Search for a trnascription factor binding motif using information theory
Bir trankripsiyon faktörü bağlama motifinin enformasyon teorisi kullanılarak araştırılması
- Tez No: 82931
- Danışmanlar: PROF. DR. S. HANDE ÇAĞLAYAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 1999
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 47
Özet
ÖZET DNA dizin belirleme projelerindeki ve genel olarak moleküler biyoloji tekniklerindeki ilerlemelerin sonucunda, güvenilir kompütasyonel dizin analiz tekniklerinin geliştirilmesi ve kullanılması, moleküler biyoloji ve genetik alanında zaman ve maliyet açısından verimli çalışmaların yapılabilmesi için büyük önem kazanmıştır. Protein bağlanma bölgeleri gibi ortak işleve sahip genetik dizinler, genellikle bir konsensüs dizini ile gösterilirler ancak aynı zamanda Shannon' m enformasyon ölçütü ile de tanımlanıp enformasyon teorisine dayalı yöntemlerle incelenebilirler. Daha önce bu yaklaşımla bağlanma bölgeleri araştırılmış ve pek çok yararlı sonuç elde edilmiştir. Bu çalışmada oct-1 transkripsiyon faktörü bağlanma bölgesini konu alan ve enformasyon teorisi yöntemlerinin kullanıldığı bir kompütasyonel DNA dizin analizi hedeflenmiş, ve bu etkin teknikler paketi Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'ndeki araştırmacılara sunulmuştur. Öncelikle kamuya açık Delila programları yüklenip çalıştırılmış, daha sonra, bu programlar ve 22 insan oct-1 bağlanma bölgesinin dizin verisi kullanılarak oct-1 transkripsiyon faktörü bağlanma bölgesi için bir dizin logosu oluşturulmuştur. Dizin logosu dizinin iki ucunda en yüksek enformasyon içeriğine sahiptir ve üçüncü pozisyonunda oct-1 bağlanma bölgesi konsensüs dizininden bir baz farklılık göstermiştir. Dizin logosu konsensüs dizinine bir alternatif oluşturmuş ve genomik dizinlerdeki potansiyel oct-1 bağlanma bölgelerinin araştırılmasında yeni bir yol açmıştır.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT As a result of the advancements in current sequencing projects and molecular biology techniques, development and use of reliable computational sequence analysis techniques has gained great importance in order to pursue time and cost efficient research in molecular biology and genetics. Related genetic sequences having a common function such as protein binding sites are generally represented by a consensus sequence but can also be described by Shannon's information measure and further analyzed by tools that are based on the information theory. Many useful results in searching for binding sites have previously been obtained using this approach. In this study, we intended to make a computational DNA sequence analysis using methods borrowed from the information theory, having the oct-1 transcription factor binding site as its subject, and to render the tools of this powerful approach available to the researchers in the Department of Molecular Biology and Genetics at Boğaziçi University. First, the public domain Delila programs were downloaded and compiled. Then, using these programs, a sequence logo for the oct-1 transcription factor binding site was constructed using sequence data of 22 human oct-1 binding sites. The sequence logo had the highest information content on both ends of the sequence and it differed by one base at the third position from the consensus sequence of oct-1 binding site. The sequence logo constitutes an alternative to the consensus sequence and opens a new perspective to search for putative oct-1 binding sites in genomic sequences.
Benzer Tezler
- Molecular analysis of mammalian NEU4 sialidase gene promoter
Memeli NEU4 sialidaz gen promotörünün moleküler analizi
MURAT DELMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TALAT YALÇIN
DOÇ. DR. VOLKAN SEYRANTEPE
- Employing data mining techniques on biological sequences for transcription factor binding site identification
Biyolojik dizilimler üzerinde veri madenciliği teknikleri kullanarak trankripsiyon faktörü bağlanma sitelerinin tespiti
MUSTAFA KARABULUT
Doktora
İngilizce
2011
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiÇukurova ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TURGAY İBRİKÇİ
- Fasulye'de (Phaseolus vulgaris L.) b-box gen aı̇lesı̇ üyelerı̇nı̇n genom çapında tanımlanması, gelı̇şı̇m ve stres tepkı̇lerı̇ sırasında ı̇fadelerı̇
Genome-wide identification of b-box gene family members in bean (Phaseolus vulgaris L.) and their expression during development and stress responses
ONUR ALTAY AKDAŞ
- Tools and techniques for assessing functional relevance of genomic loci
Genomik lokasyonların fonksiyonel ilgililiklerinin değerlendirilmesi için araçlar ve teknikler
BURÇAK OTLU SARITAŞ
Doktora
İngilizce
2017
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TOLGA CAN
PROF. DR. SÜNDÜZ KELEŞ
- The role of Protein Kinase R in lipotoxicity
Protein Kinaz R'nin lipotoksisitedeki rolü
BÜŞRA YAĞABASAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyoteknolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. EBRU ERBAY
