Purification and characterization of bacterioins produced by pediococcus acidilactici and pediococcus pentosaceus
Pediococcus acidilactici ve pediococcus pentosaceus tarafından üretilen bakteriyosinlerin saflaştırılması ve karakterizasyonu
- Tez No: 82431
- Danışmanlar: PROF.DR. UFUK GÜNDÜZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Pediococcus, pediocin, plazmid DNA, SDS-PAGE, klonlama VI, Pediococcus, pediocin, plasmid DNA, SDS-PAGE, cloning IV
- Yıl: 1999
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 200
Özet
oz Pediococcus acidilactici VE Pediococcus pentosaceus TARAFINDAN ÜRETİLEN BAKTERİYOSİNİN SAFLAŞTIRILMASI VE KARAKTERİZASYONU Osmanağaoğlu, Özlem Doktora, Biyoteknoloji A.B.D. Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Ufak Gündüz Ortak Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Yavuz Beyatlı Temmuz 1999, 200 sayfa Pediocin F olarak adlandırılan antimikrobiyal peptit gıda kökenli bir bakteri olan Pediococcus acidilactici F susu tarafından üretilmektedir. Kısmen saflaştırılan pediocin F'in moleküler ağırlığı SDS-PAGE (sodyum dodesil sülfat poliakrilamit jel elektroforez) ile 4460 dalton olarak belirlenmiştir. Proteolitik enzimlere hassasiyet göstermekle beraber ısıya ve organik çözücülere karşı dayanıklılık gösteren pediocin F geniş bir pH skalasında aktivite göstermektedir. Gıda bozulmalarına ve gıdalardan kaynaklanan hastalıklara sebebiyet veren bir çok bakteriye karşı antimikrobiyal etki gösteren pediocin'in yapılan plazmid giderim çalışmaları sonucu 9.1 kbp'lik plazmid DNA tarafından kodlandığı gösterilmiştir. Plazmid DNA'nın restriksiyon enzimleri ile kesilmesi sonucu antimikrobiyal madde üretiminden sorumlu olan plazmid DNA'nm genetik haritası çıkartılmıştır. P. acidilactici F susunda pediocin F üretiminden sorumlu olan DNA bölgesi klonlanarak baz dizini bulunmuştur. Bu çalışma sonucundapediocin üretiminden sorumlu olan genin P. acidüactici H susu tarafından üretilen pediocin AcH ve P. acidüactici PAC1.0 tarafından üretilen pediocin PA-1 ile aynı baz dizinine sahip olduğu gösterilmiştir. Vakum ile paketlenmiş Türk sosislerinden izole etmiş olduğumuz Pediococcus pentosaceus Pepl susu Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc, Pediococcus, Staphylococcus, Enterococcus ve Clostridium gibi bakterilerin gıda bozulmalarına ve gıda orijinli hastalıklara sebebiyet veren bir çok türüne karşı antimikrobiyal aktivite göstermektedir. Coomassie mavi ile boyanmış SDS- PAGE jelinde pediocin P'nin moleküler ağırlığı 5100 dalton olarak tespit edilirken plazmid giderim ve agaroz jel elektroforez çalışmaları sonucu P. pentosaceus Pepl'de bakteriyosin üretme özelliğinin 9.0 MDa'luk plazmid DNA tarafından kodlandığı tespit edilmiştir. Bakterinin kendi oluşturduğu pediocin P'ye karşı olan bağışıklığının da 9.0 MDa'luk plazmid DNA, pHDl.O tarafından kodlandığı gösterilmiştir. Saflaştırılan plazmid DNA elektroporasyon yöntemi ile E. coli JM109 hücrelerine aktarılmıştır. Fakat hiçbir E. coli hücresinin pediocin'i üretmediği tespit edilmiştir. Aynı şekilde elektroporasyon yöntemi kullanılarak saflaştırmış olduğumuz plazmid DNA, pHDl.O, pediocin P üretiminden sorumlu olan plazmid DNA'yı taşımayan P. pentosaceus PC (P. pentosaceus Pepl susunun plazmid giderim yöntemi ile elde edilmiş olan mutant formu) bakterisine transforme edilmiştir. Yapılan çalışmanın sonucunda P. pentosaceus PC susunun plazmid DNA'yı kazanarak tekrar pediocin üretmeye başladığı gözlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT PURIFICATION AND CHARACTERIZATION OF BACTERIOCINS PRODUCED BY Pediococcus acidilactici AND Pediococcus pentosaceus Osmanağaoğlu, Özlem Ph. D., Department of Biotechnology Supervisor: Prof. Dr. Ufuk Gündüz Co-Supervisor: Prof. Dr. Yavuz Beyath July 1999, 200 pages An antimicrobial peptide designated pediocin F was produced by food- grade Pediococcus acidilactici strain F. The pediocin F was partially purified and the molecular weight of it was determined to be 4460 daltons by SDS- PAGE. Pediocin F was found to be sensitive to