Determination of genetics variability of Salmonella typhi using molecular RAPD techniques in Ramadi population, Iraq
Irak, Ramadi popülasyonunda moleküler RAPD teknikleri kullanılarak Salmonella typhi'nin genetik değişkenliğinin belirlenmesi
- Tez No: 816049
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİN BOZKURT, DR. ÖĞR. ÜYESİ NAJEEB MUHAMMED HUSEYIN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 74
Özet
Çalışmamızın temel amacı, Rastgele Arttırılmış Polimorfik DNA (RAPD) PZR tekniğini kullanarak tifo bakteri izolatlarının genetik boyutunu tespit etmek, hangi genetik mutasyonun oluştuğunu veya S. typhi'nin varlığını tespit etmek ve olası kullanım alanlarını belirlemektir. Toplam 50 kişiden alınan kan örneklerinin kültür sonuçları 30'unda S. typhi yönünden pozitif bulunmuştur. Beş ila on gün arasında değişen hastalık döneminde kültür pozitif vaka sayısı %20 (10 örnek) olarak belirlenmiştir. Aynı şekilde, pozitif kan sonuçları %50 (25 örnek) ile en yüksek yüzdeye sahiptir. Hastalığın ikinci döneminde yapılan idrar tahlillerinde pozitiflik oranı %40 (20 örnek) ile ikinci sırada yer almaktadır. OP-E20'de 200-3000 baz çifti arasında değişen 14 bant, OP-L20'de 250-3000 baz çifti arasında 12 bant ve son olarak OP-M14'te 350-2500 baz çifti arasında 16 bant belirlenmiştir. Bu kapsamda OP-E20, OP-L20 ve OP-M14 etkinlik oranları sırasıyla 33,33, 28,57 ve 38,10 olarak belirlenmiştir. OP-E20, OP-L20 ve OP-M14'ün ayırt etme yetenekleri sırasıyla 30.76, 28.21 ve 41.03 olarak belirlenmiştir. Kırsal alanlarda S. typhi sayısı kentsel alanlara göre daha fazladır. Bu bakterilerin enfeksiyonun erken evrelerinde izolasyonu daha sık olup, enfeksiyonun ilerleyen evrelerinde kandan izole edilmektedir. Moleküler tanı, diğer tanı türlerine göre daha uygun bulunmuştur. RAPD reaksiyonlarında primer kullanımının sonuçları, kullanılan farklı primerlere göre ortaya çıkan bantların sayısında ve moleküler ağırlıklarında bir farklılık göstermiştir. Mevcut çalışma, OP-M14 primerinin hepsi farklı olan 16 bant içerdiğinden en verimli olduğunu kanıtlamıştır. OP-M14'ün sırasıyla etkinliği ve ayırt etme yeteneği 38.10 ve 41.03 olarak bulunmuş ve bu oranlar çalışılan primerler arasında en yüksek olanları olarak belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
The main goal of our study is to use the Random Amplification of Polymorphic DNA (RAPD) PCR technique to detect the genetic dimension of isolates of typhoid bacteria to determine which genetic mutation occurred or to presence of the S. typhi and determination of possible usage of PCR technique of S. typhi. Culture results of blood samples taken from a total of 50 individuals were found to be positive in 30 individuals in terms of S. typhi. The number of positive culture cases in the disease period ranging from five to ten days was determined as 20% (10 samples). Likewise, positive blood results had the highest percentage, which was 50% (25 samples). Following this, the rate of positivity in urine analyzes performed in the second period of the disease ranks second with 40% (20 samples). 14 bands with sizes ranging from 200-3000 base pairs in OP-E20, 12 bands with sizes between 250-3000 base pairs in OP-L20, and finally 16 bands with sizes between 350-2500 base pairs in OP-M14 were determined. In this context, the efficiency ratios of OP-E20, OP-L20, and OP-M14 were determined as 33.33, 28.57, and 38.10, respectively. The discrimination abilities of OP-E20, OP-L20, and OP-M14 were determined as 30.76, 28.21, and 41.03, respectively. Number of S. typhi in rural areas is more than in urban areas. Isolation of these bacteria in the early stages of infection is more frequent, and it is isolated from the blood in the later stages of infection. Molecular diagnosis is found more suitable compared to the rest of the types of diagnosis. Results of using primers in RAPD reactions showed a difference in the number of the resulting bands and their molecular weights according to the different primers used. Current study proved that the OP-M14 primer is the most efficient because it contains 16 bands, all of which are different. The efficiency and discrimination ability of OP-M14 were found to be 38.10 and 41.03, respectively, and these ratios were determined as the highest among the primers studied.
Benzer Tezler
- Piyasada satılan probiyotik içerikli ürünlerin yeni nesil dizileme ile mikrobiyolojik kalitesinin belirlenmesi
Determination of microbiological quality of commercially available probiotic-containing products by next-generation sequencing
SELÇUK AHMET ALGINGİL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Gıda Mühendisliğiİstanbul Aydın ÜniversitesiGıda Güvenliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYLA ÜNVER ALÇAY
- Acanthobrama marmid (HECKEL, 1843) populasyonlarında mtDNA genetik varyasyonunun belirlenmesi
Determination of mtDNA genetic variation in Acanthobrama marmid
ARSLAN ALTUNDAĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
GenetikHarran ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ARİF PARMAKSIZ
- Karaman yerel elma çeşitlerinde genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Determination of genetic diversity among Karaman apple landraces
AYŞEGÜL KÜTÜK
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
GenetikKaramanoğlu Mehmetbey ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZLEM ATEŞ SÖNMEZOĞLU
- Türkiye'deki relikt endemik sığla ağacı (Liquidambar orientalis Mill. var orientalis ve L. orientalis Mill. var. integriloba Fiori) populasyonlarında izoenzim polimorfizminin polyakrilamid jel elektroforezi (page) yöntemi ile saptanması
Determination of isozyme polymorphism in relict endemic Liquidambar orientalis Mill. var. orientalis and L. orientalis Mill. var. integriloba Fiori populations in Turkey by polyacrylamide gel electrophoresis (page) technique
EAYLETTİN ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyolojiMuğla ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BELGİN GÖÇMEN TAŞKIN
- Çiftlik hayvanlarında major genler. Bunların belirlenmesi, transferi ve endüstriyel kullanımı
Major genes in farm animals: Their identification, transfer and industrial utilization
İBRAHİM CEMAL