Koyunlarda viral hastalık maedi-visna'ya karşı aşı geliştirilmesinde antijenik epitopların keşfi
Discovery of antigenic epitopes in vaccine development against viral disease maedi-visna in sheep
- Tez No: 829230
- Danışmanlar: PROF. DR. CEMAL ÜN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 93
Özet
Maedi Visna (MVV), retrovirüsler familyasının Lentivirus alt grubunda yer alan, koyunları enfekte eden virüstür. Hastalığın Maedi formu ilerleyici bir interstisyel pnömonidir, Visna ise bir meningoensefalittir. Hayvan sağlığı ve refahı problemlerinin yanında ciddi ekonomik kayıplara sebep olan bu virüse karşı günümüzde halen etkin bir tedavi yöntemi ve korunmaya yönelik aşı bulunmamaktadır. Öte yandan biyoinformatik alanındaki gelişmeler, aşı çalışmalarının ilk ve en önemli adımını oluşturan antijenik proteinlerin ve epitopların seçimi için büyük olanaklar sağlamaktadır. Buradan yola çıkılarak in silico analizler sonrasında sentezlenen epitopların immünojenitesi in vitro koşullarda ELISA yöntemi ile kategorize edilmiş MVV pozitif koyunlardan toplanan serum örneklerinin kullanımı ile test edilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre gag proteininin amino asit sekanslarının daha fazla korunduğu ve daha yüksek antijenite değerine sahip olduğu tespit edilmiştir. Yapılan çalışmada birçok B hücresi ve MHC-I/II epitopu tahmin edilse de bunlardan sadece 19'unun antijenik, alerjik olmayan, toksik olmayan, çözünür ve hemolitik olmayan özelliklere sahip olduğu tespit edilmiştir. Bununla birlikte, multi-epitop aşı konstraktı, toplam 19 epitop ile tasarlanmış ve TLR-2/4 arasında güçlü bir afinite göstermiştir. Yapılan ELISA testlerinden elde edilen absorbans değerlerine göre tüm peptitlerin immünojenik olduğu saptanmıştır. Yapılan ROC analizi sonucunda, sentezlenen peptitlerden gag proteini için 3. peptit' in (CKQGSKE), env proteini için 5. peptit' in (CEHERRTSHRS) gösterdikleri yüksek değerlerdeki sensitivite ve spesifite ile en iyi peptitler olduğu sonucuna varılmıştır. Testin anlamlı olup olmadığını değerlendirmek için yapılan t-testi sonucunda sadece 6. peptit, env epitoplarının karışımı ve env epitoplarının karışımı halinde çalışılan testler p- value değerleri 0,05'den büyük olduğu için anlamsız olarak saptanmıştır. Sonuç olarak, veteriner hekimlikte önemli bir viral hastalık olan MVV'ye karşı peptit aşısı geliştirilmesi sırasında kullanılabilecek immünojenitesi hem in silico hem de in vitro çalışmalar ile gösterilmiş ideal peptitler ilk kez saptanmıştır
Özet (Çeviri)
Maedi Visna (MVV), is a retrovirus that member of the lentivirus subfamily and it can infect the sheep. The Maedi form of the disease is a progressive interstitial pneumonia, while Visna is a meningoencephalitis. While virus cause serious economic losses as well as animal health and welfare problems, there is no effective treatment and vaccine. For this reason, the need of developing a vaccine against MVV is inevitable. On the other hand, developments in bioinformatics provide great opportunities for the selection of antigenic proteins and epitopes, which constitute the first and most important step of vaccine studies. Moreover, the selected epitopes can be synthesized in a short time, and their immunogenicity can be tested in vitro with the use of serum samples collected from previously infected hosts. From that point, the immunogenicity of the epitopes synthesized after in silico analysis was tested by using serum samples collected from MVV positive sheep, which were categorized by ELISA method under in vitro conditions. According to the obtained data, the amino acid sequence of gag protein was found more conserved and antigenic. Although many B cells and MHC-I/II epitopes were predicted, only 19 of them were found as antigenic, non-allergic, non-toxic, soluble and non-hemolytic properties. However, the multi-epitope vaccine construct was designed with a total of 19 epitopes and showed strong affinity for TLR-2/4. According to the absorbance values obtained from ELISA tests, it was determined as all peptides were immunogenic. As a result of the ROC analysis, it was concluded that the 3. peptide for the gag protein (CKQGSKE) and the 5. peptide for the env protein (CEHERRTSHRS) were best peptides with their high sensitivity and specificity. As a result of the t-test, only the 6. peptide, mixture of gag epitopes and mixture of env epitopes were found to be insignificant because the p-values were greater than 0,05. In conclusion, ideal peptides for the development of a peptide vaccine against MVV have been identified for the first time that demonstrated by both in silico and in vitro studies.
Benzer Tezler
- Kars yöresindeki koyunlarda maedi-visna'nın seroprevalansının araştırılması
Investigation of the seroprevalence of maedi visna in sheep in kars region
TAHİR GEZER
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıKafkas Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜRBÜZ GÖKCE
- Serological investigation of maedi-visna in sheep with chronic respiratory disease in Erbil, Iraq
Kronik solunum sistemi hastalığı olan koyunlarda maedi-visna hastalığının Irak/Erbil bölgesinde serolojik olarak varlığının araştırılması
LUQMAN AWLA HAMZA HAMZA
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Veteriner HekimliğiYüzüncü Yıl Üniversitesiİç Hastalıkları (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CUMALİ ÖZKAN
- Neonatal kuzu morbidite ve mortalitelerinin klinik sebepleri ve muhtemel risk faktörlerinin belirlenmesi
Neonatal lamb morbidity and mortality, their clinical causes and associated likely risk factors
ERHAN GÖKÇE
Doktora
Türkçe
2007
Veteriner HekimliğiKafkas Üniversitesiİç Hastalıkları (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. HİDAYET METİN ERDOĞAN
- Serological investigation of peste des petits ruminants in lambs in Iraq-Kirkuk region
Irak–Kerkük bölgesinde kuzularda küçük ruminant vebası (pestedes petits ruminants ppr)'ın seroprevalansı
SARWAT KHORSHED RAHEEM
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Sağlık YönetimiVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiSağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜLEYMAN KOZAT
- Koyunlarda Kırım-Kongo kanamalı ateşi virusu (Kkkav) seroprevalansının araştırılması
Investigation of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (Cchfv) seroprevalence in sheep
MUSTAFA ÜĞDÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Veteriner HekimliğiBurdur Mehmet Akif Ersoy ÜniversitesiViroloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HASBİ SAİT SALTIK