Geri Dön

Identification and characterization of two intronic transcripts in MCF7 cells

MCF7 hücrelerinde iki adet intronik transkriptin tanımlanması ve karakterize edilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 825229
  2. Yazar: İREM CEMİLE EROĞLU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Alternatif poliadenilasyon (APA), mRNA işleme sırasında 3'UTR poliadenilasyon sinyallerinin uzunluğunun değiştirilmesidir. Bu işlem sonucunda elde edilen farklı mRNA izoformlarının 3'UTR uzunlukları, belirli bir mRNA'dan çevrilen protein miktarı gibi farklı mRNA özelliklerini etkiler. APA ayrıca 3'UTR yerine intronic bölgelerde de gerçekleşebilir ve bu sürece intronik poliadenilasyon (IPA) denir. IPA, genlerden ifade edilen proteinlerin düzeylerinde ve yapılarında değişikliklere neden olur. Bu tezde, MCF7 meme kanseri hücrelerinde RNA 3'-uç dizileme yöntemi kullanılarak tanımlanmış iki bağımsız IPA olayını incelendi ve karakterize edildi. Bu yöntem, farklı izoformların 3'-uçları hakkında bilgi sağlamış ve geleneksel deneysel yaklaşımlarla birlikte kullanılmıştır. Tümör Protein D52 Benzeri 1 (TPD52L1) ve Tümör Protein 53 (TP53) intronic transkriptleri incelenmiş, ekspresyonları onaylanmış, klonlanmış ve 3' uçları doğrulanmıştır. Ayrıca, bu transkriptlere yönelik önemli işlevsel kanıtlar sunulmuştur. Bu sonuçlar, kanser transkriptomlarındaki kompleks izoformların yeterince tespit edilemediğini göstererek bu transkriptlerin rollerinin daha iyi anlaşılması için daha fazla çalışmanın yolunu açmaktadır.

Özet (Çeviri)

Alternative polyadenylation (APA) is the alteration of the length of the 3'UTR polyadenylation signals during mRNA processing. This resulting change in 3'UTR lengths of mRNA isoforms affects different mRNA properties like its stability, localization, and the protein quantity translated from a specific mRNA. APA can also occur in intronic sites rather than 3'UTR, and this process is called the intronic polyadenylation (IPA). IPA causes changes in the levels and structures of the proteins translated from the genes. In this thesis, I identified and characterized two independent IPA events in MCF7 breast cancer cells using RNA 3'-end sequencing which provides information on different 3'-ends of isoforms and conventional experimental approaches. I studied the intronic transcripts of Tumor Protein D52 like 1 (TPD52L1) and Tumor Protein 53 (TP53), confirmed their expression, cloned and verified their 3' ends. I also provide preliminary functional evidence on the transcripts. These results are an indication of the underdetection of the complex isoforms of cancer transcriptomes and pave the way of further work to better understand the roles of these transcripts.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    153428

    Characterization and identification of bacteriocins from two Lactococcus Lactis subsp. Lactis strains

    İki ayrı Lactococcus lactis alttür Lactis suşundan bakteriyosin karakterizasyonu ve tanımlanması

    OYA AKÇELİK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ

    PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK

  2. Tez No

    299186

    Identification and characterization of manganese tolerance genes in Beta vulgaris subsp. maritima

    Beta vulgaris subsp. maritima?daki mangan tolerans genlerinin belirlenmesi ve karakterizasyonu

    IŞIL ERBAŞOL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. H. ÇAĞLAR KARAKAYA

  3. Tez No

    335861

    Identification and characterization of meiothermus ruber thiolase and clostridium acetobutylicum thiolase

    Clostridium acetobutylicum tiyolaz ve meiothermus ruber tiyolaz enzimlerinin tanımlanması ve karakterizasyonu

    MELTEM KUTLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Bölümü

    PROF. DR. OYA ATICI

    PROF. DR. THOMAS BRÜCK

  4. Tez No

    470046

    Identification and characterization of exonic variants related with familial essential tremor

    Ailesel esansiyel tremor ile ilişkili ekzonik varyantların belirlenmesi ve karakterizasyonu

    İSLAM OĞUZ TUNCAY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Genetikİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Nörobilim Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. AYŞE BEGÜM TEKİNAY

  5. Tez No

    591352

    Identification and characterization of 6-4 photolyase of vibrio cholerae

    Vibrio cholerae canlısında 6-4 fotoliyazının tespiti ve karakterize edilmesi

    UĞUR MERİÇ DİKBAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI

Geri Dön