Klebsiella pneumoniae suşlarında kolistin direncinin araştırılması ve yöntem karşılaştırılması
Investigation of Colistin resistance and method comparison in klebsiella pneumoniae strains
- Tez No: 820192
- Danışmanlar: PROF. DR. ALPER TÜNGER
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: antibiyotik direnci, kolistin, polimeraz zincir reaksiyonu, Klebsiella pneumoniae, antibiotic resistance, colistin, polymerase chain reaction, Klebsiella pneumoniae
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
Giriş ve amaç: Son yıllarda, yoğun bakım ünitelerinde (YBÜ) yatan hastalarda, yüksek oranda morbidite ve mortalite ile seyreden, nozokomiyal enfeksiyonlara sebep olabilen gram negatif bakterilerde çoklu ilaç direnci görülmeye başlanması, geçtiğimiz on yıllık süreçte eski bir antibiyotik olan kolistinin klinik kullanımda tekrar yer bulmasına neden olmuştur. Bu yaygın kullanımın bir sonucu olarak enfeksiyon etkeni bakterilerde bu ilaca karşı da direnç gelişimi izlenmeye başlamıştır. İlacın potansiyel yan etkileri de göz önüne alındığında etkenlerin kolistin duyarlılığının belirlenebilmesi önemli bir mesele olarak görülmektedir. Sunulan çalışmanın amacı Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda incelenen kan kültürü örneklerinde üreyen K. pneumoniae suşlarındaki kolistin direnç oranlarını belirleyerek epidemiyolojik veri elde etmek ve kolistin duyarlılığı belirlenmesinde altın standart yöntem olarak belirlenmiş ancak uygulanması zor bir yöntem olan sıvı mikrodilüsyon (BMD) ile alternatif yöntemleri kıyaslayarak, bu yöntemlerin rutin laboratuvar işleyişine uygunluğunu belirlemektir. Ayrıca aktarılabilen, plazmid aracılı mobil kolistin direnci (mcr) genlerinin, gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (RT- qPCR) yöntemi ile tespiti ve prevalansının değerlendirilmesi de hedeflenmiştir. Gereç ve yöntem: Çalışmaya, Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na, Ekim 2019-Aralık 2021 arasında kabulü yapılan kan kültürü örneklerinde üreyen 151 K. pneumoniae suşu dahil edildi. BMD, Sensititre™, kolistin sıvı disk elüsyon (CBDE), ETEST ® ve VITEK ® 2 yöntemleri ile, saf kültürleri elde edilen izolatların kolistin duyarlılıkları belirlendi. Alternatif yöntemlerin BMD ile uyumları değerlendirildi. Ayrıca polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile çalışma grubundaki suşlarda mcr gen varlığı değerlendirildi. Bulgular: Çalışma grubunda kolistin direnç oranı %16,6 saptandı. Sensititre™, CBDE, ETEST ® yöntemleri duyarlılık sonucu belirlemede BMD ile %100 uyumlu bulunurken VITEK ® 2'nin kategorik uyum (CA), büyük hata (ME) ve çok büyük hata (VME) oranları sırasıyla %98, %0,79 ve %8 olarak belirlendi. Sensititre™, ETEST ® ve VITEK ® 2 yöntemleri için temel uyum (EA) değerlendirmesi yapıldı ve sırasıyla %92,7, %52,3 ve %78,1 olarak belirlendi. Suşların hiçbirinde aktarılabilen kolistin direncinden sorumlu mcr geni saptanmadı. Sonuç: MDR etken enfeksiyonların tedavisinde son seçenek olarak kullanılan kolistine karşı gelişen direnç endişe vericidir. BMD'nin zor uygulanabilir bir yöntem olması sebebiyle ülkemizde ve dünyada, kolistin direnci sürveyans verileri diğer antibiyotikler için yapılan izlemlere kıyasla yetersiz kalmaktadır. Direnç oranlarının takip edildiği epidemiyolojik çalışmaların sürekli hale getirilmesi gerekmektedir. BMD'ye alternatif kullanılabilecek yöntemler, kontrollü çalışmalarla ilerlenerek laboratuvar rutin işleyişinde yer bulabilir. İleri dönemlerde daha fazla sayılı örneklem ve daha çeşitli bakteri gruplarıyla yapılacak yöntem karşılaştırılması çalışmalarına ihtiyaç vardır.
