Geri Dön

Sütçüler kekiği (Origanum minutiflorum)'nde 1-deoksi-d-ksilüloz 5 fosfat redüktoizomeraz (DXR) ve terpen sentaz genlerinin izolasyonu ve karakterizasyonu

Isolation and characterization of 1-deoxy-d-xylulose 5 phosphate reductoisomerase (DXR) and terpene synthase genes in Sütçüler oregano (Origanum minutiflorum)

  1. Tez No: 825044
  2. Yazar: CİVAN ÇELİK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. YAŞAR KARAKURT
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Bitkisel Biyoteknoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 105

Özet

'Sütçüler kekiği' olarak bilinen Origanum minutiflorum, Türkiye'de Isparta ilinin Sütçüler ilçesinde yetişen endemik bir türdür. Bu çalışmada Origanum minutiflorum bitkisinden uçucu yağ sentezinde görev alan 1-deoksi-D-ksilüloz fosfat redüktoizomeraz (OmDXR) ve terpen sentaz 1 (OmTPS1) genlerinin izolasyonu ve karakterizasyonu amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda kekik yapraklarında toplam RNA izole edilmiş ve hedef genlere özgü primerler ile genlerin moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Çalışma sonucunda OmDXR genine ait tam uzunluktaki cDNA nükleotid uzunluğunun 1 700 bç ve genin 1446 bç'lik kısmının açık okuma çerçeve bölgesini içerdiği tespit edilmiştir. Genin, 138 bç'lik kısmının 5'-UTR, 116 bç'lik kısımnın ise 3'-UTR bölgesini içerdiği ve genin 481 amino asit uzunluğunda bir proteini kodladığı saptanmıştır. Ayrıca çalışma kapsamında elde edilen nükleotid dizisinin önceki çalışmalardan elde edilen nükleotid dizileri ile %74.22-81.07, protein dizisinin ise %70.92-72.95 arasında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. OmTPS1 genine ait tam uzunluktaki cDNA nükleotid uzunluğunun 1 836 bç olduğu ve genin 1 806 bç'lik kısmının açık okuma çerçeve bölgesini içerdiği saptanmıştır. OmTPS1 genin kodladığı proteinin ise 601 amino asit uzunluğunda olduğu saptanmıştır. Ayrıca çalışma kapsamında elde edilen nükleotid dizisinin önceki çalışmalardan elde edilen nükleotid dizileri ile %75.99-89.58, protein dizisinin ise %51.66-69.88 arasında benzerlik olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca tez kapsamında OmDXR ve OmTPS1 genlerinin Origanum minutiflorum genomunda kaç kopya ile temsil edildiğini belirlemek amacıyla 'Southern Blot' analizi yürütülmüştür. Çalışmada karakterize edilen genlerin 'Southern' Blot analizleri sonucunda her iki genin de (OmDXR ve OmTPS1) üç farklı enzimle (EcoRI, BamHI ve HindIII) kesimi sonucunda tek DNA bandı ürettiği ve genomda tek kopyalarının olduğu saptanmıştır.

Özet (Çeviri)

Origanum minutiflorum, also known as 'Sütçüler Kekiği', is an endemic species that grows in the Sütçüler region of Isparta province, Turkey. The aim of this study is to isolate and characterize the 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (OmDXR) and terpene synthase 1 (OmTPS1) genes involved in the synthesis of essential oil from Origanum minutiflorum plant. In accordance with this objective, total RNA was isolated from thyme leaves, and a series of molecular procedures were carried out using specific primers targeting the target genes. As a result of the study, it was determined that the full-length cDNA nucleotide length of the OmDXR gene is 1 700 bp, and it contains the open reading frame region of the gene, which is 1 446 bp. The gene was found to contain a 5'-UTR of 138 bp and a 3'-UTR of 116 bp, with the coding region encoding a protein of 481 amino acids in length. Furthermore, the nucleotide sequence obtained in this study showed a similarity of 74.22% to 81.07% with previously obtained nucleotide sequences from other studies. Similarly, the protein sequence showed a similarity of 70.92% to 72.95% with the protein sequences from those previous studies. The full-length cDNA nucleotide sequence of the OmTPS1 gene was found to be 1 836 bp long, and 1 806 bp of the gene was identified to be the open reading frame region. The protein encoded by the OmTPS1 gene was found to be 601 amino acids long. Additionally, in the aim of this study, it was determined that the nucleotide sequence obtained showed similarity with the sequence lengths obtained from previous studies at a range of 75.99% to 89.58%, while the protein sequence showed similarity at a range of 51.66% to 69.88%. In addition, within the scope of the thesis, a 'Southern Blot' analysis was conducted to determine the copy number of the OmDXR and OmTPS1 genes in the Origanum minutiflorum genome. The results of the 'Southern Blot' analysis of the characterized genes revealed that both genes (OmDXR and OmTPS1), when digested with three different enzymes (EcoRI, BamHI, and HindIII), produced a single DNA band, indicating that they exist as single copies in the genome.

Benzer Tezler

  1. Sütçüler kekiği (Origanum minutiflorum O. Schwarz & P.H. Davis) ve biberiye (Rosmarinus officinalis L.) uçucu yağlarının bazı kültür bitki ve yabancı ot tohumları üzerine biyo-herbisidal potansiyellerinin belirlenmesi

    Determination of bio-herbicidal potentials of essential oils from turkish oregano (Origanum minutiflorum O. Schwarz & P.H. Davis) and rosemary (Rosmarinus officinalis L.) on seeds of some cultural crops and weeds

    TÜLAY CUNETOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    ZiraatMustafa Kemal Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLHAN ÜREMİŞ

  2. Yayla/sütçüler kekiğinin (Origanum minutiflorum O. Schwarz et P.H. Davis) kültüre alınması ve farklı hasat dönemlerine göre verim ve bazı kalite özelliklerinin araştırılması

    The investigation on cultivated and some of qualitycharacteristics and drug yield according to the harvesting time of Plateau/Sütcüler oregano (Origanum minutiflorum O. Schwarz et P.H. Davis)

    İLKNUR İŞCAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    ZiraatSelçuk Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YÜKSEL KAN

  3. Türkiye' de Lamiaceae (Labiatae) familyasına ait baharat veya çeşni olarak kullanılan bazı bitkilerin fenolik bileşenleri ile antioksidan ve antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi

    Determination of phenolic components, antioxidant and antibacterial effects of some plants used herb or condiment belonging to Lamiacea (Labiatea) family in Turkey

    GÜLCAN ÖZKAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    Gıda MühendisliğiSelçuk Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET MUSA ÖZCAN

  4. Isparta Sütçüler'de yetişen kekiklerin doğal boyama yöntemi ile haslık değerlerinin tespiti

    Determination of fastness values of thyme grown in Isparta Sütçüler by natural dyeing method

    HÜSEYİN DENİZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    El SanatlarıSüleyman Demirel Üniversitesi

    Geleneksel Türk El Sanatları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUSTAFA GENÇ

  5. Origanum minutiflorum O. Schwarz et P.H. Davis üzerine farmakognozik araştırmalar

    Pharmacognostical studies on origanum minutiflorum O. Schwarz et P.H. Davis

    GÜLSÜM YILDIZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Eczacılık ve FarmakolojiAnadolu Üniversitesi

    Farmakognozi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEŞE KIRIMER

    PROF. DR. MİNE KÜRKÇÜOĞLU