Analysis of genetic variations in seasonal influenza a viruses circulating in Türkiye and Europe
Türkiye ve Avrupa'da görülen mevsimsel influenza a virüslerinde genetik varyasyonların analizi
- Tez No: 833172
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP AHSEN KOÇER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 152
Özet
Mevsimsel influenza virüsleri her yıl binlerce insanın ölüme neden olmakta ve insan sağlığına yönelik en büyük risklerden biri olmaya devam etmektedir. Influenza virüslerinin Türkiye'de yılda yaklaşık 2,5 ila 11 milyon kişiyi enfekte ettiği düşünülmektedir. İnfluenza virüslerinin evrimi, virüsün yeni popülasyonda görülme zamanlaması ve konumundan önemli ölçüde etkilenmektedir. Ayrıca influenza virüslerinin yüksek mutasyon oranları, tek bir hastada farklı frekanslarda, farklı genetik varyantların bir arada bulunmasına neden olmaktadır. Türkiye'deki mevsimsel influenza virüslerinin evrimini anlamak amacıyla, 2018 ile 2020 yılları arasında dolaşımda olan H1N1 ve H3N2 suşlarının (n=10/alt tip) tüm genom dizi kütüphaneleri analiz edilerek, her viral popülasyonda bulunan düşük frekanslardaki genetik varyantlar tespit edilmiştir. Ayrıca farklı bölgelerdeki virüsler arasındaki genetik ilişkiyi incelemek için Türkiye'deki diziler iki Avrupa ülkesinden (Almanya ve Rusya) elde edilen diziler ile karşılaştırılmıştır. Toplamda, H1N1 virüslerinde 46 adet (18 sinonim, 16 yanlış anlamlı, 12 adet çerçeve kayması), H3N2 virüslerinde ise 66 adet minör varyant (26 sinonim, 28 yanlış anlamlı, 12 adet çerçeve kayması mutasyonu) tespit edilmiştir. PyMOL analizleri bazı minör varyasyonların fonksiyonel açıdan önemli olabileceğini göstermiştir. Avrupa'daki virüslere kıyasla, H1N1 virüslerinde 14 ve H3N2 virüslerinde 18 pozisyondaki genetik varyasyonun istatistiksel olarak farklı olduğu bulunmuştur. Filogenetik analizler, H1N1 virüslerinin Rusya, H3N2 virüslerinin ise Almanya kökenli olduğunu göstermiştir. Bu tür çalışmalar, farklı bölgelerdeki mevsimsel IAV'lerin evrimsel dinamiklerini anlamak için oldukça önemlidir.
Özet (Çeviri)
Seasonal influenza viruses remain one of the major risks to human health since they cause thousands of fatalities each year. It is estimated that seasonal influenza viruses infect around 2,5 to 11 million people in Türkiye annually. The evolution of seasonal IAVs is significantly influenced by the timing and location of virus introduction to a new population. Moreover, high mutation rates of seasonal IAVs result in different genetic variants at different frequencies coexisting in a single patient. To understand evolution of the seasonal IAVs in Türkiye, full genome sequence libraries of H1N1 and H3N2 strains (n=10/subtype) that circulated between 2018 and 2020 were analyzed to detect genetic variants in at low frequencies. Moreover, to investigate genetic relatedness between viruses from different regions, sequences from Türkiye were compared to two European countries (Germany and Russia). In total, 46 minor variants (18 synonymous, 16 missense, 12 frameshift mutations) were detected in H1N1 strains and 66 minor variants (26 synonymous, 28 missense, 12 frameshift mutations) were detected in H3N2 strains. PyMOL analysis showed that some minor variants might have functional importance. In addition, when compared to European strains, 14 and 18 statistically different genetic variants were identified in H1N1 and H3N2, respectively. Phylogenetic analysis revealed that the introduction of H1N1 and H3N2 viruses to Türkiye varies each season, with H1N1 viruses genetically closer to Russian and H3N2 viruses closer to German strains. Such studies are crucial to understand the evolutionary dynamics of seasonal IAVs from different regions.
Benzer Tezler
- Genetic variations in the antigenic genes of seasonal H3N2 influenza a viruses (2018-2019 season; Izmir, Turkey)
Mevsimsel H3N2 influenza a virüslerinin antijenik genlerinde ortaya çıkan genetik varyasyonlar (2018-2019 sezonu; İzmir, Türkiye)
MERT DİKMENOĞULLARI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP AHSEN KOÇER
- Markov zincirleri ile pazar payı tahmini ve renkli televizyon pazarına ilişkin bir uygulama
Market share estimation of colored TV with markov chains for the period of 1990-1995
BÜLENT MENGÜÇ
- Culex pipiens (Diptera,Culicidae) populasyonlarında RDL ve VSSC genlerindeki direnç mutasyon frekanslarının zamana bağlı değişimleri ve morfometrik analizler
Time-based variations of mutation frequencies in RDL and VSSC genes of Culex pipiens (Diptera,Culicidae) populations and morphometric analysis
TAYLAN DOĞAROĞLU
Doktora
Türkçe
2016
BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BELGİN GÖÇMEN TAŞKIN
- Hayvan, gıda ve çevre örneklerinden lısterıaların izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
Listeria isolation ann molecular characterization from animal, food and environmental samples
ERAY ATIL
Doktora
Türkçe
2009
MikrobiyolojiFırat ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN BASRİ ERTAŞ
- Investigation of genetic diversity, heavy metal and mineral nutrient status of robinia pseudoacacia l. plants collected from urban ecosystems
Kentsel ekosistemlerden toplanan robinia pseudoacacia l. bitkilerinin genetik çeşitliliğinin, ağır metal ve mineral element durumunun incelenmesi
MEHMET EMİN URAS
Doktora
İngilizce
2017
BiyolojiMarmara ÜniversitesiPROF. DR. İBRAHİM İLKER ÖZYİĞİT
DOÇ. DR. ERTUĞRUL FİLİZ