Geri Dön

Çok ilaca dirençli koagülaz negatif stafilokokların direnç profillerinin incelenmesi

Investigation of resistance profiles of multidrug-resistant coagulase-negative-staphylococci

PDF İndir

  1. Tez No: 808398
  2. Yazar: TANSU DÜNDAR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. FATMA KÖKSAL ÇAKIRLAR
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Mikrobiyoloji, Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Koagülaz negatif stafilokoklar, Çoklu ilaç direnci, Tüm genom dizileme, Yatay gen transferi, CRISPR-Cas sistemleri, Coagulase negative staphylococci, multi drug resistance, Whole genome sequencing, Horizontal gene transfer, CRISPR-Cas Systems
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
  10. Enstitü: Cerrahpaşa Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 104

Özet

Amaç: Tüm genom dizileme(TGD) kullanarak bakteri koleksiyonundan çoklu ilaca dirençli(ÇİD) koagülaz negatif stafilokok(KNS) türlerinde antimikrobiyal dirençle ilişkili genetik yapıları, Restriksiyon-Modifikasyon(RM) ve Kümelenmiş-Düzenli-Aralıklı-Kısa-Palindromik-Tekrarlar (CRISPR)-Cas sistemlerini belirlemek. Yöntem: Kan kültürlerinden izole edilen dörder MDR S.epidermidis, S.haemolyticus ve S.hominis suşundan(toplam 12) elde edilen TGD verileri analiz edilmiştir. Bulgular: MLST(Çok-Lokuslu-Dizi-Tiplendirme) ile, S.epidermidis izolatları ST5(n=1), ST22(n=1) ve ST2(n=2), S.haemolyticus izolatları ST3(n=1), ST29(n=1) ve ST25(n=2), S.hominis izolatları ST13(n=1) ve ST1(n=3) tiplerinde bulundu. aac(6')-aph(2'')(n=11), aadD(n=6), aph(3')-III(n=5), ant(6)-Ia(n=5), blaZ(n=12), mecA(n=12), dfrG(n=3), dfrA(n=2), fosB(n=8), fosD(n=1), bleO(n=5), cfr1(n=1), mupA(n=9), ermC(n=8), mphC(n=6), msrA(n=7), vgaALC(n=1), fusB(n=8), fusC(n=5), tetK(n=6), tetL(n=3) antimikrobiyal ve qacA/B(n=10) antiseptik direnç genleri tespit edildi. Ancak, fenotipik dirençlerin tümü, genetik olarak açıklanamadı. pDLK(n=7), pIM13(n=4), pNEI131(n=5), SAP105B(n=7), VRSAp(n=2), SAP110A(n=2), pGO1(n=2), pAMalpha1(n=2), pUR2355(n=1) ve repC/Cassette(n=3) plazmidleri tespit edildi. Plazmidlerin, SAP105B hariç direnç genleri taşıdıkları ve asıl konağı enterokok olan pAMalpha1 hariç tümünün daha önce çeşitli stafilokok türlerinde saptandıkları belirlendi. ISSep2(n=3), ISSep3(n=4), ISSau4(n=9), IS256(n=7) ve ISSha1(n=4) insersiyon dizileri saptandı. Bu çalışma, S. hominis'te ISSha1, pUR2355, pAMalpha1 ve tet(L)'nin ve S. haemolyticus'ta VRSAp'nin ilk tespitidir. S.epidermidis'te SCCmec tip-III(3A) ve tip-XIII(9A), S.hominis'te SCCmec tip-I(1B) ve tip-VI(4B) bulundu. S.hominis kökenlerinde tip-1 RM sistemi/R alt-ünitesi(n=3) ve ilk kez seviye-3 ve seviye-4 gerçek CRISPR dizileri bulundu. Aralayıcı dizilerin, SAP020A plazmidi ve Caudoviricetes cinsi bakteriyofajlardan kaynaklandığı tespit edildi. Kökenlerde Cas genleri saptanmadı. Sonuç: S.epidermidis, S.haemolyticus ve S.hominis türlerinin, antimikrobiyal direnç genlerinin yatay gen transferi yoluyla stafilokok ve enterokok türlerine yayılmasında önemli rezervuar türler olduğu sonucuna varılmıştır.

