Genetic and immunological investigation of patients with mycobacterial diseases
Mikobakteriyel hastalığı olan hastaların genetik ve immünolojik açıdan incelenmesi
- Tez No: 826709
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ BANU BAYYURT KOCABAŞ, DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN BELKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Allerji ve İmmünoloji, Genetics, Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Allergy and Immunology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Mikobakteriler, birçok ortamda bulunabilen büyük çeşitliliğe sahip yaygın bakterilerdir. İnsan nüfusunun üçte birinden fazlası Mycobacterium türleri ile enfekte olmasına rağmen, sadece küçük bir kısmında klinik hastalık gelişmektedir. IL-12/IFN-γ bağışıklığının doğuştan gelen kusurlarının, sağlıklı bireylerde mikobakteriyel hastalıklara yatkınlığın altında yattığı gösterilmiştir; ancak birçok vakada genetik nedenler hala bilinmemektedir. Bu çalışma, mikobakteriyel hastalığı olan 6 hastaya ait genomik DNA üzerinde tüm-ekzom dizileme (WES) gerçekleştirerek hastalığa neden olan yeni varyasyonları keşfetmeyi ve hastaların lökositlerindeki immün yanıtları araştırmayı amaçlamaktadır. Minör alel frekansı %1 altında olan potansiyel işlev kaybı ve yanlış anlam varyantları WES analizinde tutulmuştur. Ancak, anti-mikobakteriyel bağışıklık ile ilişkili genlerde herhangi bir aday mutasyon bulunamamıştır. Ayrıca hastaların lökositlerinde IL-12/IFN-γ ekseninin işlevsel olarak sağlam olduğu bulunmuştur. Farklı TLR ligandlarına verilen TNF yanıtları, hastalardan ve sağlıklı donörlerden alınan CD14+ monositler arasında benzerdi. Son olarak, bir tüberküloz hastasında TBK1 geninde bir aday heterozigot yanlış anlamlı varyant (p.M559V) karakterize ettik. HEK293 hücrelerinde geçici olarak transfekte edildiğinde bu varyantın TBK1 vahşi tip (WT) ile benzer bir ekspresyona sahip olduğunu bulduk. Ayrıca, TBK1 p.M559V aşırı eksprese eden HEK293 hücrelerinde WT ile kıyaslandığında IFN-β ve ISRE tabanlı lusiferaz aktivitesinde benzer indüksiyon vardı. Bu bulgular p.M559V varyantının muhtemelen zararsız olduğunu göstermiştir. İleri çalışmalara daha fazla hasta dahil edilebilir ve tüm gerçek genetik varyasyonları yakalamak için hastaların ebeveynleri de dahil olmak üzere üçlü tasarımlarda tüm genom dizilemesi kullanabilir.
Özet (Çeviri)
Mycobacteria are widespread bacteria with huge diversity that can be found in many environments. Although over one-third of the human population is infected with Mycobacterium species, only a small proportion develops clinical disease. Inborn defects of IL-12/IFN-γ immunity have been shown to underlie susceptibility to mycobacterial diseases in otherwise healthy individuals; however, genetic causes are still unknown in many cases. The present study aims to discover novel disease- causing variations by performing whole-exome sequencing (WES) on the genomic DNA of 6 patients with mycobacterial diseases and to investigate immune responses in leukocytes of the patients. Potential loss-of-function and missense variants with minor allele frequency of less than 1% were retained in the WES analysis. However, no candidate mutations in genes associated with anti-mycobacterial immunity were revealed. We also found that IL-12/IFN-γ axis was functionally intact in leukocytes of the patients. TNF responses to different TLR ligands were comparable between CD14+ monocytes from the patients and healthy donors. Last, we characterized a candidate heterozygous missense variant (p.M559V) in TBK1 in a tuberculosis patient. We found that TBK1 with p.M559V had a similar expression as the wild type (WT) when transiently transfected in HEK293 cells. There was also similar induction of IFN-b- and ISRE-dependent luciferase activity in HEK293 cells over-expressing TBK1 with p.M559V compared to the WT. These findings indicated that the p.M559V was likely benign. Further studies can include more patients and utilize whole genome sequencing in trio designs, including the parents of patients, in order to capture all true genetic variations.
Benzer Tezler
- 2013-2023 yılları arasında Ankara Üniversitesi Tıp fakültesi çocuk immünoloji-alerji polikliniğinde nötropeni nedeni ile değerlendirilen hastaların klinik, laboratuvar, genetik ve takip özelliklerinin incelenmesi
Investigation of the Clinical, Laboratory, Genetic, and Follow-up Characteristics of Patients Evaluated for Neutropenia at Ankara University Faculty of Medicine Pediatric Immunology and Allergy Clinic Between 2013 and 2023
MERVE EVGİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıAnkara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEHRA ŞULE HASKOLOĞLU
- Irak, Al-Muthanna eyaletinde Hepatit B virüsünün moleküler ve immünolojik araştırılması
Molecular and immunological investigation of Hepatitis B virus in Al-Muthanna province, Iraq
MUDHAFAR SAUD DAKHIL ALSHAHER
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞEGÜL OĞLAKÇI İLHAN
- Psoriasis hastalarında asprosin ve meteorin benzeri protein düzeylerinin değerlendirilmesi
Evaluation of asprosin and meteorin-like protein levels in psoriasis patients
ASLIHAN SAĞLAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
BiyokimyaKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERGÜL BELGE KURUTAŞ
- Psöriazis tanısı almış hastalarda EGC (immatür granülosit) yeni bir inflamasyon ve psöriazis şiddet belirteci olarak kullanılabilir mi?
Can EGC (immature granulocyte) used as a new inflammation and psoriasis severity marker in patients diagnosed with psoriasis?
PEMBE İREM EROĞLU BAYSAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
DermatolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiDeri ve Zührevi Hastalıklar Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAVAŞ ÖZTÜRK
- Differential expression of proteins in active and inactive phases of Behçet's syndrome
Behçet sendromunun aktif ve inaktif fazlarında farklı protein ekspresyonları
KIYMET ASLI KİREÇTEPE AYDIN
Doktora
İngilizce
2019
Tıbbi Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI