Geri Dön

Joint analysis of SQTL and HI-C reveals spatial proximity between SQTL and target genes across multiple tissues

SQTL ve HI-C'nin ortak analizi, birden fazla dokuda Sqtller ile hedef genler arasında mekansal yakınlık ortaya çıkarıyor

PDF İndir

  1. Tez No: 821778
  2. Yazar: BATUHAN ERALP
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRE SEFER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Özyeğin Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Yapay Zeka Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Yapay Zeka Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 48

Özet

Gen ifadesi ve alternatif splicing ile birlikte gen ifadesi ve düzenlemesi, dokuların ve hücrelerin düzgün bir şekilde işlev görmesi için önemlidir. Genom düzeyinde, bu konular genellikle üç ayrı perspektiften incelenir: 1- Splicing niceliksel özellik lokuslarının (sQTL'lerin) tanınması, 2- İfade niceliksel özellik lokuslarının (eQTL'lerin) tanınması, ve 3- Genom segmentleri arasındaki daha uzun mesafeli fiziksel kromatin etkileşimlerinin (Hi-C verileriyle modellediği) hücre ve dokuların üç boyutlu dinamiklerini tanımlama. Daha önce eQTL'ler ile daha uzun mesafeli kromatin etkileşimleri arasındaki ilişkiler çalışılmış olsa da, sQTL'ler ile kromatin etkileşimleri arasındaki benzer ilişki henüz analiz edilmemiştir. Bu durumda, sQTL'lerin hedef genlerinin mRNA'sının splicingini fiziksel olarak etkileşen genom segmentleri aracılığıyla kontrol edip etmediğini analiz etmek önemlidir. Kromatin etkileşimleri, eQTL'lerin işleyişini yöneten temel süreçlerin bir parçası olmasına rağmen, benzer bir analiz sQTL'lerin perspektifinden eksiktir. Biz 8 farklı insan kanser dokusunda yüksek çıktılı kromatin konformasyon yakalama (Hi-C) ve sQTL veri setlerini birlikte analiz ettik. SQTL'lere sahip gen sayısı ile kromatin etkileşim sıklığı arasında pozitif bir ilişkinin varlığını keşfettik. Bu pozitif ilişki, eQTL'leri de kontrol ettiğimizde hala mevcuttur. Ayrıca, sQTL'ler ve hedef genler genellikle aynı topolojik ilişkili alanlarda (TAD) bulunmaktadır. Bu bulgular, analiz edilen kanser tiplerinin tüm kümesi ve hayatta kalım ile ilgili sQTL'ler gibi farklı fonksiyonel alt kümeleri üzerinde gözlenmektedir. Ayrıca, doku özgü sQTL'ler, 8 insan kanser dokusunun 6'sında (Kronik Myeloid Lösemi, Kolon Adenokarsinomu, Akut Myeloid Lösemi, Akciğer Adenokarsinomu, Prostat Kanseri, Sarkom) doku özgü sık etkileşen bölgelerde (FIRE'lar) istatistiksel olarak zenginleştirilmiştir. sQTL ve Hi-C veri setlerimiz, insanlarda farklı kanser tiplerinde splicing olasılığına sahip sQTL'lerin ve hedef genlerin daha yakın bir mekansal mesafede bulunduğunu göstermektedir. Bu daha yakın mekansal mesafe, eQTL'leri analize dahil edip etmememize bağlı olarak da mevcuttur. sQTL'lerin alternatif splicing'i kromatin etkileşimleri aracılığıyla düzenlediğini bulduk.

Özet (Çeviri)

Gene expression and regulation with or without alternative splicing are crucial for tissues and cells to properly function. They have been studied from three almost independent perspectives at the genome level: 1- Recognition of splicing quantitative trait loci~(sQTLs), 2- Expression quantitative trait loci~(eQTLs) recognition, and 3- Recognition of longer-range physical chromatin interactions between genome segments which model $3$D dynamics of cells and tissues. Even though the associations between eQTLs and longer range chromatin interactions have been previously studied, similar relationship between sQTLs and chromatin interactions has not been previously analyzed. In this case, it is crucial to analyze whether sQTLs control the alternative splicing of their target genes mRNA via physically-interacting genome segments. Even though chromatin interactions are part of the principal processes governing eQTLs functioning, similar analysis is missing from sQTLs perspective. We have jointly analyzed high-throughput chromatin conformation capture~(Hi-C) and sQTL datasets over 8 different human cancer tissues. We have discovered the existence of positive association between the number of genes having sQTLs and chromatin interaction frequency. Such positive association still exists when we also control for eQTLs. Additionally, sQTLs and their target genes generally exist inside identical topologically associating domain~(TAD). Those findings are observed over the whole set of analyzed cancer types and over different functional subsets of sQTL dataset such as survival-related sQTLs. Furthermore, tissue-specific sQTLs are statistically enriched in tissue-specific frequently interacting regions~(FIREs) in 6 out of 8 human cancer tissues~(Chronic Myeloid Leukemia, Colon Adenocarcinoma, Acute Myeloid Leukemia, Lung Adenocarcinoma, Prostate Cancer, Sarcoma). Our sQTL and Hi-C datasets have shown the existence of closer spatial distance between sQTLs and their target genes with possible alternative splicing across a number of different cancer types in human. Such closer spatial distance also exists independent of whether we integrate eQTLs into the analysis. We found that sQTLs regulate the alternative splicing through chromatin interactions.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    176931

    Geology and joint analysis of the Derinkuyu and Kaymaklı underground cities of Cappadocia, Turkey

    Kapadokya bölgesi (Türkiye) Derinkuyu ve Kaymaklı yer altı şehirlerinin jeolojisi ve çatlak analizi

    MEHMET ÖZGÜR MUTLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    ArkeolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Genel Jeoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. DENİZ BURCU ERCİYAS

    PROF. DR. VEDAT TOPRAK

  2. Tez No

    375729

    Determinants of the slope of s&p 500 index options: A joint analysis of macroeconomic announcements and private information

    S&P 500 endeks opsiyonlarından elde edilen zımni oynaklık eğrisinin belirleyici faktörleri: Makroekonomik duyuruların ve özel bilginin (VPIN) birlikte analizi

    BURZE YAŞAR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    İşletmeİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    İşletme Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ASLIHAN SALİH

  3. Tez No

    382667

    Finite element stress analysis of riveted lap joints

    Perçinli bağlantıların sonlu elemanlar metodu analizi

    AHMAD FARSHAD ZAMANİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Makine MühendisliğiGaziantep Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SAİT SÖYLEMEZ

  4. Tez No

    112089

    Analysis of coordination perspectives in a two-stage supply chain system

    İki-aşamalı bir tedarik zinciri sisteminde koordinasyon perspektiflerinin analizi

    PELİN PEKGÜN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2001

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLAY BARBAROSOĞLU

  5. Tez No

    442458

    Multimodal analysis and synthesis of affective human body gestures from speech prosody

    Konuşma bürününden duygu yüklü insan beden jestleri çok kipli analizi ve sentezi

    ELİF BOZKURT

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ENGİN ERZİN

Geri Dön