Adaçayı (Salvia officinalis L.) genomunun de novo sekanslanması ve fonksiyonel anotasyonu
De novo sequencing and functional annotation of the sage (Salvia officinalis L.) genome
- Tez No: 839149
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ALİ TEVFİK UNCU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Necmettin Erbakan Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 141
Özet
Salvia cinsine ait bir tür olan adaçayı (Salvia officinalis L.), tarih boyunca ve günümüzde tıbbi aromatik bir bitki olarak gıda, alternatif tıp, kozmetik ve hijyen gibi alanlarda pek çok amaç için kullanılmıştır. Adaçayı yağı terpenoidlerinin tıbbi kullanımı, bu sekonder metabolitleri önemli bir araştırma konusu haline getirmektedir. Tez kapsamında yürütülen çalışmada, adaçayı genomu de novo sekanslanmış, assembly edilmiş, protein kodlayan gen içeriği anotasyon edilmiş ve mevcut referans genom kullanılarak varyasyon tespiti analizi gerçekleştirilmiştir. 75 terpen sentaz ve 67 terpenoid biyosentez yolak geni tahmin edilmiş ve assembly scaffoldlarına konumlandırılmıştır. Varyant analizi sonucu adaçayının kodlayan sekans bölgelerinde tahmin edilen terpenoid biyosentezi genlerine ait 188 değişken tek nükleotid lokusu tespit edilmiştir. Toplamda ise adaçayının tüm exomunda 24,570 tek nükleotid polimorfizmi tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Common sage (Salvia officinalis L.), a species within the Salvia genus, has been used throughout history and in modern times for various purposes, such as food, alternative medicine, cosmetics and hygiene, as a medicinal and aromatic plant. The medical use of the terpenoids in common sage essential oil has made these secondary metabolites a significant research subject. This thesis-based research, the common sage genome was de novo sequenced, assembled, its protein-coding gene content was annotated, and a variation detection analysis was performed using the existing reference genome. 75 terpene synthase genes and 67 terpenoid backbone biosynthesis pathway genes were predicted and mapped to assembly scaffolds. As a result of the variant analysis, 188 variable single nucleotide loci related to the predicted terpenoid biosynthesis genes were identified in the coding sequence regions of sage. In total, 24,570 single nucleotide polymorphisms were detected in the entire exome of common sage.
Benzer Tezler
- Tuzluluk ve kuraklık stresine maruz bırakılan adaçayı bitkisinde (Salvia officinalis L.) rosmarinik asit biyosentezinde yer alan bazı genlerin ifade düzeyleri ve mobil element özelliği gösteren dna dizilerinde dna sitozin metilasyonunun araştırılması
Expression levels of some genes involved in rosmarinic acid biosynthesis in the sage plant (Salvia officinalis L.) exposed to salinity and drought stress and investigation of dna cytozine methylation in dna sequences showing mobile element properties
GÜLCAN TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiIğdır ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ADNAN AYDIN
- Adaçayı distilasyonu sonrası suda çözünen materyalin geri kazanımı ve materyallerin dondurma ve kek üretiminde kullanımı
Recovery of water-soluble materials after distillation of adaçayi and the use of materi̇als in the production of cake and ice cream
YASEMİN İNCEGÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Sivil HavacılıkErciyes ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA ÇAM
- Adaçayı (Salvia officinalis L.)'nda zararlı böcekler ve doğal düşmanları ile etkileşimleri
Insect pests complex of common sage (Salvia officinalis L.) and their interactions with natural enemies
AGUSTIN ZARKANI HAZAIRIN
- Azot ve kükürdün adaçayı (Salvia officinalis L.) bitkisinin herba verimi ve bazı kalite parametreleri üzerine etkisi
Effects of nitrogen and sulphur on herb yield and some quality parameters of sage (Salvia officinalis)
PINAR OKTAY KOÇ
- Adaçayı (Salvia officinalis L.) uçucu bileşenlerinin buzağılarda performans, rumen parametreleri, immun sistem ve rumen metagenomik profili üzerine etkisi
Effect of sage (Salvia officinalis L.) volatile compounds on performance, rumen parameters, immune system, and rumen metagenome profile in calves
GÖNÜL PİRCİ
Doktora
Türkçe
2023
Veteriner HekimliğiErciyes ÜniversitesiHayvan Besleme ve Beslenme Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KANBER KARA