Geri Dön

Hepatoselüler karsinom hücrelerinde lncRNA PVT1/ miR145-5p/ABCC-1 gen hattının kemoterapi ve kanser mekanizması üzerindeki etkileri

The impacts of the lnc-RNA PVT1/miR145-5p/ABCC-1 gene pathway on chemotherapy and cancer mechanisms in hepatocellular carcinoma cells

  1. Tez No: 960410
  2. Yazar: MILAD ASADI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE CANER
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Onkoloji, Biology, Oncology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 134

Özet

Hepatoselüler karsinom (HCC), en yaygın birincil karaciğer kanseri türlerinden biridir ve dünya genelinde kansere bağlı ölümlerin başlıca nedenleri arasında yer almaktadır. Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar), 200 baz çifti (bp) uzunluğunun üzerinde olan ve protein kodlama yeteneğine sahip olmayan RNA molekülleri olarak tanımlanmaktadır. LncRNA'lar, hem transkripsiyonel hem de post-transkripsiyonel düzeyde gen ekspresyonunun düzenlenmesinde kritik roller üstlenmektedir. Bu genlerin anormal ekspresyonu; kardiyovasküler hastalıklar, nörodejeneratif bozukluklar ve kanser dahil olmak üzere birçok insan hastalığı ile ilişkilendirilmiştir. MikroRNA'lar (miRNA), yaklaşık 20 bp büyüklüğünde olan kodlamayan RNA'lardır ve lncRNA'lar gibi hücre biyolojisinde kritik rollere sahiptir. Bunun yanında, lncRNA'lar spesifik olarak miRNA'lara bağlanarak onlar için sünger görevi görmekte ve genlerin hedef mRNA'lar üzerindeki etkisini azaltmaktadır. Lnc-PVT1, 8q24'te bulunan PVT1 geninden eksprese olmaktadır. Çalışmalar, Lnc-PVT1'in özofagus karsinomu ve mide kanseri gibi çeşitli kanser türlerinde yüksek düzeyde eksprese edildiğini ve bir onkogen olarak işlev gördüğünü bildirmiştir. ABCC1 (MRP1), ATP-binding cassette (ABC) taşıyıcı süper ailesine ait bir gendir ve klasik ilaç direnciyle ilişkilendirilmiştir. Yapılan araştırmalar, ABCC1 geninin HCC dahil olmak üzere neredeyse tüm tümörlerde kemoterapi direncinin oluşumuna katkıda bulunduğunu ortaya koymuştur. Ayrıca, önceki çalışmalar PVT1 ve miR-145-5p'nin kanser hücrelerinin hayatta kalması ve metastazı üzerindeki etkilerini göstermiştir. Bu nedenle, bu tez önerisinde lnc-PVT1 ekspresyonunun susturulmasının HCC hücre hattı (HEPG-2) üzerinde miR-145-5p ve ABCC1 ekspresyon seviyelerine etkilerinin araştırılması planlanmıştır. Buna ek olarak, PVT1, miR-145-5p ve ABCC1 ekspresyon seviyelerindeki değişikliklerin apoptoz, hücre döngüsü, metastaz ve HEPG-2 hücrelerinin doksorubisine verdiği yanıt üzerindeki etkilerinin de analiz edilmesi hedeflenmektedir. Bu Tezde, insan hepatoselüler karsinom hücre hattı olan HEPG-2 kullanılarak, bu kanser türünde lncRNA PVT1/miR-145-5p/ABCC1 gen hattının kemoterapiye duyarlılık ve kanser hücrelerinin biyolojik özellikleri üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Öncelikle, HEPG-2 hücre hattında 5-Fluorourasil (5-FU) ilacının IC50 değeri MTT testi kullanılarak belirlenmiştir. Ardından, si-PVT1'in HEPG-2 ve miR-145 hücre hattına transferi elektroporasyon yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Kanser hücrelerinin göç yeteneğini değerlendirmek amacıyla wound healing assay tekniği uygulanmıştır. Apoptoz seviyesini ve hücre döngüsünü analiz etmek için ise Annexin V-FITC/PI ve DAPI boyama yöntemleri ile flow sitometri analizleri yapılmıştır. Müdahaleler sonrasında, HEPG-2 hücrelerinin koloni oluşturma kapasiteleri colony formation testi ile değerlendirilmiştir. Gen ekspresyon düzeyleri qRT-PCR yöntemiyle analiz edilirken, ABCC1 geninin protein düzeyindeki ekspresyonu western blot yöntemi ile incelenmiştir. Ayrıca, miR-145'in ABCC1 ve lnc-PVT1 genlerindeki bağlanma bölgelerini değerlendirmek amacıyla luciferaz rapor gen testi gerçekleştirilmiştir. Analizler sonucunda, HEPG-2 hücre hattında lnc-PVT1 mRNA ekspresyonunun, spesifik siRNA uygulanması ile downregüle edildiği tespit edilmiştir. Ayrıca, real-time PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) sonuçlarına göre, miR-145'in hücrelere transfekte edilmesinin ardından ekspresyon düzeyinin anlamlı şekilde arttığı belirlenmiştir. Lnc-PVT1 siRNA ve miR-145 transfeksiyonunun ardından, kanser hücrelerinde proliferasyon, migrasyon, apoptoz seviyesi ve hücre döngüsü üzerinde anlamlı düzeyde inhibisyon meydana geldiği gözlemlenmiştir. Ayrıca, bu transfeksiyonların HEPG-2 hücrelerinin 5-FU ilacına duyarlılığını artırarak ilacın etkili dozunun azalmasına neden olduğu tespit edilmiştir. Mevcut araştırmanın verilerine göre, siRNA ve mikroRNA'nın hücrelerde ABCC1 geninin ekspresyonunu azalttığı gözlemlenmiştir. Real-time PCR sonuçlarına dayanarak, apoptoz, metastaz ve hücre döngüsü ile ilişkili genlerin de bu transfeksiyonlardan etkilendiği belirlenmiştir. Western blot analizleriyle ABCC1 geninin protein düzeyi değerlendirilmiş ve hem miR-145 hem de anti-lncPVT1 siRNA bu genin protein seviyesinde anlamlı etkiler oluşturduğu tespit edilmiştir. Luciferaz rapor gen testi sonuçları ise, miR-145'in hem ABCC1 hem de lnc-PVT1 genlerinde bağlanma bölgelerine sahip olduğunu göstermiştir. Sonuç olarak, bu çalışmayla lncRNA PVT1 / miR-145-5p / ABCC1 gen hattının hepatoselüler karsinom gelişimi, progresyonu, metastazı, koloni oluşumu ve kemoterapi yanıtı üzerinde önemli bir rol oynadığı ayrıntılı biçimde ortaya konulmuştur. Buna ek olarak, miR-145-5p'nin ABCC1 genine bağlanarak onun ekspresyonunu düzenleyebildiği; Ayrıca, lnc-PVT1'in miR_145'e bağlanma bölgesine sahip olduğu ve onun ifadesini düzenleyerek ABCC1 geninin ifadesini kontrol ettiği belirlenmiştir. Tüm bu bulgular doğrultusunda, bu çalışmanın literatürde bu eksende yürütülmüş ilk kapsamlı araştırmalardan biri olması, elde edilen verilerin özgünlüğü ve potansiyel terapötik hedefler sunması açısından önem arz etmektedir.

