Geri Dön

Bölgeye özgü glikolizasyon analizlerinde kullanılan çarpışmalı fragmantasyon tekniklerinin glikopeptit tanımlama performanslarının kıyaslanması

Comparison of glycopeptide identification performances of collisional fragmentation techniques used in site specific glycosylation investigation

  1. Tez No: 840108
  2. Yazar: SEMA BALTACI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BEKİR SALİH
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 70

Özet

Protein glikozilasyonu, Post Translasyonel Modifikasyon (PTM) çeşitlerinden biridir ve birçok fizyolojik ve biyolojik süreçlerle ilişkilidir. Glikoproteinin kimliği hakkında bilgi sahibi olmak için peptit dizisi, glikozilasyon bölgesi ve glikan yapısı hakkında bilgi üretilmelidir. Glikopeptitlerin analizi için Tandem Kütle Spektrometrisi (MS/MS) yaygın olarak kullanılmaktadır. Peptit ve glikan yapıları farklı kimyasal özellikleri nedeniyle karmaşıktır. Parçalama yöntemlerinden biri olan Çarpışma İle İndüklenmiş Parçalama (CID), Dört Kutuplu-Uçuş Zamanlı Kütle Spektrometrisi (QTOF-MS) enstrümanı ile beraber uyumlu bir şekilde çalışmaktadır. Yüksek Enerjili C-trap İle Parçalama (HCD) yöntemi ise, Dört Kutuplu Orbitrap (Q- Exactive Plus) enstrümanı ile çalışmaktadır. Ayrıca çok benzer olan HCD ve CID tekniği, glikan birimleri için B- ve Y- tipi fragmentleri üretirken peptit omurga parçalaması sonucunda peptit fragmentlerine ait b- ve y- tipi iyonları üretir. Son yıllarda fragment iyonların verimliliği arttırmak için Basamaklı Çarpışma İle İndüklenmiş Parçalama (sCID) ve Basamaklı Yüksek Enerjili C-trap İle Parçalama (sHCD) tekniği ortaya çıkmıştır. Bu tekniklerle farklı enerjiler uygulanarak hem glikan hem de peptit fragmentleri hakkında eş zamanlı bilgi edinilir. Tez kapsamında, QTOF s(CID) (Basamaklı Çarpışma İle İndüklenmiş Parçalama) ve Q-Exactive Plus s(HCD) (Bacamaklı Yüksek Enerjili C-trap İle Parçalama) sistemlerinin glikopeptit tanımlama performansları kıyaslanmıştır. Haptoglobin (Hpt) proteininin, Hpt 1-1, Hpt 2-2 ve Hpt-M adı verilen bu üç farklı varyantı tez çalışmasında kullanılmıştır. Her bir varyant, dört tekrarlı olacak şekilde hem QTOF s(CID) hem de Q-Exactive Plus s(HCD) sistemlerinde analiz edilmiştir. QTOF s(CID) sistemi, Q-Exactive Plus s(HCD) sistemine göre hem daha çok glikozilasyon bölgesi hem de daha fazla glikopeptit sayısı tanımlamıştır. Q-Exactive Plus s(HCD) sistemi, QTOF s(CID) sistemine göre daha yüksek toplam ortalama skor sayısı tespit edilmiştir.

Özet (Çeviri)

Glycosylation is one of the most important post translational modifications of proteins and is involved in all kinds of biological and physiological processes. In order to have information about the identity of the glycoprotein, information about the peptide sequence, glycosylation site, and glycan structure must be generated. Tandem Mass Spectrometry (MS/MS) is widely used for the analysis of glycopeptides. Collision Induced Dissociation (CID), one of the fragmentation methods, works in harmony with the Quadrupole-Time-of-Flight Mass Spectrometry (QTOF-MS) instrument. Higher-Energy C-trap Dissociation (HCD) method works with the Quadrupole Orbitrap (Q-Exactive Plus) instrument. Also, the very similar technique of HCD and CID, generate primarily b- and y-ions from peptide precursor ions, as well as B-and Y-ions from glycans units. In recent years, to increase the efficiency of fragment ions Stepped Collision Induced Dissociation (sCID) and Stepped Higher‐energy C-trap Dissociation (sHCD) techniques have emerged. With these techniques, different energies are applied to obtain simultaneous information about both glycan and peptide fragments. Within the scope of the thesis, glycopeptide identification performances of QTOF s(CID) (Stepped Collision Induced Dissociation) and Q-Exactive Plus s(HCD) (Stepped Higher‐ energy C-trap Dissociation) systems were compared. These three different variants of haptoglobin (Hpt) protein called Hpt 1-1, Hpt 2-2 and Hpt-M were used in the thesis study. Each variant was analyzed in both QTOF s(CID) and Q-Exactive Plus s(HCD) systems in four replicates. The QTOF s(CID) system defined both more glycosylation sites and more glycopeptide numbers than the Q-Exactive Plus s(HCD) system. The QExactive Plus s(HCD) system has a higher total average score than the QTOF s(CID) system.

Benzer Tezler

  1. Glikopeptitlerin kütle spektrometrik analizleri için yeni bir biyoanalitik yöntem geliştirilmesi ve insan C1-inhibitör proteininin ayrıntılı bölgeye özgü glikozilasyon analizinin gerçekleştirilmesi

    Development of a novel bioanalytical method for mass spectrometric analysis of glycopeptides and achieving in-depth site specific glycosylation analysis of human C1-inhibitor

    HACI MEHMET KAYILI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyoteknolojiHacettepe Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BEKİR SALİH

  2. Development of a new bioanalytical method for mass spectrometric analysis of glycopeptides using hydrophilic interaction-based sorbents

    Hidrofilik etkileşime dayalı sorbentler kullanılarak glikopeptitlerin kütle spektrometrik analizi için yeni bir biyoanalitik yöntemin geliştirilmesi

    ABDULBASİT RAMADAN ALMAHDİ ALTOUMİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyokimyaKarabük Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HACI MEHMET KAYILI

    PROF. DR. BEKİR SALİH

  3. In vitro and in silico investigation of NFIB-SUMO interactions

    NFIB-SUMO etkileşimlerinin in vitro ve in silico olarak incelenmesi

    AYBERK ÖZKAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR

  4. Türkiye'de coğrafi işaretleme sisteminin mevcut yapısı

    Existing structure of system geographical marks in Turkey

    YAĞMUR EROL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    ZiraatGaziosmanpaşa Üniversitesi

    Tarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALİL KIZILASLAN

  5. Yerel mutfağın turist motivasyonuna etkisi: İzmir'de bir araştırma

    The effect of local cuisine on tourist motivation: A research in Izmir

    İPEK ENSOYLU DEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    TurizmBalıkesir Üniversitesi

    Turizm İşletmeciliği Ana Bilim Dalı

    PROF. ÖNDER MET