Mimetik antimikrobiyal peptitlerin geliştirilmesi ve etkileşimlerinin incelenmesi
Development of mimetic antimicrobial peptides and investigation of its effects
- Tez No: 824980
- Danışmanlar: PROF. DR. ARZU ERSÖZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Eczacılık ve Farmakoloji, Kimya, Biochemistry, Pharmacy and Pharmacology, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Eskişehir Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 180
Özet
Antimikrobiyal peptit (AMP) sınıfından olan ve amfifilik bir lipopeptit olan surfaktinin mikrobiyal hücre zarını hedef alarak, delik gelişimine ve hücre çökmesine neden olduğu bilinmektedir. Özellikle Bacillus subtilis kaynaklarından surfaktinin fermentasyon ve saflaştırılması kritik önem taşıyan adımlardandır. Ayrıca bu biyosentez süreci sonrasında, biyokimyasal sentez ile mimetik surfaktin eldesi de yeni endüstriyel kullanım sahaları açısından büyük önem kazanmıştır. Bu amaçla, çalışmanın ilk aşamasında karnitini ligand olarak barındıran metal-şelat yapısına surfaktinin lipofilik uçlarını tanılayan molekül baskılanmış polimerler (MIP) sentezlenerek, kriyojel kolona gömüldüğü bir akış sistemi geliştirilmiş ve ardından biyo-ekstratlardan halkasal surfaktinin ayrımı ve saflaştırılması incelenmiştir. Bu tamamı tarafımızdan geliştirilen yeni ayırma malzemelerinin karakterizasyonlarının yanı sıra adsorpsiyon-desorpsiyon işlemleri de ortaya konulmuştur. Çalışmanın ikinci aşamasında, saflaştırılan halkasal surfaktinden yola çıkılarak lineer surfaktin (L-surfaktin) elde edilmiştir. Bunun için gerekli lipaz tabanlı kriyojenik kolon sistemi de ilk defa bu çalışmada üretilerek L-surfaktin ve D-sorbitol-L-surfaktin ile F127 pluronik-L-surfaktin mimetik AMP yapılarının biyokimyasal akış kolonunda sentezlenmesinde kullanılmış ve karakterizasyon işlemleriyle de desteklenmiştir. Çalışmanın üçüncü aşamasında ise üretilen halkasal ve lineer surfaktin tabanlı mimetik yapıların bijel (BJ) üretiminde ve hidroksiapatit (HAp) sentezinde kullanılabilirliği ortaya konularak elde edilen bulgular karakterizasyonla desteklenmiştir. Son olarak tez kapsamında sentezlenen surfaktin yapılarından yola çıkılarak hazırlanan mimetik AMP yapılarının antimikrobiyal etkileri incelenmiş ve tartışılmıştır.
Özet (Çeviri)
It is known that surfactin, which is an amphiphilic ring lipopeptide from the antimicrobial peptide (AMP) class, causes hole development and cell collapse by targeting the microbial cell membrane. Fermentation and purification of surfactin especially from Bacillus subtilis sources are critically important spets. In addition, after this biosynthesis process, the production of mimetic surfactin by biochemical synthesis the first stage of the study, a flow system was developed by synthesizing molecular imprinted polymers (MIP) that identify the lipophilic ends of surfactin to the metal-chelate structure containing carnitine as a ligand and embedded in the cryogel column, and then the separation and purification of ring surfactin from bio-extracts was investigated. In addition to the characterizations of these new separation materials, all developed by us, adsorption-desorption processes are also presented. In the second stage of the study, linear surfactin (L-surfactin) was obtained from the purified ring surfactin. The lipase-based cryogenic column system required for this was also produced for the first time in this study, and was used for the synthesis of L-surfactin and D-sorbitol-L-surfactin and F127 pluronic-L-surfactin mimetic AMP structures in a biochemical flow column and supported by characterization processes. In the third stage of the study, the usability of the produced circular and linear surfactin-based mimetic structures in bigel production and hydroxyapatite (HAp) synthesis was revealed and the findings obtained were supported by characterization. Finally, the antimicrobial effects of mimetic AMP structures prepared from the surfactin structures synthesized within the scope of the thesis were examined and discussed.
Benzer Tezler
- Mimetik bıyomoleküller kullanılarak metamalzeme yüzeyinin gelıştirilmesi ve meta-biyo-sensör hazırlanması
Developing metamaterial surface by mimatic biomolecules for creating meta-bio-sensor
BAŞAK GÜDÜLLÜOĞLU
Doktora
Türkçe
2019
BiyoteknolojiHacettepe ÜniversitesiNanoteknoloji ve Nanotıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL HAKKI BOYACI
- Investigating the potential of Bacillus calmette-Guerin vaccine Russia strain, CpG oligonucleotides and intravenous immunoglobulin to induce trained immunity in the context of antiviral immunity
Bacillus calmette-guerin aşısı Rusya suşu, CpG oligonükleotidler ve intravenöz immünoglobülinin antiviral bağışıklık bağlamında eğitilmiş bağışıklığı indükleme potansiyellerinin araştırılması
İLAYDA BAYDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Allerji ve İmmünolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAYDA GÜRSEL
- Mimetik F(R) Gravitasyon
Mimetic F(R) Gravity
EMRE DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERTAN GÜDEKLİ
- Construction of narrative worlds in mimetic and anti-mimetic fiction: A critical reading of Possible Worlds Theory
Mimetik ve anti-mimetik romanda anlatı dünyaları kurulumu: Mümkün Dünyalar Kuramı'nın eleştirel bir okuması
SADENUR DOĞAN ASLANTATAR
Doktora
İngilizce
2022
İngiliz Dili ve EdebiyatıOrta Doğu Teknik Üniversitesiİngiliz Edebiyatı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF ÖZTABAK AVCI
- Osteo-mimetik kültür ortamı tasarımı ile kemik iliği mezankimal kök hücrelerinin osteojenik farklılaşma kapasitesinin artırılması
Increasing osteogenic differentiation capacity of bone marrow mesenchymal stem cells by design of osteo-mimetic culture environment
ELİT ÖZELÇAĞLAYAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
11111Kastamonu ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NURAY EMİN