanlar: PROF. DR. FATMA KÖKSAL ÇAKIRLAR
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Mikrobiyoloji, Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Koagülaz negatif stafilokoklar, Çoklu ilaç direnci, Tüm genom dizileme, Yatay gen transferi, CRISPR-Cas sistemleri, CRISPR, DNA dizileme, Gen aktarımı, Gen transfer teknikleri, Genom, Polifarmasi, Staphylococcus, İlaçlara direnç-çoklu, Coagulase negative staphylococci, multi drug resistance, Whole genome sequencing, Horizontal gene transfer, CRISPR-Cas Systems, CRISPR, DNA sequencing, Gene transfer, Gene transfer techniques, Genome, Polypharmacy, Staphylococcus, Drug resistance-multiple
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
- Enstitü: Cerrahpaşa Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Tüm genom dizileme(TGD) kullanarak bakteri koleksiyonundan çoklu ilaca dirençli(ÇİD) koagülaz negatif stafilokok(KNS) türlerinde antimikrobiyal dirençle ilişkili genetik yapıları, Restriksiyon-Modifikasyon(RM) ve Kümelenmiş-Düzenli-Aralıklı-Kısa-Palindromik-Tekrarlar (CRISPR)-Cas sistemlerini belirlemek. Yöntem: Kan kültürlerinden izole edilen dörder MDR S.epidermidis, S.haemolyticus ve S.hominis suşundan(toplam 12) elde edilen TGD verileri analiz edilmiştir. Bulgular: MLST(Çok-Lokuslu-Dizi-Tiplendirme) ile, S.epidermidis izolatları ST5(n=1), ST22(n=1) ve ST2(n=2), S.haemolyticus izolatları ST3(n=1), ST29(n=1) ve ST25(n=2), S.hominis izolatları ST13(n=1) ve ST1(n=3) tiplerinde bulundu. aac(6')-aph(2'')(n=11), aadD(n=6), aph(3')-III(n=5), ant(6)-Ia(n=5), blaZ(n=12), mecA(n=12), dfrG(n=3), dfrA(n=2), fosB(n=8), fosD(n=1), bleO(n=5), cfr1(n=1), mupA(n=9), ermC(n=8), mphC(n=6), msrA(n=7), vgaALC(n=1), fusB(n=8), fusC(n=5), tetK(n=6), tetL(n=3) antimikrobiyal ve qacA/B(n=10) antiseptik direnç genleri tespit edildi. Ancak, fenotipik dirençlerin tümü, genetik olarak açıklanamadı. pDLK(n=7), pIM13(n=4), pNEI131(n=5), SAP105B(n=7), VRSAp(n=2), SAP110A(n=2), pGO1(n=2), pAMalpha1(n=2), pUR2355(n=1) ve repC/Cassette(n=3) plazmidleri tespit edildi. Plazmidlerin, SAP105B hariç direnç genleri taşıdıkları ve asıl konağı enterokok olan pAMalpha1 hariç tümünün daha önce çeşitli stafilokok türlerinde saptandıkları belirlendi. ISSep2(n=3), ISSep3(n=4), ISSau4(n=9), IS256(n=7) ve ISSha1(n=4) insersiyon dizileri saptandı. Bu çalışma, S. hominis'te ISSha1, pUR2355, pAMalpha1 ve tet(L)'nin ve S. haemolyticus'ta VRSAp'nin ilk tespitidir. S.epidermidis'te SCCmec tip-III(3A) ve tip-XIII(9A), S.hominis'te SCCmec tip-I(1B) ve tip-VI(4B) bulundu. S.hominis kökenlerinde tip-1 RM sistemi/R alt-ünitesi(n=3) ve ilk kez seviye-3 ve seviye-4 gerçek CRISPR dizileri bulundu. Aralayıcı dizilerin, SAP020A plazmidi ve Caudoviricetes cinsi bakteriyofajlardan kaynaklandığı tespit edildi. Kökenlerde Cas genleri saptanmadı. Sonuç: S.epidermidis, S.haemolyticus ve S.hominis türlerinin, antimikrobiyal direnç genlerinin yatay gen transferi yoluyla stafilokok ve enterokok türlerine yayılmasında önemli rezervuar türler olduğu sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
Aim: Determine antimicrobial resistance-associated genetic structures, Restriction-Modification(RM) and Clustered-Regular-Interspaced-Short-Palindromic-Repeats(CRISPR)-Cas systems in multidrug-resistant(MDR) coagulase-negative-staphylococci(CNS) species from bacterial collection using whole-genome-sequencing(WGS). Methods: WGS data from four MDR strains of S.epidermidis, S.haemolyticus and S.hominis strains(12 in total) isolated from blood cultures were analyzed. Results: By MLST(Multi-Locus-Sequence-Typing) S.epidermidis- ST5(n=1), ST22(n=1), ST2(n=2); S.haemolyticus- ST3(n=1), ST29(n=1), ST25(n=2); S.hominis- ST13(n=1) and ST1(n=3) were