ProFAB: Open protein functional annotation benchmark
ProFAB: Protein fonksiyonel anotasyonu kıyaslama
- Tez No: 825160
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET VOLKAN ATALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoinformatik Ana Bilim Dalı (Disiplinlerarası)
- Bilim Dalı: Sağlık Bilişim Sistemleri Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Protein dizilerinin biyolojik veritabanlarında artmasıyla birlikte, yüksek kapsamda doğru fonksiyonel açıklama sağlamak için hesaplama yöntemleri gereklidir. Bu amaçla birçok makine öğrenimi yöntemi önerilmiş olmasına rağmen, hala iki temel sorun bulunmaktadır: (i) güvenilir pozitif ve negatif eğitim ve doğrulama veri setlerinin oluşturulması ve (ii) önceden belirlenmiş deneysel ayarlar temelinde performanslarının adil bir şekilde değerlendirilmesi. Bu sorunları ele almak için, ProFAB: Açık Protein Fonksiyonel Açıklama Karşılaştırma Platformu'nu geliştirdik. ProFAB, filtrelenmiş ve önceden işlenmiş protein açıklama veri setleri sağlar ve Gene Ontology terimleri ve Enzim Komisyon numaralarına dayalı protein fonksiyonu tahmin yöntemlerinin eğitimini ve değerlendirmesini birkaç seçenek üzerinden mümkün kılar. ProFAB'ın, hazır veri setlerinin ve makine öğrenimi algoritmalarının kullanılmasını sağlayarak hem hesaplama hem de deneysel araştırmacılar için faydalı olacağını düşünüyoruz.
Özet (Çeviri)
As the number of protein sequences increases in biological databases, computational methods are required to provide accurate functional annotation with high coverage. Although several machine learning methods have been proposed for this purpose, there are still two main issues: (i) construction of reliable positive and negative training and validation datasets, and (ii) fair evaluation of their performances based on predefined experimental settings. To address these issues, we have developed ProFAB: Open Protein Functional Annotation Benchmark, which is a platform providing an infrastructure for a fair comparison of protein function prediction methods. ProFAB provides filtered and preprocessed protein annotation datasets and enables the training and evaluation of function prediction methods via several options. We believe that ProFAB will be useful for both computational and experimental researchers by enabling the utilization of ready-to-use datasets and machine learning algorithms for protein function prediction based on Gene Ontology terms and Enzyme Commission numbers
Benzer Tezler
- Avrupa tasvir sanatında Caravaggio ve ikonografisi
Iconography of Caravaggio in European depiction art
TUĞBA SAYAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Güzel SanatlarGazi ÜniversitesiSanat Tarihi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜL TUNÇEL
- Günümüze kadar gelmiş köy seyirlik oyunlarından örnekler
Samples of traditional village plays are still staged today
MEHTAP ÜÇÖZ ÇEBİ
- Prefabrikasyonda üretim planlamasına yönelik bilgisayar destekli bir bütünleşik veri akış/değerlendirme sistemi
A Computer-aided integrated data flow and evaluation model for production planning in prefabricated building systems
ALAATTİN KANOĞLU
- İslam düşüncesi bağlamında ilahilik- beşerilik tartışmaları
Divinity-profan discussion in the context of Islamic thought
CAFER GENÇ
Doktora
Türkçe
2016
DinAtatürk ÜniversitesiTemel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMET YAZICI
- Komnenoslar Dönemi Bizans profan sanatında doğaüstü yaratıklar
Supernatural creatures in Byzantine profan art of the Komnenian era
GÜLŞEN ABBASOĞLU