Molecular analysis of mammalian NEU4 sialidase gene promoter
Memeli NEU4 sialidaz gen promotörünün moleküler analizi
- Tez No: 302376
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TALAT YALÇIN, DOÇ. DR. VOLKAN SEYRANTEPE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Biology, Molecular Medicine, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 67
Özet
Memelilerde tanımlanmış dört farklı sialidaz enzimi bulunmaktadır. Bunlar; lizozomal (Neu1), sitoplazmik (Neu2), plazma membran (Neu3), lizozomal/mitokondrial (Neu4) sialidaz olarak sınıflandırılmıştır. Sialidaz Neu4 enziminin, sialik asit içeren GM2 gangliozidine karşı olan aktivitesi gösterilmiştir. Sialidaz Neu4 enziminin biyolojik rolü Tay-Sachs hastasından alınan nöroglia hücrelerinin Neu4 ifade eden plazmid ile transfekte edilmesi sonucunda biriken GM2 gangliozidlerin yıkıma uğraması ile gösterilmiştir. Bunun yanı sıra Neu4-/- fare beyinlerinde sialidaz Neu4 enziminin GD1a gangliozidinin yıkımından sorumlu olduguda gösterilmiştir.Çalışmamızda sialidaz Neu4 geninin minimal promotör bölgesinin moleküler analizi ve transkripsiyon faktörlerinin bu bölgeye bağlanması araştırılmıştır.Araştırmamızda, TESS (Transcription Element Seach System) programı kullanılarak bazı spesifik transkripsiyon faktörünün bağlandığı sekans motifleri biyoinformatik yöntemlerle tahmin edilmiştir. Yedi farklı DNA fragmenti insan Neu4 promotör bölgesinden amplifiye edilip lusiferaz ekspresyon vektörüne klonlanarak lüminometrik ölçüm yapılmıştır. Transkripsiyon faktörlerinin muhtemel promotör bölgesine bağlanmasını göstermek için DNA:protein ilişkisini gösteren EMSA (electrophoretic mobility shift assay) deneyi gerçekleştirilmiştir.Neu4 geninin 187 baz çifti önünde yer alan bölgenin minimal promotör bölgesi olduğu gösterilmiştir. Transkripsiyon faktörlerinin 187 baz çiftlik bölgeye bağlandıkları kanıtlanmıştır.Minimal promotör bölge aydınlatılıp Neu4 geninin transkripsiyonunun regülasyonundan sorumlu olabilecek c-myc ve Sp-1 gibi transkripsiyon faktörleri belirlenmiştir. Elde edilen veriler gelecekte Neu4 geninin kontrolünü sağlayan küçük moleküllerin sentezlenmesinde rol oynayabilecektir. Neu4 geninin küçük moleküllerle veya ilaçlar ile ifadesinin artırılması Tay-Sachs hastalarının lizozomlarında biriken GM2 gangliozidinin yıkımı sağlanabilecektir.
Özet (Çeviri)
There are four different mammalian sialidases that have been described; lysosomal (Neu1), cytoplasmic (Neu2), plasma membrane (Neu3), lysosomal/mitochondrial (Neu4). The activity of sialidase Neu4 enzyme against sialic acid containing ganglioside GM2 has been demonstrated. Biological role of sialidase Neu4 enzyme has been shown by the transfection of neuroglia cells from a Tay-Sachs patient with a Neu4-expressing plasmid showed clearance of accumulated ganglioside GM2. It has been also shown that sialidase Neu4 enzyme is responsible for degradation reactions of another ganglioside such as GD1a in brains of Neu4-/- mice. Aim of our study is to identify minimal promoter region of human Neu4 gene and demonstrate binding of transcription factors to this region.In our study, we used bioinformatic approaches to predict the sequence motifs where several specific transcription factors bind using TESS (Transcription Element Seach System) tool. We amplified seven different DNA fragments from human Neu4 promoter region, cloned into luciferase expression vector and performed reporter assay. We also performed electrophoretic mobility shift assay to demonstrate binding of transcription factors to candidate promoter region.We demonstrated that 187 bp upstream of Neu4 gene is minimal promoter region to control transcription from Neu4 gene. Electrophoretic mobility shift assay showed that 187 bp upstream region recruits several transcription factors.Our results demonstrated the minimal promoter region revealing several putative transcription factors such as Sp-1 and c-myc which might be responsible mainly for regulation of Neu4 gene transcription. The data we obtained might be useful to discover small molecules which can control Neu4 gene expression. High expression of Neu4 gene might be controlled using drugs or small molecules and the accumulated GM2 ganglioside in lysosomes of Tay-Sachs patients can be reduced.
Benzer Tezler
- Identification of cytosolic sialidase neu2 associated proteins by mass spectrometric analysis
Kütle spektrometresi analizi ile sitozolik sialidaz neu2 ile ilişkili proteinlerin tanımlanması
SEÇİL AKYILDIZ DEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Moleküler Tıpİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VOLKAN SEYRANTEPE
- Analysis of lysosomal neu4 sialidase associated proteins by using mass spectrometry (MS/MS)
Lizozomal neu4 sialidazın etkileşime girdiği proteinlerin kütle spektrometrisi (MS/MS) ile analizi
SÜLEYMAN CAN ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Biyomühendislikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VOLKAN SEYRANTEPE
- AMKaz (CHIA) geninin promotor bölgesinin otomatik dna dizi analizi yöntemiyle moleküler analizi
A molecular analysis of the promoter region of the AMCase (CHIA) gene by automated sequencing method
BERNA DURGUNSU KEEN
- Cellular and molecular analysis of regenerative neurogenesis in the zebrafish (Danio rerio) olfactory epithelium
Zebrabalığı (Danio rerio) olfaktör epitelinin rejeneratif nörojenezinin hücresel ve moleküler analizi
YİĞİT KOCAGÖZ
Doktora
İngilizce
2021
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. STEFAN HERBERT FUSS
- Molecular analysis of protocadherins in mammalian cells
Protocadherinlerin memeli hücrelerinde moleküler analizi
GÜRKAN MOLLAOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
