Geri Dön

Assesment of genetic relationship between durum wheat genotypes using highly polymorphic microsatellite markers

Yüksek düzeyde polimorfizm gösteren mikrosaletit belirleyicileri kullanılarak durum buğdaylarının genetik ilişkilerinin saptanması

  1. Tez No: 82564
  2. Yazar: NURDAN DOĞRAR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MAHİNUR S. AKKAYA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Mikrosatelitler, Genetik Akrabalık, Buğday, Moleküler Belirleyiciler. M, Microsatellites, Genetic Relationship, Wheat, Molecular Markers IV
  7. Yıl: 1999
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 121

Özet

öz YÜKSEK DÜZEYDE POLİMORFİZM GÖSTEREN MİKROSATELÜT BELİRLEYİCİLERİ KULLANILARAK DURUM BUĞDAYLARININ GENETİK İLİŞKİLERİNİN SAPTANMASI Doğrar, Nurdan Yüksek Lisans. Biyokimya Bölümü Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Mahinur S. Akkaya Temmuz 1999, 121 sayfa DNA'ya bağlı belirleyiciler, çeşitlerin genotiplerini birbirlerinden ayırmak için kullanılan temel belirleyicilerdir. Basit Dizilim Tekrar DNA'ları (BDTD) ya da mikrosatelitler, Polimeraz Zincir Reaksiyonu'na (PZR) bağlı moleküler belirleyicilerdir. BDTD belirleyicileri yüksek polimorfik özellikleri, özgül lokus ve yinelenebilir olmaları nedeni ile DNA parmak izi çalışmalarında kullanılan en güvenilir belirleyicilerdir. Buğdayın A ve Bgenomuna ait bir seri mikrosatelit, 16 adet kışlık ve 6 adet yazlık Türk durum buğdayını birbirinden ayırmak için kullanılmıştır. Aynı mikrosatelitler 15 popülasyonun çeşit içi polimorfizm çalışmalarında da kullanılmıştır. Nükleotit tekrarları arasındaki uzunluk farklılıkları, uzunluk polimorfizmi olarak, [a-^PJ-dATP ile işaretlenmiş PZR ürünlerinin DNA dizilim jellerinde ayrılması sonucu saptanmıştır. Mikrosatelit lokuslarına ait alel büyüklükleri baz çiftleri olarak belirlenmiştir. Çalışılan 7 belirleyiciden sadece 3 tanesi tüm kışlık, sadece 1 tanesi de yazlık genotipleri birbirlerinden ayırmak için yeterli olmuştur. Nükleotitlerin alel uzunlukları mikrosatelit data matriksi hazırlamak için kullanılmıştır.“Nei72”ve“simple matching coefficient”tabanlı“Neighbor-joining”ve“UPGMA”sınıflandırılmaları kullanılarak çeşitli genetik ağaçlar elde edilmiştir. Bütün birleştirilmiş genel ağaçlarda 'Çakmak-79' ve 'Selçuklu- 97' genotipleri soyağacı bilgileriyle uyumlu olarak birlikte sınıflanmalardır. Yazlık ve kışlık çeşitlerin hala değişik düzeylerde durulmamış oldukları saptanmıştır.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT ASSESSMENT OF GENETIC RELATIONSHIP BETWEEN DURUM WHEAT GENOTYPES USING HIGHLY POLYMORPHIC MICROSATELLITE MARKERS Doğrar, Nurdan M. S. Department of Biochemistry SupervisonAssoc. Prof. Dr. Mahmur S. Akkaya July 1999, 121 pages DNA based markers are the fundamental tools for differentiating genotypes of varieties. Microsatellites or Simple Sequence Repeats (SSRs) are PCR based molecular markers. SSRs can be used for DNA fingerprinting due to their high level of polymorphism, locus specificity and reproducibility. A set of microsatellites belonging to the A and the B chromosomes of wheat were used to differentiate 16 winter type and 6 Ulspring type Turkish durum wheat varieties and cultivars. Same microsatellites were used to analyze on in-variety polymorphism studies of 15 durum wheat populations. The variations in the number of nucleotide repeats, SSR length polymorphism, were detected by separating [a-KP]-dATP labeled PCR products on the DNA sequencing gels. The allele sizes were detected as base pairs. Among 7 SSR markers studied, 3 could differentiate all the winter genotypes and only 1 could differentiate the spring types from each other. The lengths of alleles in the number of nucleotides were used to prepare a microsatellite data matrix. Neighbor-joining and UPGMA clustering methods were performed based on Nei72 and simple matching coefficient matrices were used to construct various types of genetic relationship trees. In all the consensus trees obtained, genotypes of 'Çakmak-79' and "Selçuklu-97' were clustered together which was in accordance with their pedigree knowledge. It was founded that the spring and winter type cultivars were still segregating in different levels.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    118951

    Analysis of Triticum monococcum ssp. boeoticum accessions distributed over Turkey using AFLP markers and assessment of polymorphism levels of newly isolated SSR markers

    Türkiye'de dağılım gösteren Triticum monococcum ssp. boeoticum alttürlerinin AFLP belirleyicisi kullanılarak genetik ilişkilendirilmesi ve yeni izole edilmiş SSR belirleyicilerinin polimorfizm seviyelerinin belirlenmesi

    ELİF UZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. MAHİNUR AKKAYA

    PROF.DR. MERAL YÜCEL

  2. Tez No

    506666

    Isolation of novel Quorum quenching bacteria for the control of membrane biofouling and the effect of Bacillus sp. T5 and Delftia sp. T6 on microbial community structure in membrane bioreactor

    Membran biyotıkanmasının kontrolü amacıyla yeni Quorum quenching bakterilerinin izolasyonu ve Bacillus sp.T5/Delftia sp. T6 türlerinin membran biyoreaktördeki mikrobiyal komüniteye etkisinin belirlenmesi

    BAHAR YAVUZTÜRK GÜL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMAİL KOYUNCU

  3. Tez No

    363884

    Türkiye'de endüstriyel tasarımcıların hizmet tasarımı alanındaki konumu üzerine bir araştırma

    A study on the position of industrial designers in the field of service design in Turkey

    SANİYE FIŞGIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Endüstri Ürünleri Tasarımıİstanbul Teknik Üniversitesi

    Endüstri Ürünleri Tasarımı Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HATİCE HÜMANUR BAĞLI

  4. Tez No

    406521

    SSR moleküler işaretleyicileri kullanılarak Türkiye'de yetiştiriciliği yapılan soğan çeşitleri arasındaki genetik ilişkinin belirlenmesi

    Assessment of genetic relationship among onion cultivars grown in Turkey using SSR markers

    ERTAN KANBUR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyoteknolojiUludağ Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET İPEK

  5. Tez No

    769889

    Effects of genetic liability to psychosis proneness and psychosis proneness on functional connectivity of the salience network

    Psikoza olan genetik yatkınlığın ve psikoza eğilimin dikkat çekerlik ağındaki fonksiyonel bağlantısallık üzerine etkileri

    İLAYDA AYDOĞAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Psikolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Sinirbilimler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TIMOTHEA TOULOPOULOU

Geri Dön