Sütçüler kekiği (Origanum minutiflorum)'nde 1-deoksi-d-ksilüloz 5 fosfat redüktoizomeraz (DXR) ve terpen sentaz genlerinin izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and characterization of 1-deoxy-d-xylulose 5 phosphate reductoisomerase (DXR) and terpene synthase genes in Sütçüler oregano (Origanum minutiflorum)
- Tez No: 825044
- Danışmanlar: PROF. DR. YAŞAR KARAKURT
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Bitkisel Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
'Sütçüler kekiği' olarak bilinen Origanum minutiflorum, Türkiye'de Isparta ilinin Sütçüler ilçesinde yetişen endemik bir türdür. Bu çalışmada Origanum minutiflorum bitkisinden uçucu yağ sentezinde görev alan 1-deoksi-D-ksilüloz fosfat redüktoizomeraz (OmDXR) ve terpen sentaz 1 (OmTPS1) genlerinin izolasyonu ve karakterizasyonu amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda kekik yapraklarında toplam RNA izole edilmiş ve hedef genlere özgü primerler ile genlerin moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Çalışma sonucunda OmDXR genine ait tam uzunluktaki cDNA nükleotid uzunluğunun 1 700 bç ve genin 1446 bç'lik kısmının açık okuma çerçeve bölgesini içerdiği tespit edilmiştir. Genin, 138 bç'lik kısmının 5'-UTR, 116 bç'lik kısımnın ise 3'-UTR bölgesini içerdiği ve genin 481 amino asit uzunluğunda bir proteini kodladığı saptanmıştır. Ayrıca çalışma kapsamında elde edilen nükleotid dizisinin önceki çalışmalardan elde edilen nükleotid dizileri ile %74.22-81.07, protein dizisinin ise %70.92-72.95 arasında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. OmTPS1 genine ait tam uzunluktaki cDNA nükleotid uzunluğunun 1 836 bç olduğu ve genin 1 806 bç'lik kısmının açık okuma çerçeve bölgesini içerdiği saptanmıştır. OmTPS1 genin kodladığı proteinin ise 601 amino asit uzunluğunda olduğu saptanmıştır. Ayrıca çalışma kapsamında elde edilen nükleotid dizisinin önceki çalışmalardan elde edilen nükleotid dizileri ile %75.99-89.58, protein dizisinin ise %51.66-69.88 arasında benzerlik olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca tez kapsamında OmDXR ve OmTPS1 genlerinin Origanum minutiflorum genomunda kaç kopya ile temsil edildiğini belirlemek amacıyla 'Southern Blot' analizi yürütülmüştür. Çalışmada karakterize edilen genlerin 'Southern' Blot analizleri sonucunda her iki genin de (OmDXR ve OmTPS1) üç farklı enzimle (EcoRI, BamHI ve HindIII) kesimi sonucunda tek DNA bandı ürettiği ve genomda tek kopyalarının olduğu saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
Origanum minutiflorum, also known as 'Sütçüler Kekiği', is an endemic species that grows in the Sütçüler region of Isparta province, Turkey. The aim of this study is to isolate and characterize the 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (OmDXR) and terpene synthase 1 (OmTPS1) genes involved in the synthesis of essential oil from Origanum minutiflorum plant. In accordance with this objective, total RNA was isolated from thyme leaves, and a series of molecular procedures were carried out using specific primers targeting the target genes. As a result of the study, it was determined that the full-length cDNA nucleotide length of the OmDXR gene is 1 700 bp, and it contains the open reading frame region of the gene, which is 1 446 bp. The gene was found to contain a 5'-UTR of 138 bp and a 3'-UTR of 116 bp, with the coding region encoding a protein of 481 amino acids in length. Furthermore, the nucleotide sequence obtained in this study showed a similarity of 74.22% to 81.07% with previously obtained nucleotide sequences from other studies. Similarly, the protein sequence showed a similarity of 70.92% to 72.95% with the protein sequences from those previous studies. The full-length cDNA nucleotide sequence of the OmTPS1 gene was found to be 1 836 bp long, and 1 806 bp of the gene was identified to be the open reading frame region. The protein encoded by the OmTPS1 gene was found to be 601 amino acids long. Additionally, in the aim of this study, it was determined that the nucleotide sequence obtained showed similarity with the sequence lengths obtained from previous studies at a range of 75.99% to 89.58%, while the protein sequence showed similarity at a range of 51.66% to 69.88%. In addition, within the scope of the thesis, a 'Southern Blot' analysis was conducted to determine the copy number of the OmDXR and OmTPS1 genes in the Origanum minutiflorum genome. The results of the 'Southern Blot' analysis of the characterized genes revealed that both genes (OmDXR and OmTPS1), when digested with three different enzymes (EcoRI, BamHI, and HindIII), produced a single DNA band, indicating that they exist as single copies in the genome.
Benzer Tezler
- Sütçüler kekiği (Origanum minutiflorum O. Schwarz & P.H. Davis) ve biberiye (Rosmarinus officinalis L.) uçucu yağlarının bazı kültür bitki ve yabancı ot tohumları üzerine biyo-herbisidal potansiyellerinin belirlenmesi
Determination of bio-herbicidal potentials of essential oils from turkish oregano (Origanum minutiflorum O. Schwarz & P.H. Davis) and rosemary (Rosmarinus officinalis L.) on seeds of some cultural crops and weeds
TÜLAY CUNETOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ZiraatMustafa Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLHAN ÜREMİŞ
- Yayla/sütçüler kekiğinin (Origanum minutiflorum O. Schwarz et P.H. Davis) kültüre alınması ve farklı hasat dönemlerine göre verim ve bazı kalite özelliklerinin araştırılması
The investigation on cultivated and some of qualitycharacteristics and drug yield according to the harvesting time of Plateau/Sütcüler oregano (Origanum minutiflorum O. Schwarz et P.H. Davis)
İLKNUR İŞCAN
- Türkiye' de Lamiaceae (Labiatae) familyasına ait baharat veya çeşni olarak kullanılan bazı bitkilerin fenolik bileşenleri ile antioksidan ve antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi
Determination of phenolic components, antioxidant and antibacterial effects of some plants used herb or condiment belonging to Lamiacea (Labiatea) family in Turkey
GÜLCAN ÖZKAN
Doktora
Türkçe
2007
Gıda MühendisliğiSelçuk ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET MUSA ÖZCAN
- Isparta Sütçüler'de yetişen kekiklerin doğal boyama yöntemi ile haslık değerlerinin tespiti
Determination of fastness values of thyme grown in Isparta Sütçüler by natural dyeing method
HÜSEYİN DENİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
El SanatlarıSüleyman Demirel ÜniversitesiGeleneksel Türk El Sanatları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA GENÇ
- Origanum minutiflorum O. Schwarz et P.H. Davis üzerine farmakognozik araştırmalar
Pharmacognostical studies on origanum minutiflorum O. Schwarz et P.H. Davis
GÜLSÜM YILDIZ
Doktora
Türkçe
2020
Eczacılık ve FarmakolojiAnadolu ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEŞE KIRIMER
PROF. DR. MİNE KÜRKÇÜOĞLU