Genetic and immunological investigation of patients with mycobacterial diseases
Mikobakteriyel hastalığı olan hastaların genetik ve immünolojik açıdan incelenmesi
- Tez No: 826709
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ BANU BAYYURT KOCABAŞ, DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN BELKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Allerji ve İmmünoloji, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Genetik, Allergy and Immunology, Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 145
Özet
Mikobakteriler, birçok ortamda bulunabilen büyük çeşitliliğe sahip yaygın bakterilerdir. İnsan nüfusunun üçte birinden fazlası Mycobacterium türleri ile enfekte olmasına rağmen, sadece küçük bir kısmında klinik hastalık gelişmektedir. IL-12/IFN-γ bağışıklığının doğuştan gelen kusurlarının, sağlıklı bireylerde mikobakteriyel hastalıklara yatkınlığın altında yattığı gösterilmiştir; ancak birçok vakada genetik nedenler hala bilinmemektedir. Bu çalışma, mikobakteriyel hastalığı olan 6 hastaya ait genomik DNA üzerinde tüm-ekzom dizileme (WES) gerçekleştirerek hastalığa neden olan yeni varyasyonları keşfetmeyi ve hastaların lökositlerindeki immün yanıtları araştırmayı amaçlamaktadır. Minör alel frekansı %1 altında olan potansiyel işlev kaybı ve yanlış anlam varyantları WES analizinde tutulmuştur. Ancak, anti-mikobakteriyel bağışıklık ile ilişkili genlerde herhangi bir aday mutasyon bulunamamıştır. Ayrıca hastaların lökositlerinde IL-12/IFN-γ ekseninin işlevsel olarak sağlam olduğu bulunmuştur. Farklı TLR ligandlarına verilen TNF yanıtları, hastalardan ve sağlıklı donörlerden alınan CD14+ monositler arasında benzerdi. Son olarak, bir tüberküloz hastasında TBK1 geninde bir aday heterozigot yanlış anlamlı varyant (p.M559V) karakterize ettik. HEK293 hücrelerinde geçici olarak transfekte edildiğinde bu varyantın TBK1 vahşi tip (WT) ile benzer bir ekspresyona sahip olduğunu bulduk. Ayrıca, TBK1 p.M559V aşırı eksprese eden HEK293 hücrelerinde WT ile kıyaslandığında IFN-β ve ISRE tabanlı lusiferaz aktivitesinde benzer indüksiyon vardı. Bu bulgular p.M559V varyantının muhtemelen zararsız olduğunu göstermiştir. İleri çalışmalara daha fazla hasta dahil edilebilir ve tüm gerçek genetik varyasyonları yakalamak için hastaların ebeveynleri de dahil olmak üzere üçlü tasarımlarda tüm genom dizilemesi kullanabilir.
Özet (Çeviri)
Mycobacteria are widespread bacteria with huge diversity that can be found in many environments. Although over one-third of the human population is infected with Mycobacterium species, only a small proportion develops clinical disease. Inborn defects of IL-12/IFN-γ immunity have been shown to underlie susceptibility to mycobacterial diseases in otherwise healthy individuals; however, genetic causes are still unknown in many cases. The present study aims to discover novel disease- causing variations by performing whole-exome sequencing (WES) on the genomic DNA of 6 patients with mycobacterial diseases and to investigate immune responses in leukocytes of the patients. Potential loss-of-function and missense variants with minor allele frequency of less than 1% were retained in the WES analysis. However, no candidate mutations in genes associated with anti-mycobacterial immunity were revealed. We also found that IL-12/IFN-γ axis was functionally intact in leukocytes of the patients. TNF responses to different TLR ligands were comparable between CD14+ monocytes from the patients and healthy donors. Last, we characterized a candidate heterozygous missense variant (p.M559V) in TBK1 in a tuberculosis patient. We found that TBK1 with p.M559V had a similar expression as the wild type (WT) when transiently transfected in HEK293 cells. There was also similar induction of IFN-b- and ISRE-dependent luciferase activity in HEK293 cells over-expressing TBK1 with p.M559V compared to the WT. These findings indicated that the p.M559V was likely benign. Further studies can include more patients and utilize whole genome sequencing in trio designs, including the parents of patients, in order to capture all true genetic variations.
Benzer Tezler
- Irak, Al-Muthanna eyaletinde Hepatit B virüsünün moleküler ve immünolojik araştırılması
Molecular and immunological investigation of Hepatitis B virus in Al-Muthanna province, Iraq
MUDHAFAR SAUD DAKHIL ALSHAHER
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞEGÜL OĞLAKÇI İLHAN
- Investigation of the relation between Helicobacter pylori and T cell response with examination of PD-L1 expression level in gastric pathogenesis
Mide patogenezinde PD-L1 ekspresyon seviyesinin belirlenmesi ile Helikobakter pylori ve T hücre cevabıyla arasındaki ilişkinin araştırılması
ELİF MERVE AYDIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Sık görülen değişken immün yetmezlik tanısı olan hastalarda HLA sınıf ı ve hla sınıf ıı allellerinin sıklığının araştırılması
Investigation of frequency of hla class i and hla class ii alleles in common variable immunodeficiency patients
BEGÜM ÖZBEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Allerji ve İmmünolojiHacettepe Üniversitesiİmmünoloji Bilim Dalı
PROF. DR. FEYZİ İLHAN TEZCAN
ÖĞR. GÖR. ÇAĞMAN TAN
- Atopik dermatitli süt çocuklarında oksidan ve antioksidan durum araştırılması
Investigation of oxidant and antioxidant status in infants with atopic dermatitis
GÜLİN KARACAN KÜÇÜKALİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Allerji ve İmmünolojiSağlık BakanlığıÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLKNUR BOSTANCI
DR. NAZLI CÖRÜT ERCAN
- Mevalonat kinaz eksikliği olan hastalarda t-hücre alt tiplerinin incelenmesi
Investigation of t-cell subtypes in patients with mevalonate kinase deficiency
BÜŞRA ŞENİZ DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET EKEN