Analysis of wound healing assay data of phasecontrast optical microscopy using traditional computer vision and deep learning techniques
Geleneksel bilgisayarda görü ve derin öğrenme teknikleri kullanılarak faz kontrast optik mikroskopi yara iyileşmesi deney verilerinin analizi
- Tez No: 810768
- Danışmanlar: PROF. DR. DEVRİM ÜNAY, PROF. DR. BEHÇET UĞUR TÖREYİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği, Electrical and Electronics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Demokrasi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Elektrik ve Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 58
Özet
Bu tez, yara iyileşme deneyi verileri için görüntü bölütleme ve görüntü sentezleme yöntemlerinin başarımlarını araştırmayı amaçlamaktadır ve başarımları iyileştirmek için yeni yöntemler önermektedir. Bölütlemede, farklı durumlarda kullanabilmek için, geleneksel ve derin öğrenme yaklaşımları incelenmiştir. Ayrıca, biyomedikal araştırmalarda sıkça karşılaşılan işaretli eğitim verisetlerinin sınırlı olması durumuna da değinilmektedir. Bu sorunu aşmak için sentetik deney verisi oluşturma yöntemleri incelenmiştir. Bu yöntemlerin karşılaştırmalı analizi, yara iyileşme deneylerinin faz kontrastlı optik mikroskopi zaman serisi veriseti kullanılarak gerçekleştirilmektedir. Klasik bilgisayarlı görme teknikleri, yara iyileşme deneyi görüntülerinin bölütlenmesinde yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. Ancak bu alanda, son zamanlarda yaygınlaşan derin öğrenme tekniklerine dayalı çalışmaların eksikliği bulunmaktadır. Bu nedenle bu tez, yara iyileşmesi deneylerinin daha hassas analizi ve nicelleştirilmesi için geleneksel bölütleme yöntemlerini incelemenin yanı sıra, derin öğrenme çözümlerinin bölütleme yeteneklerini de araştırmaktadır. Ayrıca, biyomedikal çalışmalarda sıkça karşılaşılan eğitim verisin sınırlı olması durumunda, derin öğrenme yöntemlerinin bölütleme performansını iyileştirmek için etkili sentetik deney verisi oluşturma yöntemleri de araştırılmıştır.
Özet (Çeviri)
This thesis aims to investigate the performances of image segmentation and image synthesis methods applied to wound healing assay data, and propose novel solutions to improve accuracies. For segmentation, the utilization of both traditional and deep-learning approaches is studied in various scenarios. Additionally, the thesis addresses the challenge of limited training data commonly encountered in biomedical research. To overcome this problem, methods for generating synthetic assay data is explored. The comparative analysis and demonstration of these methods are performed over a phase-contrast optical microscopy time-series dataset of wound healing assays. While classical computer vision techniques have been widely used for segmentation of wound healing assay images, there is a scarcity of studies focusing on solutions based on recently emerged deep learning techniques. Therefore, this thesis examines traditional segmentation methods in addition to the investigation of the segmentation capability of deep learning solutions to provide improved analysis and quantification of wound healing assays. Moreover, efficient methods for generating synthetic assay data are explored to improve the segmentation performance of deep learning methods, particularly in situations where training data are limited which is often encountered in biomedical research.
Benzer Tezler
- Glechoma hederacea L. Üzerinde farmakognozik araştırmalar
Pharmacognostic studies on Glechoma hederacea L.
SÜMEYYE USTA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURÇİN ERGENE
- Havacıva otu (Alcanna tinctoria L.) etanol ve su özütlerinin akciğer kanseri üzerine etkisinin in vıtro araştırılması
In vitro investigation of the protective effect of alkanet (Alcanna tinctoria L.) ethanol and water extracts on lung cancer
DERYA FİDAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Beslenme ve DiyetetikHaliç ÜniversitesiBeslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. CEYDA OKUDU
- Kudret narı (Momordica charantia)'nın in vitro yara iyileşme sürecine etkisinin incelenmesi
Examination of the effect of pomegranate (Momordica charantia) on the wound healing process
RAMAZAN OĞUZHAN NALDÖVEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Mühendislik BilimleriPamukkale ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLI SEMİZ
- Farklı meme kanseri hücre hatlarında yeni piperazin çevreli silisyum ftalosiyaninlerin fotodinamik terapi (PDT) etkinliğinin araştırılması
Investigation of photodynamic therapy (PDT) effects of the new piperazine substituted silicon phthalocyanines on different breast cancer cell lines
ALEYNA NALÇAOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİGEN CELEP EYÜPOĞLU
- Pankreatik kanser in-vitro modelinde wj460 molekülünün etkilerinin ve gemsitabin ile potansiyel sinerjistik etkileşimlerinin araştırılması
Investigation of the effects of wj460 molecule and its potential synergistic interactions with gemcitabine in an in-vitro model of pancreatic cancer
CEREN KARSLIOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyokimyaEge ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEVCAN ATAY