Computational and experimental characterization of peptide inhibitors targeting the aurora kinase A and n-Myc complex
Aurora kinaz A ve n-MYC Kompleksi'ne yönelik peptit inhibitörlerinin hesaplamalı ve deneysel karakterizasyonu
- Tez No: 811357
- Danışmanlar: PROF. DR. EMEL TİMUÇİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Aurora kinaz, Benzetim, Gen ifadesi, Genler-MYC, Moleküler yapı, Peptidler, Protein mühendisliği, Serbest enerji, Transkripsiyon-genetik, Aurora kinase, Simulation, Gene expression, Genes-MYC, Molecular structure, Peptides, Protein engineering, Free energy, Transcription-genetic
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoenformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Myc proteinleri, transkripsiyonu hem aktive ederek hem de baskılayarak gen ekspresyonunu etkileyen transkripsiyon faktörleridir. İnsan malignitelerinde, Myc protein ailesinin üç üyesi anormal ifadeye sahip olabilir. Hücresel Myc (c-Myc), viral Myc (v-Myc) onkoproteinin hücresel homologudur ve çeşitli insan malignitelerinde sıklıkla düzensizdir. N-Myc ve L-Myc'nin nöroblastomda güçlendirilmiş MYCN ve küçük hücreli akciğer kanserinde MYCL genlerinin ürünleri olduğu keşfedilmiştir. Bu kanser hücrelerinde N-Myc birikimi için, N-Myc'nin tamamen yok edilmediği protein kinaz Aurora-A ile bir kompleksin oluşturulması gereklidir. Aurora kinazlar, mitozun başlaması ve gelişmesi için gerekli olan serin/treonin kinazlardır. Bu çalışmada, Aurora A/N-Myc karışan peptit ile ilgili önceki çalışmalardan elde edilen bulgular ayrıca GST aşağı çekme testi ile analiz edildi, ifade edildi ve karakterize edildi. Bir önceki çalışmanın yarı rasyonel tasarımı, in-silico mutajenez yoluyla rasyonel tasarıma dönüştürüldü ve MD simülasyonları yapıldı. Ayrıca RGYR (Radius of gyration), RMSF (Root mean square fluctuation) ve Pairwise RMSD (Root mean square deviation) analizi yapılmıştır. Bu tez, protein ekspresyonundaki zorlukları vurguladı ve başarısızlığın nedenlerini değerlendirdi, GST aşağı çekme testinin özgüllüğünü ve duyarlılığını göstererek, gerçek etkileşimleri spesifik olmayan bağlanmadan ayırt etmeye izin vererek, AurA/N-Myc bağlanma yüzey etkileşimi hakkında değerli bilgiler sağladı. Ayrıca, sistematik hesaplamalı simülasyonlar yoluyla, rasyonel tasarlanmış peptitlerin etkileşimlerine ilişkin değerli iç görüler elde edildi; bu, vahşi tipe kıyasla P2 ve AurA/N-Myc bağlanma yüzeyi arasında gelişmiş kararlılık ve daha güçlü bağlanma afinitesine işaret etmektedir.
Özet (Çeviri)
Myc proteins are transcription factors affecting gene expression by both activating and repressing transcription. In human malignancies, three members of the Myc protein family can have abnormal expression. Cellular Myc (c-Myc) is the cellular homolog of the viral Myc (v-Myc) oncoprotein, and it is frequently unregulated in a variety of human malignancies. N-Myc and L-Myc were discovered to be the products of the amplified genes MYCN in neuroblastoma and MYCL in small cell lung cancer, accordingly. Generation of a complex with the protein kinase Aurora-A in which the N-Myc is not fully destroyed is required for N-Myc accumulation in cancer cells. Aurora kinases are serine/threonine kinases that are required for mitosis to begin and develop. In this study, findings from previous studies of Aurora A/N-Myc interfering peptide are further analyzed, expressed, and characterized by GST pull-down assay. Semi-rational design of the previous study, converted into a rational design via in-silico mutagenesis and MD simulations were performed. In addition, RGYR (Radius of gyration), RMSF (Root mean square fluctuation) and Pairwise RMSD (Root mean square deviation) analysis were performed. This thesis highlighted challenges in protein expression and evaluated the causes of failure, showed specificity and sensitivity of the GST pull-down assay allowing to discern genuine interactions from nonspecific binding, providing valuable insights into AurA/N-Myc binding surface interaction. Furthermore, through systematic computational simulations, valuable insights into the interactions of the rational designed peptides were gained, pointing enhanced stability and stronger binding affinity between the P2, and the AurA/N-Myc binding surface compared to wild-type.
Benzer Tezler
- Bazı yaşlanma karşıtı peptid yapıların moleküler modelleme çalışmaları
Molecular modeling studies of some anti-aging peptide structures
DİLAN AKHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERDA KECEL GÜNDÜZ
- Terapötik peptid yüklü polimerik nano ilaç formülasyonlarının geliştirilmesi ve moleküler modelleme çalışmaları ile incelenmesi
Development of therapeutic peptide-loaded polymeric nano drug formulations and investigation of their structures with molecular modeling studies
BİLGE BIÇAK
Doktora
Türkçe
2021
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SERDA KECEL GÜNDÜZ
DOÇ. DR. YASEMİN KILINÇ
- New algorithms and techniques for microprocessor-controlled PWM induction drives
Başlık çevirisi yok
OSMAN KÜKRER
Doktora
İngilizce
1987
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. H. BÜLENT ERTAN
- Dört zamanlı türbaşarj direk püskürtmeli bir dizel motorunun bilgisayar ile sümülasyonu
Computer aided simulation of a fourstroke turbocharged direct-anjection diesel engine
MUSTAFA BALCI
- Lityum ve üç elektronlu atom iyonlarının fermi değme terimlerinin hesaplanması
Başlık çevirisi yok
YILMAZ DAĞDEMİR
Doktora
Türkçe
1986
Fizik ve Fizik MühendisliğiGazi ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ATİLLA ÖZMEN