found. aac(6')-aph(2'')(n=11), aadD(n=6), aph(3')-III(n=5), ant(6)-Ia(n=5), blaZ(n=12), mecA(n=12), dfrG(n=3), dfrA(n=2), fosB(n=8), fosD(n=1), bleO(n=5), cfr1(n=1), mupA(n=9), ermC(n=8), mphC(n=6), msrA(n=7), vgaALC(n=1), fusB(n=8), fusC(n=5), tetK(n=6), tetL(n=3) antimicrobial and qacA/B(n=10) antiseptic resistance genes were identified. However, not all phenotypic resistance is genetically explained. pDLK(n=7), pIM13(n=4), pNEI131(n=5), SAP105B(n=7), VRSAp(n=2), SAP110A(n=2), pGO1(n=2), pAMalpha1(n=2), pUR2355(n=1), and repC/Cassette(n=3) plasmids were detected. All of these carried resistance genes, except SAP105B, and have been previously detected in various staphylococcal species, except pAMalpha1 which was primarily found in enterococci. ISSep2(n=3), ISSep3(n=4), ISSau4(n=9), IS256(n=7), and ISSha1(n=4) insertion sequences were also observed. This study was the first identification of ISSha1, pUR2355, pAMalpha1 and tet(L) in S.hominis and VRSAp in S.haemolyticus. SCCmec type-III(3A) and type-XIII(9A) were found in S.epidermidis, while SCCmec type-I(1B) and type-VI(4B) were found in S.hominis. In S.hominis strains, type-1 RM-system/R-subunit(n=3) and, for the first time, Level-3, and Level-4 true CRISPR sequences were detected. The spacer sequences were found to originate from the SAP020A plasmid and Caudoviricetes bacteriophages. However, Cas genes were not present in the isolates. Conclusions: S.epidermidis, S.haemolyticus and S.hominis species were concluded to be important reservoir species in the spread of antimicrobial resistance genes to staphylococci and enterococci species by horizontal gene transfer.
Benzer Tezler
- Dahiliye yoğun bakım ünitesinde yatarak tedavi gören hastalardan alınan örneklerden izole edilen mikroorganizmaların dağılımı ve antibiyotik duyarlılık/direnç profillerinin değerlendirilmesi
Evaluation of the distribution of microorganisms isolated from samples collected from patients hospitalized in the internal medicine intensive care unit and their antibiotic susceptibility/resistance profiles
YUSUF ÇAKMAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
İç HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KENAN ÇADIRCI
- Pediatrik hematoloji/onkoloji hastalarında mikrobiyolojik olarak kanıtlanmış bakteriyel enfeksiyonların değerlendirilmesi
Evaluation of microbiologically proven bacterial infections in pediatric hematology/oncology patients
ZEHRA ASLI İŞERİ KÜSKÜ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP KARAKAŞ
- Yenidoğan yoğunbakım ünitesinden gönderilen örneklerden izole edilen bakteriyel ve fungal etkenlerin tanımlanması, antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi ve olası direnç genlerinin moleküler analizi
Description of bacterial and fungal agents isolated from the samples sent from the newborn intensive care unit, determination of their antimicrobial sensitivity, and molecular analysis of possible resistance genes
ERGİN KARACAN
Doktora
Türkçe
2023
MikrobiyolojiKafkas ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH BÜYÜK
PROF. DR. YASEMİN BAYRAM
- Koagulaz negatif stafilokoklarda slime oluşumu ve antimikrobiyal duyarlılık deneyleri
Başlık çevirisi yok
NACİYE ERKMAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2000
MikrobiyolojiFırat ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Febril nötropenik hastalarda kan kültürlerinde üreyen mikroorganizmalar ve dirençlerinin araştırılması
Investigation of microorganisms reproduced in blood cultures in febrile neutropenic patients and their resistance
BİLGEHAN IRMAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
HematolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiHastane Enfeksiyon Kontrolü Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERKAN ÖNCÜ