proteolytic enzymes, resistant to heat and organic solvents, and active over a wide range of pH and it exhibited antimicrobial activity against several lactic acid bacteria many of which are associated with food-spoilage and food related health hazards. The production of pediocin F was shown to be associated with the presence of 9.1 kbp plasmid as a result of curing experiments. Plasmid DNA from P. acidilactici strain F was prepared by lysozyme-mutanolysin method and purified by cesium chloride-ethidium bromide (CsCl-EtBr) density gradient ultracentrifugation. Plasmid encoding pediocin production in P. acidilactici F was examined for restriction enzyme cleavage patterns and its map has been constructed. Escherichia coli JM109 cells transformed with the recombinant inplasmid, pQE322, produced pediocin F. Nucleotide sequence of DNA region of P. acidilactici plasmid which is involved in production of pediocin F was also reported. This sequence was found to be identical to that of P. acidilactici strain H and P. acidilactici P AC 1.0. A strain of Pediococcus pentosaceus was isolated from Turkish vacuum packaged sausages and designated as Pepl. P. pentosaceus Pepl was found to produce an antimicrobial agent active against several species of Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc, Pediococcus, Staphylococcus, Enterococcus, Listeria and Clostridium; many of which are associated with food spoilage and health hazards of food origin. Since the antimicrobial agent was found to be sensitive to proteolytic enzymes, resistant to heat and organic solvents and active over a wide range of pH; it was categorised as a bacteriocin and named pediocin P. Coomassie blue stained SDS-PAGE indicated that the molecular weight of pediocin P was approximately 5100 daltons. Agarose gel electrophoresis of plasmid DNA and plasmid curing experiments suggested that bacteriocin production was encoded on a plasmid of approximately 9.0 MDa in P. pentosaceus Pep 1. Host immunity to pediocin P was also found to be linked to this plasmid. Attempts to introduce purified plasmid pFTDl.O into recipient E. coli JM109 cells by electroporation were successful but none of the E.coli cells were found to produce pediocin P. Sensitive plasmidless P. pentosaceus PC (a plasmid-cured variant of P. pentosaceus Pepl) was transformed with purified pFTDl.O, a plasmid DNA responsible for pediocin P production in P. pentosaceus Pepl and P. pentosaceus PC produced and expressed pediocin P.
Benzer Tezler
- Pediococcus acidilactici PBF suşu tarafından üretilen bakteriyosinin karakterizasyonu ve saflaştırılması
Characterization and purification of bacteriocin produced by Pediococcus acidilactici PBF
BURCU BİLER
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
BiyolojiAnkara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM OSMANAĞAOĞLU
- Bakteriyosin üreten Pedıococcus sp. 13 suşunun 16S rRNA ile tanımlanması ve karakterizasyonu
Identification with 16S rRNA and characterization of the bacteriocin producing strain Pediococcus sp. 13
EVRİM GÜNEŞ ALTUNTAŞ
Doktora
Türkçe
2011
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAMURAN AYHAN
- Farklı kaynaklardan izole edilen laktik asit bakterilerinin bazı probiyotik özelliklerinin belirlenmesi
Determining some probiotic properties of lactic acid bacteria isolated from different sources
HANDE ORAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyolojiAnkara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM OSMANAĞAOĞLU
- Isolation, purification, characterization, mode of action, and amino acid sequence of bifidocin B and lactococcin R
Başlık çevirisi yok
ZELİHA YILDIRIM
- Çeşitli doğal kaynaklardan izole edilen termofilik bakterilerin ürettikleri bakteriyosinlerin karakterizasyonu ve saflaştırılması
Characterization and purification of bacteriocins produced by thermophilic bacteria isolated from various natural springs
GAMZE BAŞBÜLBÜL
Doktora
Türkçe
2009
BiyolojiAdnan Menderes ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HACI HALİL BIYIK
