Virtual screening of large-scale small molecule libraries against bruton tyrosine kinase effective in chronic lymphocytic leukaemia
Kronik lenfositik lösemide etkili bruton tirosin kinaza karşı büyük ölçekli küçük molekül kütüphanelerinin sanal tarama
- Tez No: 814375
- Danışmanlar: PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Genetik, Moleküler Tıp, Bioengineering, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Bahçeşehir Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Doku Mühendisliği ve Rejeneratif Tıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
Bruton Tirozin Kinazların (BTK'lar) Kronik Lenfositik Lösemi (KLL), Waldenström Macroglobulinemia , Marjinal Bölge Lenfoması, Mantle Hücreli Lenfoma (MCL) ve Graft Versus Host hastalıklarında rol oynadığı bilinmektedir. BTK'ler, B lenfositlerinin sinyal iletimi, B lenfositlerinin gelişimi ve olgunlaşmasında yer alan bir Tirozin Kinaz ailesidir. B hücrelerinin aşırı ekspresyonu kansere neden olur. BTK'ler, B-Hücresi Reseptörü (BCR) sinyal yolunun aktivasyonunda kritik öneme sahiptir. BTK'lerin bu kısımda aktivasyonunun bloke edilmesi Kronik Lenfositik Lösemi tedavisi için umut verici olabilir. Bu nedenle, bu çalışma, İnsan Bruton Tirozin Kinaz'ını hedef alan küçük moleküllü terapötikleri belirlemeye odaklanmaktadır. BTK'leri inhibe ettiği bilinen İbrutinib molekülü, sorgu molekülü olarak kullanılmaktadır. İbrutinib içerisinde bulunan moleküler fragmanların IUPAC metin dosyaları, küçük moleküller içeren 5 farklı kütüphaneyi 'Metin Madenciliği' yöntemiyle taramak için kullanılmaktadır. Metin Madenciliği ile elde edilen moleküllerin üzerinde 'Kovalent Kenetleme' deneyleri yapılmıştır. Kovalent Kenetleme deneylerinin sonucunda Normal Dağılım Eğrisi -3'ten yüksek olan moleküller (-1, -2 ve -3), Moleküler Dinamik Simülasyonları için seçilmiştir. Çalışmalara Moleküler Dinamik Simülasyonları ve MM-GBSA ile devam edilmiştir. Bu kapsamda sanal tarama algoritmaları ile BTK'ların aktivasyonunu engelleyecek hit moleküllerin keşfedilmesi amaçlanmaktadır.
Özet (Çeviri)
Bruton Tyrosine Kinases (BTKs) are known to play a role in Chronic Lymphotic Leukemia (CLL), Waldenström Macroglobulinemia, Marginal Zone Lymphoma, Mantle Cell Lymphoma (MCL), and Graft Versus Host diseases. BTKs are a family of Tyrosine Kinases that are involved in signal transduction of B lymphocytes, development and maturation of B lymphocytes. Overexpression of B cells causes cancer. BTKs are critical in the activation of the B-Cell Receptor (BCR) signaling pathway. Blocking the activation of BTKs in this part may be promising for the treatment of Chronic Lymphocytic Leukemia. Therefore, in this study, we focus on identifying small molecule therapeutics targeting the Human Bruton Tyrosine Kinase. We use the Ibrutinib molecule, which is known to inhibit BTKs, as a query molecule. IUPAC text files of molecular fragments in Ibrutinib were used to screen 5 different libraries containing small molecules. More than 2 million molecules were scanned. We performed Covalent Docking experiments on our molecules obtained by Text Mining. In this context, it is aimed to discover hit molecules that will prevent BTKs with virtual scanning algorithms.
Benzer Tezler
- A virtual screening procedure combining pharmacophore filtering and molecular docking with the lie method
Başlık çevirisi yok
GÜZİN TUNCA
- Large scale machine learning based virtual screening for early drug discovery
Erken ilaç keşfı ıçın büyük ölçeklı makıne öğrenmesıne dayalı sanal tarama
ATABERK DÖNMEZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET VOLKAN ATALAY
- Improving protein docking using efficient sustainable evolutionary algorithm
Başlık çevirisi yok
EMRAH ATILGAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolUniversity of South CarolineDr. JIANJUN HU
- Novel resistance-free ret tyrosine kinase inhibitor discovery through dynamic structure-based pharmacophore and qsar modeling and virtual screening of ultra large ligand libraries
Ultra büyük ligand kütüphanelerinin sanal taraması ve dinamik yapı temelli farmakofor ve qsar modellemesi ile yeni rezistans göstermeyen ret tirozin kinaz inhibitörünün keşfi
EHSAN SAYYAH
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyofizikBahçeşehir ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Accelerating molecular docking using machine learning methods
Kenetleme hesaplarının makine öğrenme metotları ile hızlandırılması
ABDULSALAM YAZID BANDE
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
Assist. Prof. Dr. SEFER BADAY