Özet (Çeviri)
Introduction and Aim: In recent years, multidrug-resistant gram-negative bacteria which causing nosocomial infections with high rates of morbidity and mortality have emerged in intensive care units (ICUs). This has led to the reintroduction of colistin, an old antibiotic, for clinical use in the past decade. However, as a consequence of its widespread use, resistance to colistin has also started to develop among the bacterial pathogens. Considering the potential side effects of the drug, determining the susceptibility of the pathogens to colistin becomes an important issue. The aim of this study is to determine the prevalence of colistin resistance in K. pneumoniae strains isolated from blood culture samples received in Medical Microbiology Laboratory, Ege University Faculty of Medicine Hospital, obtain epidemiological data, and evaluate alternative methods for determining colistin susceptibility by comparing them with the gold standard method, broth microdilution (BMD), which is a challenging method to implement but has been established as the gold standard. Additionally, the detection and evaluation of the prevalence of transferable plasmid-mediated mobile colistin resistance (mcr) genes using the polimerase chain reaction method are also targeted. Materials and Methods: The study included 151 K. pneumoniae strains, isolated from blood culture samples received at the Medical Microbiology Laboratory, Ege University Faculty of Medicine Hospital, between October 2019 and December 2021. The colistin susceptibilities of the isolates obtained from pure cultures using the BMD, Sensititre™, colistin broth disk elution (CBDE), ETEST®, and VITEK®2 methods were determined. The concordance of alternative methods with BMD was evaluated. Additionally, the presence of mcr genes in the study group strains was assessed using polymerase chain reaction. Results: The colistin resistance rate in the study group was found to be 16.6%. Sensititre™, colistin broth disk elution (CBDE), and ETEST® methods showed 100% concordance with BMD in determining susceptibility results, while VITEK®2 exhibited categorical agreement (CA), major error (ME), and very major error (VME) rates of 98%, 0.79%, and 8%, respectively. Essential agreement (EA) assessment was performed for Sensititre™, ETEST®, and VITEK®2 methods, resulting in 92.7%, 52.3%, and 78.1% agreement rates, respectively. No transferable mcr gene which responsible for colistin resistance was detected in any of the strains. Conclusion: The development of resistance against colistin, which is used as the last resort in the treatment of multidrug-resistant bacterial infections, is concerning. Due to the challenging implementation of the broth microdilution method (BMD), surveillance data on colistin resistance remains insufficient in our country and worldwide, compared to monitoring conducted for other antibiotics. It is necessary to establish continuous epidemiological studies that monitor resistance rates. Alternative methods to BMD can be incorporated into laboratory routines through controlled studies. In the future, there is a need for a greater number of samples and comparative studies involving diverse bacterial groups.
Benzer Tezler
- Kolistin ve karbapenem dirençli acinetobacter baumannii ve klebsiella pneumoniae suşlarında akım sitometri yöntemi ile kolistin ve meropenem kombinasyonunun in vitro etkinliğinin test edilmesi ve dama tahtası yöntemi ile karşılaştırılması
Testing the in vitro efficacy of colistin and meropenem combination with flow cytometry method in colistin and carbapenem resistant acinetobacter baumannii and klebsiella pneumoniae strains and comparison with checkerboard method
ÖZLEM IŞIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiBursa Uludağ ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CÜNEYT ÖZAKIN
- Farklı klinik numunelerden izole edilen e. coli ve klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem, kinolon, kolistin direncinin araştırılması ve karbapenem dirençli suşlarda multipleks pcr yöntemi ile kpc, ndm, vım, oxa-48, ımp-1 genlerin tespiti
An investigation of carbapenem, quinolone and colistin resistance in e. coli and klebsiella pneumoniae strains isolated from different clinical samples and detection of kpc, ndm, vim, oxa-48, imp-1 genes by multiplex pcr in carbapenem-resistant strains.
ÖZGE ALKAN BİLİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
MikrobiyolojiHarran ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BAYRAKTAR
- Karbapeneme dirençli klebsiella pneumoniae suşlarında kolistin direncinin flow sitometri yöntemi ile araştırılması
Carbapenem resistant klebsiella pneumoniae strains' investigation of colistin resistance by flow cytometry
ŞAFAK CEREN UÇAK
Doktora
Türkçe
2023
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETİGÜL ÖNGEN
- Klebsiella pneumoniae izolatlarında kolistin direncinin farklı yöntemlerle belirlenerek MCR direnç genlerinin araştırılması
Investigation of MCR resistance genes by determining colistin resistance in Klebsiella pneumoniae isolats by different methods
KÜBRA NUR TUTAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET PARLAK
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE ÖZKAÇMAZ
- Klinik örneklerden izole edilen escherichia coli, klebsiella pneumoniae ve pseudomonas aeruginosa suşlarında kolistin direnç oranlarının mikrodilüsyon yöntemiyle araştırılması
Investigation of colistin resistance rates in escherichia coli, klebsiella pneumoniae and pseudomonas aeruginosa strains isolated from clinical samples by microdilution method
ELANUR VELİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıAtatürk ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN AKTAŞ