Phylogenetic analysis of brown bear (Ursus arctos) populations across Türkiye
Türkiye'deki bozayı populasyonlarının filogenetik analizi
- Tez No: 817006
- Danışmanlar: PROF. DR. ÇAĞAN HAKKI ŞEKERCİOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyoloji, Genetics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Biyolojik evrim, Mitokondriyal DNA, Moleküler genetik, Yabani hayvanlar, Biological evolution, Mitochondrial DNA, Molecular genetic, Wild animals
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bozayılar, Avrasya hattından Amerika'ya kadar çok geniş bir bölgede yaşayan omnivorlardır ve Türkiye'de de geniş bir coğrafi alana dağılmış şekilde yaşamaktadırlar. Mitokondriyal DNA kullanılarak yapılan önceki çalışmalar, Avrupa ve Orta doğu bozayıları arasındaki genetik varyasyonda önemli farklılıklar ortaya çıkardı ve her bölge farklı haplogruplarla karakterize edildi. Üç kıta arasında bir kavşak konumunda bulunan Türkiye, her bölgeden haplotipler barındırması nedeniyle genetik çeşitlilik açısından önemli bir bölgedir. Türkiye bozayılarının filogenetiği üzerine yapılan daha önceki çalışmalar sadece mitokondriyal DNA sekanslarını içeriyordu, ve sınırlı örneklemeye ve dağılıma sahipti. Bu nedenle Türkiye ve Orta Doğu bozaylarının evrim ağacındaki yeri tam olarak anlaşılamamıştır. Bu çalışmada genom dizileme verilerini ve mtDNA'nın D-loop dizilerini kullanarak Orta Doğu populasyonlarının evrimsel geçmişine ışık tutmayı, Türkiye ve yakın bölgelerdeki genetik çeşitlilik ve farklılaşma modellerini araştırmayı amaçladık. Bulgularımız, Türkiye populasyonlarının batı ve doğu coğrafi gruplar halinde kümelenmiş üç farklı mtDNA haplogrubuna sahip olduğunu gösterdi ve her bir haplogrubun Türkiye genelindeki coğrafi dağılımını ortaya koydu. Genom verimizle yaptığımız SNP analizi de yüksek genetik çeşitlilik ve net olarak ayrılmış populasyon yapısıyla bu sonucu destekler niteliktedir. Sonuçlarımız, Türkiye ve Orta Doğu'daki bozayı populasyonlarını etkileyen evrimsel dinamiklerin farklı olduğunu ve Türkiye bozayılarının diğer dünya populasyonlarına göre daha yüksek genetik çeşitliliğe sahip olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Brown bears (Ursus arctos) are omnivores distributed across Eurasia and North America. Previous studies based on mitochondrial DNA (mtDNA) revealed significant differences in genetic variation between European and Middle Eastern brown bears, with each region characterized by distinct haplogroups. Türkiye, as a crossroads between three continents, is an important region for brown bear diversity, as it harbors haplotypes from both regions. However, previous information on brown bear genetic diversity in Türkiye was based on only mtDNA sequences and limited sample sizes. Therefore, the role Türkiye has played in the evolutionary history of brown bears is still largely unknown. Here, using genome-wide sequencing data together with the mtDNA D-loop region sequences, we aim to fill this gap by investigating the patterns of brown bear genetic diversity and differentiation across Türkiye and nearby regions. Our results demonstrate the geographical distribution of haplogroups across Türkiye and show that Turkish populations have three distinct mtDNA haplogroups clustered into western and eastern geographic groups. Genome-wide SNP analysis supported this conclusion, with high patterns of genetic diversity and distinct geographic structuring. Collectively, our results indicate that the evolutionary dynamics influencing brown bear populations across Türkiye and the Middle East are distinct and Türkiye's brown bears have higher genetic diversity than other world populations.
Benzer Tezler
- Türkiye'deki bazı etçil memeli türlerinin (Mammalia: Carnivora) DNA barkodlaması
Dna barcoding of some carnivorous mammal species (Mammalia: Carnivora) in Turkey
ASLI YILDIRIM ÖZKURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiArtvin Çoruh ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PERİNÇEK SEÇKİNOZAN ŞEKER
- Maternal phylogeography of brown bears (Ursus arctos) and testing the utility of non-invasive genetic samples
Boz ayıların ana soyu filocoğrafyası ve girişimsiz genetik örneklerin kullanılabilirliğinin test edilmesi
FATMA GÖZDE ÇİLİNGİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. C. CAN BİLGİN
- Adana ve Mersin illerinde domates ve biber yetiştirilen alanlarda tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV)'un saptanması ve karakterizasyonu
Detection and characterization of tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) in tomato and pepper grown areas in Adana and Mersin region
YOUSSEF HAG MOSA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHARREM ARAP KAMBEROĞLU
- Nuclear and mitochondrial phylogenies of Monilinia brown rot pathogens from a worldwide collection
Dünya çapındaki bir koleksiyondan Monilinia kahverengi çürüklük patojenlerinin nükleer ve mitokondriyal filogenileri
ECE SILAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
GenetikÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyomoleküler Bilimler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HİLAL ÖZKILINÇ
- İzmir Dikili Bademli deniz ılıcasından termofilik ve halofilik bakterilerin izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and 16s rRNA analysis of thermophilic and halophilic bacteria isolated from Izmir Dikili (Bademli) hot spring
MERVE DEMİRTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyoteknolojiDicle ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA MATPAN BEKLER