Cryptosporidium spp. türlerinin real time PZR yöntemi ile tanımlanması
Identification of Cryptosporidium species by real time PCR method
- Tez No: 827982
- Danışmanlar: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Parazitoloji, Parasitology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Parazitoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Cryptosporidium spp. immun sistemi baskılanmış veya sağlam bireylerde ve çocuklarda öldürücü diyareye neden olabilen zorunlu hücre içi yerleşim gösteren bir protozoondur. Kriptosporidiyozun tanısında genellikle aside dirençli boyama tekniği kullanılmaktadır. Günümüzde geliştirilen moleküler yöntemler sayesinde, epidemiyolojik verilerin elde edilmesine yönelik olarak asemptomatik taşıyıcılarda Cryptosporidium saptanması ve tür düzeyinde tanımlanması mümkün olmuştur. Bu çalışmanın amacı, küçük alt ünite (SSU) rRNA genine dayalı sekanslama ve gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (real time PZR) sonrası erime eğrisi (melting curve) analizi kullanılarak Adana'daki insanlardaki Cryptosporidium türlerini saptamaktır. Bunun için 2011 Nisan ve 2014 Şubat ayları arasında Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazitoloji bölümüne başvuran ishalli kişilerden toplam 320 dışkı örneği toplanmıştır. Bu dışkı örnekleri, doğrudan preparat inceleme, yoğunlaştırma, modifiye asit fast boyama, ELİSA (Enzyme Linked Immunoabsorbent Assay), standart PZR ve SSU rRNA genini temel alan uygun primer ve hibridizasyon problardan Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET) kullanılarak real-time PZR yöntemleri ile incelenmiştir. Cryptosporidium spp. saptanan pozitif örneklere real time PZR yöntemi sonrası melting curve analizi uygulayarak tiplendirme yapılmıştır. Çalışma sonucunda, boyama yöntemiyle 22, ELİSA ile 26, standart PZR ile 27 ve real-time PZR ile 31 örnekte Cryptosporidium varlığı saptanmıştır. Tür olarak Cryptosporidium hominis (12), Cryptosporidium parvum (7) Cryptosporidium meleagridis (7) ve Cryptosporidium andersoni (5) türleri tanımlanmıştır. Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar, Adana'daki enfeksiyonlardan Cryptosporidium hominis'in Cryptosporidium parvum'dan daha yaygın olduğunu ve real time PZR yönteminin Cryptosporidium türlerinin ayrımında ve tanımlanmasında kolay, hızlı ve güvenilir bir yöntem olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Cryptosporidium spp. are protozoa which only live in a host cell and may cause an infection that may result in the death of people with immune deficiency, in healthy individuals and children. Resistant to acid staining technique is often used in the diagnosis of cryptosporidiosis. Today, thanks to the development of molecular methods , in order to obtain epidemiological data in asymptomatic carrier detection and identification of Cryptosporidium species level was possible. The aim of the present study was to determine Cryptosporidium species/genotypes in humans in Adana, Turkey using melting curve analysis after real-time PCR and sequencing based on the small subunit rRNA gene. A total of 320 faecal samples were collected from humans with diarrhea applying to Parasitology Department of Medicine Fakulty in Cukurova University between April 2011 and Fabruary 2014. This stool samples were examined with direct smears, concentration, modified acid- fast staining, ELISA (Enzyme Linked Immunoabsorbent Assay), conventional Polymerase Chain Reaction (PCR) and based on the SSU rRNA genes by real time PCR method. Moreover, genomic DNA of each fecal sample was screened for the presence of Cryptosporidium with real-time PCR using primers and hibridization probes, Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET), which was genotyped by analyzing the DNA sequences of small subunit rRNA (SSU rRNA). In the results of working, 22 positive with staining method, 26 positive with ELISA, 27 positive with standart PCR and 31 positive with real time PCR were found Cryptosporidium spp. Molecular and genotype characterization found the following protozoan species; Cryptosporidium hominis (12), Cryptosporidium parvum (7), Cryptosporidium meleagridis (7) and Cryptodporidium andersoni (5). The results obtained in this study support previous findings showing that Cryptosporidium hominis infections are more prevalent than Cryptosporidium parvum infections in Adana and they demonstrate that real time PCR procedure is a simple, fast and voluable tool for the detection and differention of Cryptosporidium species.
Benzer Tezler
- Nevşehir yöresindeki ishalli buzağılarda Cryptosporıdıum türlerinin moleküler prevalansı ve karakterizasyonu
The molecular prevalance and characterization of Cryptosporidium spp. in calves with diarrhoea in nevsehir district
AHMET TUNCAY ŞİMŞEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
ParazitolojiErciyes ÜniversitesiParazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH İNCİ
- HIV/AIDS hastalarında ELİSA yöntemi İle Cryptosporidium türlerinin sıklığının araştırılması
Investigation of Cryptosporidium species frequency by ELISA method in HIV / AIDS
GÜLAY OKAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSağlık BakanlığıEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Bakteriyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖNÜL ŞENGÖZ
- Study in the prevalence of cryptosporidium species in sheep and goats in Baghdad City, Iraq
Irakta, Bağdat ilindeki koyunlarda ve keçilerde cryptosporidium türlerinin yaygınlığının araştırılması
QUSAY HAMMAD MHMOOD MHMOOD
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Veteriner HekimliğiÇankırı Karatekin ÜniversitesiParazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZCAN ÖZKAN
YRD. DOÇ. DR. AZHAR ALI FARAJ
- Kırıkkale'de kuzularda Cryptosporidium Spp.'nin yaygınlığının Carbol-Fuchsin boya ve immununokromatografik hızlı test kiti ile araştırılması
Investigation of the prevalence of Cryptosporidium Spp. in lambs with Carbol-Fuchsin dye and immunochromatographic rapid test kits in Kırıkkale
SİNEM AKDENİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ParazitolojiKırıkkale ÜniversitesiParazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYCAN NURİYE GAZYAĞCI
- İshalli insan dışkılarında Cryptosporidium spp. (Tyzzer, 1907) türlerinin moleküler teşhisi ve tiplendirilmesi
Molecular diagnosis and typing of Cryptosporidium spp. (Tyzzer, 1907) species in human stools with diarrhea
FATMA ÖZKAN