Investigation of dna methylation changes in brain and blood associated with excessive alcohol consumption behavior in wistar rats
Wistar sıçanlarında aşırı alkol tüketim davranışına bağlı beyin ve kan dna metilasyon değişikliklerinin incelenmesi
- Tez No: 825162
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYBAR CAN ACAR, DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Genetik, Biostatistics, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Sağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoenformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Alkol kullanım bozukluğu (AKB), sebep olduğu yıkıcı sağlık, sosyal ve ekonomik sonuçlara rağmen alkol kullanımını kontrol edememe ile ilişkili psikiyatrik bir bozukluktur ve AKB ile ilişkili ölüm oranı, diyabet, tüberküloz ve HIV/AIDS dahil yüksek ölüm oranına sahip birçok hastalığınkinden daha yüksektir. Bu kadar yüksek bir ölüm oranına rağmen, AKB'nin kompleks etiyolojisinin hala tam olarak anlaşılamaması nedeniyle başarılı tedaviler sınırlıdır. Tek yumurta ikizleri çalışmaları, AKB'nin yaklaşık %50-60 oranında kalıtsal olduğu göstermiştir ve tek yumurta ikizleri üzerinde yapılan diğer çalışmalarda da epigenetik mekanizmaların çeşitli psikiyatrik bozuklukların etiyolojisinde rol oynadığını bulunmuştur. Bu durumun AKB için de geçerli olduğu, AKB ile epigenetik mekanizmalardan biri olan DNA metilasyonu arasındaki ilişkiyi inceleyen çalışmalar tarafından bulunmuştur. Bu çalışmada, erkek ve dişi wistar sıçanlarında aşırı alkol tüketimine bağlı ödül sistemi ile ilişkili dört beyin bölgesi ve kan DNA metilasyon değişikliklerini inceledik. İndirgenmiş gösterim bisülfit dizileme (RRBS) tekniğini kullanılarak elde edilen ham veriler ön işlemden geçirilip referans genoma hizalandıktan sonra diferansiyel metilasyon analizi yapılmıştır. Bu analiz sonucunda beyin bölgelerinde ve kanda çok sayıda diferansiyel metillenmiş sitozinler (DMC'ler), bölgeler (DMR'lar) ve genler (DMG'ler) tespit ettik. Daha sonraki yaptığımız analizler, wistar sıçanlarında aşırı alkol tüketimine bağlı DNA metilasyon değişikliklerinin cinsiyete özgü ve büyük düzeyde beyin bölgesine ve dokuya özgü olduğunu ortaya çıkarmıştır. Ayrıca Zfhx3, Foxn4, Gpr1, Gnas ve Cmklr1 genlerindeki DNA metilasyon değişikliklerinin AKB'nin potansiyel epigenetik biyobelirteçleri olabileceğini bulduk.
Özet (Çeviri)
Alcohol use disorder (AUD) is a psychiatric disorder related with the inability to control alcohol use despite its devastating health, social, and economic consequences, and AUD-associated mortality rate is higher than that of many diseases with high mortality rates, including diabetes, tuberculosis, and HIV/AIDS. Despite such a high mortality rate, successful treatments are limited since the complex etiology of AUD is still not fully understood. Monozygotic twin studies have shown that AUD to be about 50-60% heritable and other studies on twins have found that epigenetic mechanisms play a role in the etiology of various psychiatric disorders. When studies examined the association of AUD and DNA methylation, one of the epigenetic mechanisms, they have shown that this is also the case for AUD. In this study, we investigated excessive alcohol consumption related DNA methylation alterations in four reward-related brain regions and blood in male and female wistar rats. Raw data obtained using reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) technique were preprocessed, mapped to reference genome and differential methylation analysis was performed. We identified numerous differentially methylated cytosines (DMCs), regions (DMRs), and genes (DMGs) in each brain region and blood. Subsequent downstream analyses revealed that excessive alcohol consumption related DNA methylation alterations in wistar rats are sex-specific and mainly brain region-specific and tissue-specific. We also found that DNA methylation changes in Zfhx3, Foxn4, Gpr1, Gnas and Cmklr1 genes might be potential epigenetic biomarkers of AUD.
Benzer Tezler
- Glial Tümörlerde DNA Metilasyon Analizi ve Genetik Varyasyonların Belirlenmesi
DNA Methylation Analysis and Determination of Genetic Variations in Glial Tumors
ELİF NUR BOZDAĞ
- Epibrassinolid ve/veya temozolomidin apoptotik etkilerinin temozolomid dirençli LN-18 glioblastoma multiforme hücrelerinde incelenmesi
Investigation of the apoptotic effects of epibrassinolide and/or temozolomide in temozolomide resistant LN-18 glioblastoma multiforme cells
EREN YÜKSELOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Morfolojiİstanbul Kültür ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PINAR OBAKAN YERLİKAYA
- Genç ve yaşlı sıçanlarda bellek oluşumu ve depolanmasının, zaman bağımlı olarak beynin farklı bölgelerinde DNA metilasyonu yönünden incelenmesi
Investigation of time-dependent DNA methylation in different regions of the brain in related with memory formation and storage in young and aged rats
ÇİĞDEM YAZICI MUTLU
Doktora
Türkçe
2018
Moleküler TıpAnkara ÜniversitesiDisiplinlerarası Sinir Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EYÜP SABRİ AKARSU
- Deksmedetomidinin ratlarda epigenetik etkilerinin araştırılması
Investigation of epigenetic effects of dexmedetomidine in rats
MUSTAFA CEM SÜRECEK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Anestezi ve ReanimasyonÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN ALİ KİRAZ
- Glial tümörlü hastalarda prognozu etkileyen mekanizmaların moleküler yöntemler kullanılarak araştırılması.
Investigation of mechanisms affecting prognosis in patients with glial tumors using molecular methods
SELDA YAVUZ
Doktora
Türkçe
2023
Genetikİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ONUR BAYKARA