Özet (Çeviri)

Aim: Determine antimicrobial resistance-associated genetic structures, Restriction-Modification(RM) and Clustered-Regular-Interspaced-Short-Palindromic-Repeats(CRISPR)-Cas systems in multidrug-resistant(MDR) coagulase-negative-staphylococci(CNS) species from bacterial collection using whole-genome-sequencing(WGS). Methods: WGS data from four MDR strains of S.epidermidis, S.haemolyticus and S.hominis strains(12 in total) isolated from blood cultures were analyzed. Results: By MLST(Multi-Locus-Sequence-Typing) S.epidermidis- ST5(n=1), ST22(n=1), ST2(n=2); S.haemolyticus- ST3(n=1), ST29(n=1), ST25(n=2); S.hominis- ST13(n=1) and ST1(n=3) were found. aac(6')-aph(2'')(n=11), aadD(n=6), aph(3')-III(n=5), ant(6)-Ia(n=5), blaZ(n=12), mecA(n=12), dfrG(n=3), dfrA(n=2), fosB(n=8), fosD(n=1), bleO(n=5), cfr1(n=1), mupA(n=9), ermC(n=8), mphC(n=6), msrA(n=7), vgaALC(n=1), fusB(n=8), fusC(n=5), tetK(n=6), tetL(n=3) antimicrobial and qacA/B(n=10) antiseptic resistance genes were identified. However, not all phenotypic resistance is genetically explained. pDLK(n=7), pIM13(n=4), pNEI131(n=5), SAP105B(n=7), VRSAp(n=2), SAP110A(n=2), pGO1(n=2), pAMalpha1(n=2), pUR2355(n=1), and repC/Cassette(n=3) plasmids were detected. All of these carried resistance genes, except SAP105B, and have been previously detected in various staphylococcal species, except pAMalpha1 which was primarily found in enterococci. ISSep2(n=3), ISSep3(n=4), ISSau4(n=9), IS256(n=7), and ISSha1(n=4) insertion sequences were also observed. This study was the first identification of ISSha1, pUR2355, pAMalpha1 and tet(L) in S.hominis and VRSAp in S.haemolyticus. SCCmec type-III(3A) and type-XIII(9A) were found in S.epidermidis, while SCCmec type-I(1B) and type-VI(4B) were found in S.hominis. In S.hominis strains, type-1 RM-system/R-subunit(n=3) and, for the first time, Level-3, and Level-4 true CRISPR sequences were detected. The spacer sequences were found to originate from the SAP020A plasmid and Caudoviricetes bacteriophages. However, Cas genes were not present in the isolates. Conclusions: S.epidermidis, S.haemolyticus and S.hominis species were concluded to be important reservoir species in the spread of antimicrobial resistance genes to staphylococci and enterococci species by horizontal gene transfer.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    784245

    Yenidoğan yoğunbakım ünitesinden gönderilen örneklerden izole edilen bakteriyel ve fungal etkenlerin tanımlanması, antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi ve olası direnç genlerinin moleküler analizi

    Description of bacterial and fungal agents isolated from the samples sent from the newborn intensive care unit, determination of their antimicrobial sensitivity, and molecular analysis of possible resistance genes

    ERGİN KARACAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiKafkas Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİH BÜYÜK

    PROF. DR. YASEMİN BAYRAM

  2. Tez No

    699689

    Febril nötropenik hastalarda kan kültürlerinde üreyen mikroorganizmalar ve dirençlerinin araştırılması

    Investigation of microorganisms reproduced in blood cultures in febrile neutropenic patients and their resistance

    BİLGEHAN IRMAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    HematolojiAydın Adnan Menderes Üniversitesi

    Hastane Enfeksiyon Kontrolü Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERKAN ÖNCÜ

  3. Tez No

    471627

    Bisbenzimidazol yapısı taşıyan bileşiklerin antimikrobiyal etkilerinin araştırılması

    Investigation of antimicrobial activity of bisbenzimidazol structures

    BEGÜM BÜŞRA ALGÜL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    MikrobiyolojiMersin Üniversitesi

    Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYLİN DÖĞEN

  4. Tez No

    164438

    Gram pozitif kokların in vitro kinopristin/dalfopristin duyarlılıklarının araştırılması ve diğer bazı antibiyotiklerle karşılaştrılması

    Investigation of in vitro susceptibility of gram positive cocci to quinopriston/dalfopristin and comparing the activity of this drug with some of other antibiotics'

    VEYSEL DOĞANAY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    MikrobiyolojiFırat Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. AHMET KİZİRGİL

  5. Tez No

    628302

    Gram pozitif kokların kinopristin/dalfopristin duyarlılığının in vitro araştırılması ve diğer antibiyotiklerle karşılaştırılması

    Investigation of in vitro susceptibility of gram positivecocci to quinupristin/dalfopristin and comparing theactivity of this drug with some of other antibiotics

    MELDA TÜRKEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞÜKRAN KÖSE

Geri Dön