Geri Dön

Genetic and immunological investigation of patients with mycobacterial diseases

Mikobakteriyel hastalığı olan hastaların genetik ve immünolojik açıdan incelenmesi

  1. Tez No: 826709
  2. Yazar: UMUT TANK
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ BANU BAYYURT KOCABAŞ, DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN BELKAYA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Allerji ve İmmünoloji, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Genetik, Allergy and Immunology, Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 145

Özet

Mikobakteriler, birçok ortamda bulunabilen büyük çeşitliliğe sahip yaygın bakterilerdir. İnsan nüfusunun üçte birinden fazlası Mycobacterium türleri ile enfekte olmasına rağmen, sadece küçük bir kısmında klinik hastalık gelişmektedir. IL-12/IFN-γ bağışıklığının doğuştan gelen kusurlarının, sağlıklı bireylerde mikobakteriyel hastalıklara yatkınlığın altında yattığı gösterilmiştir; ancak birçok vakada genetik nedenler hala bilinmemektedir. Bu çalışma, mikobakteriyel hastalığı olan 6 hastaya ait genomik DNA üzerinde tüm-ekzom dizileme (WES) gerçekleştirerek hastalığa neden olan yeni varyasyonları keşfetmeyi ve hastaların lökositlerindeki immün yanıtları araştırmayı amaçlamaktadır. Minör alel frekansı %1 altında olan potansiyel işlev kaybı ve yanlış anlam varyantları WES analizinde tutulmuştur. Ancak, anti-mikobakteriyel bağışıklık ile ilişkili genlerde herhangi bir aday mutasyon bulunamamıştır. Ayrıca hastaların lökositlerinde IL-12/IFN-γ ekseninin işlevsel olarak sağlam olduğu bulunmuştur. Farklı TLR ligandlarına verilen TNF yanıtları, hastalardan ve sağlıklı donörlerden alınan CD14+ monositler arasında benzerdi. Son olarak, bir tüberküloz hastasında TBK1 geninde bir aday heterozigot yanlış anlamlı varyant (p.M559V) karakterize ettik. HEK293 hücrelerinde geçici olarak transfekte edildiğinde bu varyantın TBK1 vahşi tip (WT) ile benzer bir ekspresyona sahip olduğunu bulduk. Ayrıca, TBK1 p.M559V aşırı eksprese eden HEK293 hücrelerinde WT ile kıyaslandığında IFN-β ve ISRE tabanlı lusiferaz aktivitesinde benzer indüksiyon vardı. Bu bulgular p.M559V varyantının muhtemelen zararsız olduğunu göstermiştir. İleri çalışmalara daha fazla hasta dahil edilebilir ve tüm gerçek genetik varyasyonları yakalamak için hastaların ebeveynleri de dahil olmak üzere üçlü tasarımlarda tüm genom dizilemesi kullanabilir.

Özet (Çeviri)

Mycobacteria are widespread bacteria with huge diversity that can be found in many environments. Although over one-third of the human population is infected with Mycobacterium species, only a small proportion develops clinical disease. Inborn defects of IL-12/IFN-γ immunity have been shown to underlie susceptibility to mycobacterial diseases in otherwise healthy individuals; however, genetic causes are still unknown in many cases. The present study aims to discover novel disease- causing variations by performing whole-exome sequencing (WES) on the genomic DNA of 6 patients with mycobacterial diseases and to investigate immune responses in leukocytes of the patients. Potential loss-of-function and missense variants with minor allele frequency of less than 1% were retained in the WES analysis. However, no candidate mutations in genes associated with anti-mycobacterial immunity were revealed. We also found that IL-12/IFN-γ axis was functionally intact in leukocytes of the patients. TNF responses to different TLR ligands were comparable between CD14+ monocytes from the patients and healthy donors. Last, we characterized a candidate heterozygous missense variant (p.M559V) in TBK1 in a tuberculosis patient. We found that TBK1 with p.M559V had a similar expression as the wild type (WT) when transiently transfected in HEK293 cells. There was also similar induction of IFN-b- and ISRE-dependent luciferase activity in HEK293 cells over-expressing TBK1 with p.M559V compared to the WT. These findings indicated that the p.M559V was likely benign. Further studies can include more patients and utilize whole genome sequencing in trio designs, including the parents of patients, in order to capture all true genetic variations.

Benzer Tezler

  1. Irak, Al-Muthanna eyaletinde Hepatit B virüsünün moleküler ve immünolojik araştırılması

    Molecular and immunological investigation of Hepatitis B virus in Al-Muthanna province, Iraq

    MUDHAFAR SAUD DAKHIL ALSHAHER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞEGÜL OĞLAKÇI İLHAN

  2. Investigation of the relation between Helicobacter pylori and T cell response with examination of PD-L1 expression level in gastric pathogenesis

    Mide patogenezinde PD-L1 ekspresyon seviyesinin belirlenmesi ile Helikobakter pylori ve T hücre cevabıyla arasındaki ilişkinin araştırılması

    ELİF MERVE AYDIN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN

  3. Sık görülen değişken immün yetmezlik tanısı olan hastalarda HLA sınıf ı ve hla sınıf ıı allellerinin sıklığının araştırılması

    Investigation of frequency of hla class i and hla class ii alleles in common variable immunodeficiency patients

    BEGÜM ÖZBEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Allerji ve İmmünolojiHacettepe Üniversitesi

    İmmünoloji Bilim Dalı

    PROF. DR. FEYZİ İLHAN TEZCAN

    ÖĞR. GÖR. ÇAĞMAN TAN

  4. Atopik dermatitli süt çocuklarında oksidan ve antioksidan durum araştırılması

    Investigation of oxidant and antioxidant status in infants with atopic dermatitis

    GÜLİN KARACAN KÜÇÜKALİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Allerji ve İmmünolojiSağlık Bakanlığı

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLKNUR BOSTANCI

    DR. NAZLI CÖRÜT ERCAN

  5. Mevalonat kinaz eksikliği olan hastalarda t-hücre alt tiplerinin incelenmesi

    Investigation of t-cell subtypes in patients with mevalonate kinase deficiency

    BÜŞRA ŞENİZ DEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Tıbbi BiyolojiErciyes Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET EKEN