P. atlantica'da cinsiyet spesifik DNA dizilerinin belirlenmesi
Determination of sex-specific DNA sequences in P. atlantica
- Tez No: 815440
- Danışmanlar: PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 124
Özet
P. atlantica, Anacardiaceae familyası içerisindeki Pistacia cinsine ait, dioik çiçek yapısı gösteren, endüstriyel ve tıbbi kullanımının yanısıra antepfıstığına anaç olarak değerlendirilen önemli bir türdür. Bu çalışmada, daha önce elde edilmiş P. atlantica türüne ait 15 dişi 15 erkek bireyde tüm genom tekrar-sekanslama verileri kullanılarak cinsiyet spesifik bölgelerin belirlenmesi, cinsiyetle ilişkili bulunan bölgelerin anotasyonu ve cinsiyeti %100 ayırabilen ıslahta kullanılabilir moleküler markör tasarlanması amaçlanmıştır. Sekanslama sonucu elde edilen verilerin kalite kontrolleri ve filtrelemesi yapıldıktan sonra 25-30x yoğunluğunda genom dizileri elde edilmiş ve bu diziler referans genoma (P. atlantica) hizalanmıştır. Yapılan hizalama sonucunda okumaların %98-%99'u genoma haritalanmıştır. Haritalama sonucunda yapılan genom boyunca derinlik analizleri sonucunda cinsiyet spesifik (dişi bireylerde okuma derinliğinin toplam okuma içerisinde %90'dan fazla olan) lokuslar Python ve R programlama dilleri ile analiz edilmiş ve görselleştirilmiştir. Cinsiyet spesifik bölgelerin belirlenmesi amacıyla yapılan analizlerde dişi spesifik 209 lokus belirlenmiş fakat erkeğe özgü lokuslar bulunamamıştır. Bu belirlenen bölgelerin anotasyonları incelendiğinde, çiçek gelişimi ile ilgili yolaklardaki genler belirlenmiştir. Bu lokusların validasyonu amacıyla dişi spesifik lokuslardan SCAR markörler geliştirilmiş ve bu markörler kullanılarak genetik kaynaktan alınan 100 dişi ve 100 erkek bireyi %100 doğrulukla ayırmıştır. Ayrıca sadece dişi spesifik bölgelerin varlığı ile P. atlantica' nın ZZ/ZW kromozom yapısına sahip olduğu ilk bu çalışma ile ortaya çıkartılmıştır. Bu çalışma ile P. atlantica türünde yapılacak markör destekli seleksiyon çalışmalarında agaroz jelde kolaylıkla uygulanabilen ve geniş ıslah programlarına uygun %100 doğrulukla çalışan moleküler markör elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
P. atlantica belongs to the genus Pistacia in the Anacardiaceae family. It has a dioecious flower structure, which means flowers bearing male and female organs are located on separate plants. Besides, it is used as rootstock for pistachio and in industrial and medical fields. This study performed whole-genome resequencing in 15 females and 15 males from the previously obtained P. atlantica species. This study aims to determine sex-specific regions, annotation of sex-related regions, and design a molecular marker that can be used in breeding to distinguish 100% of sex. Quality controls and filtering of the data obtained from sequencing were performed. Coverage values in the 25-30x range were obtained and aligned to the reference genome (P. atlantica). As a result of the alignment, 98% and 99% of the reads were mapped to the genome. As a result of the depth analysis throughout the genome, the sex-specific loci (more than 90% of the reading depth in the total reading in females or males) were analyzed and visualized with the Python and R programming languages. No male-specific loci were found. When the annotations of these determined regions were examined, the genes in the pathways related to flower development were found. For the validation of these loci, SCAR markers were developed from female-specific loci and using these markers, 100 female and 100 male individuals from the germplasm were distinguished with 100% accuracy. In addition, the presence of only female-specific regions and the ZZ/ZW chromosome structure of P. atlantica was revealed in this first study. This study obtained a molecular marker that can be easily applied on agarose gel and works with 100% accuracy, suitable for wide breeding programs in marker-assisted selection studies in P. atlantica species.
Benzer Tezler
- Evaluation of wild pistacia germplasm for rootstock breeding: Morphological and horticultural survey, and application of molecular markers for fingerprinting and sex determination
Yabani pistacia gen kaynaklarını kullanarak anaç ıslahı: Morfolojik ve bahçe bitkileri özellikleri, moleküler markör tekniklerini kullanarak parmak izlerinin çıkartılması ve cinsiyet tayini
SALİH KAFKAS
Doktora
İngilizce
2000
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELİM ÇETİNER
DR. RAFAEL PERL-TREVES
- Acil servise başvuran akut pankreatit tanılı hastalarda prognoz tahmininde sistemik immun inflamatuar indeksin değerliliği
Value of systematic immun inflamatory index in prognosis estimation of patients applied to emergency clinic with acute pancreatitis diagnosis
CEREN YASEMİN KOCATAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Acil TıpSağlık Bilimleri ÜniversitesiAcil Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİL DOĞAN
- Orta ve ağır şiddetli pankreatit ile takip edilen hastalarda c-reaktif protein kılavuzluğunda başlanan karbapenem tedavisinin, pankreatit şiddeti üzerindeki klinik etkinliğinin değerlendirilmesi
Evaluation of the clinical effectiveness of c-reactive protein guidance started carbapenem therapy on the severity of pancreatitis in patients followed with moderate and severe pancratitis
KAMER ÇORBA KÜÇÜK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Genel CerrahiSağlık Bilimleri ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
UZMAN HAMİT AHMET KABULİ
UZMAN ALPEN YAHYA GÜMÜŞOĞLU
- Kronik dönemde non-arteritik anterior iskemik optik nöropati hastalarının arka segment bulgularının spectral-domain ve swept-source OKT cihazları ile kantitatif olarak karşılaştırılması
Quantitative comparison of posterior segment findings of non-arteritic ischemic optic neuropathy patients with spectral-domain and swept-source OCT devices in the chronic period
ŞULE SERİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Göz HastalıklarıSelçuk ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞANSAL GEDİK
- Kahramanmaraş yöresinde bulunan farklı buttum (pistacia khinjuk) ve atlantik sakızlarının (pistacia atlantica) bazı fenolojik, morfolojik ve pomolojik özellikleri ile tohum çimlenme durumlarının belirlenmesi
Determination of some phenological, morphological and pomological characteristics and seed germination of different buttum (pistacia khinjuk) and atlantic gums (pistacia atlantica) in Kahramanmaraş region
SELMAN ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YUSUF NİKPEYMA