Özet (Çeviri)

Hepatocellular carcinoma (HCC) is the most common primary liver cancer and one of the leading causes of cancer-related deaths worldwide. Long non-coding RNAs (lncRNAs) are RNA molecules longer than 200 base pairs that do not encode proteins. They play important regulatory roles at both the transcriptional and post-transcriptional levels, and their abnormal expression has been linked to a variety of human diseases, including cardiovascular disorders, neurodegenerative conditions, and cancers. MicroRNAs (miRNAs), which are also non-coding RNAs approximately 20 base pairs in length, play critical roles in regulating cellular processes. Furthermore, lncRNAs can specifically bind to miRNAs and act as molecular sponges, thereby reducing the ability of miRNAs to regulate their target mRNAs. Lnc-PVT1 is expressed from the PVT1 gene located on chromosome 8q24. Studies have reported that LncPVT1 is highly expressed in various cancers, including esophageal carcinoma and gastric cancer, and functions as an oncogene. ABCC1 (MRP1) is a gene that belongs to the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily and has been traditionally associated with drug resistance. Research has demonstrated that the ABCC1 gene contributes to the development of chemotherapy resistance in nearly all tumor types, including HCC. Moreover, previous studies have shown that both PVT1 and miR-145-5p influence cancer cell survival and metastasis. In this context, the present study also aimed to analyze how changes in the expression levels of PVT1, miR-145, and ABCC1 affect apoptosis, cell cycle progression, metastasis, and the response of HEPG-2 cells to the chemotherapeutic agent doxorubicin. In this thesis, using human hepatocellular cancer cell lines HEPG-2, the effects of LncRNA PVT1/ miR145-5p/ABCC-1 gene line on chemotherapy and biological properties of cancer cells were investigated. Firstly, the IC50 value of 5-Fluorouracil (5-FU) in the HEPG-2 cell line was determined using the MTT assay. Then, the electroporation method was used to transfer si-PVT1 into HEPG-2 and miR-145 cell lines. The wound healing assay technique was used to examine the migration of cancer cells. In addition, flow cytometry was performed with Annexin V-FITC/PI and DAPI staining methods to analyze the apoptosis level and cell cycle. The colony transportation potential of HEPG-2 cells after treatment was evaluated by colony formation assay. The qRT-PCR method was used to evaluate gene expression, and finally, the ABCC-1 gene was assessed by western blotting. In addition, luciferase assay miR-145 binding sites in ABCC1 and lnc-PVT1 genes were assessed. As a result of the analysis, it was determined that the expression of lnc-PVT1 mRNA was significantly downregulated in the HEPG-2 cell line following transfection with specific siRNA. Additionally, real-time PCR (Polymerase Chain Reaction) results showed that the expression level of miR-145 increased after successful transfection into the cells. The transfection of lnc-PVT1 siRNA and miR-145 led to significant inhibition of cancer cell proliferation, migration, apoptosis level, and cell dungus. Moreover, these transfections led to a reduction in the effective dose of the chemotherapeutic agent 5-FU in the cells. According to the data obtained in the present study, both siRNA and microRNA were found to reduce the expression of the ABCC1 gene in the cells. Real-time PCR analysis further revealed that genes associated with apoptosis, metastasis, and the cell cycle were also affected by the transfections. Finally, the protein expression level of the ABCC1 gene was evaluated by Western blotting, and the effects of miR-145 and anti-lnc-PVT1 siRNA on this gene were confirmed. Additionally, the luciferase assay demonstrated that miR-145 has specific binding sites within both the ABCC1 and lnc-PVT1 genes. In conclusion, this study demonstrated in detail that the LncRNA PVT1 / miR-145-5p / ABCC1 gene line plays a significant role in the development, progression, metastasis, colony formation, and chemotherapeutic response of HCC. Additionally, miR-145-5p was found to have the ability to bind to the ABCC1 gene and regulate its expression. Furthermore, it was determined that lnc-PVT1 contains a binding site for miR-145 and indirectly controls ABCC1 gene expression by modulating miR-145 activity. For all these reasons, this study holds significant importance as it represents the first comprehensive investigation of its kind in the literature.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    411971

    Spontan bakteriyel peritonitde etken mikroorganizmalar, üremede etkili faktörler ve antibiyotik duyarlılığı

    Spontaneous bacterial peritonitis: causative microorganisms, factors influencing the bacterial growth in ascitic fluid culture and antibiotic susceptibility

    TOLGA YAKAR

    Tıpta Yan Dal Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    GastroenterolojiBaşkent Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ENDER SERİN

  2. Tez No

    412512

    HBV DNA ve HCV RNA'sı pozitif olan kronik hepatit B ve C hastalarında otoantikor seroprevalansının araştırılması

    A study on auto-antobody seroprevalance in hepati̇ti̇s B and C patients with pozi̇ti̇ve hbv dna and HCV rna

    NİZAMETTİN YAKAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT ARAL

  3. Tez No

    412603

    Hepatosellüler karsinom'da tedavi maliyeti ve tedavi yöntemlerinin sağkalım üzerine etkisi

    Cost and survival analysis for treatment modalities in hepatocellular carcinoma

    NEZİHA ULUSOYLAR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    GastroenterolojiBaşkent Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BİROL ÖZER

  4. Tez No

    414276

    Hepato-protective and therapeutic effect of ellagic acid on D-galactosamine-induced liver damage

    Farelerde D-galaktozamin nedenli karaciğer hasarı üzerine elljik asitin koruyucu ve iyileştirici etkileri

    JAMA HUSSEIN ALI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyoteknolojiAnadolu Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE MEHTAP KUTLU

  5. Tez No

    415031

    Fokal solid karaciğer kitlelerinin benign-malign ayrımında hepatik elastografinin tanı değeri

    Diagnostic value of hepatic elastography of liver masses distinguishing benign from malign

    EDA ALMUS

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Radyoloji ve Nükleer TıpGaziosmanpaşa Üniversitesi

    Radyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ZAFER ÖZMEN

Geri Dön