Bölgeye özgü glikolizasyon analizlerinde kullanılan çarpışmalı fragmantasyon tekniklerinin glikopeptit tanımlama performanslarının kıyaslanması
Comparison of glycopeptide identification performances of collisional fragmentation techniques used in site specific glycosylation investigation
- Tez No: 840108
- Danışmanlar: PROF. DR. BEKİR SALİH
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 70
Özet
Protein glikozilasyonu, Post Translasyonel Modifikasyon (PTM) çeşitlerinden biridir ve birçok fizyolojik ve biyolojik süreçlerle ilişkilidir. Glikoproteinin kimliği hakkında bilgi sahibi olmak için peptit dizisi, glikozilasyon bölgesi ve glikan yapısı hakkında bilgi üretilmelidir. Glikopeptitlerin analizi için Tandem Kütle Spektrometrisi (MS/MS) yaygın olarak kullanılmaktadır. Peptit ve glikan yapıları farklı kimyasal özellikleri nedeniyle karmaşıktır. Parçalama yöntemlerinden biri olan Çarpışma İle İndüklenmiş Parçalama (CID), Dört Kutuplu-Uçuş Zamanlı Kütle Spektrometrisi (QTOF-MS) enstrümanı ile beraber uyumlu bir şekilde çalışmaktadır. Yüksek Enerjili C-trap İle Parçalama (HCD) yöntemi ise, Dört Kutuplu Orbitrap (Q- Exactive Plus) enstrümanı ile çalışmaktadır. Ayrıca çok benzer olan HCD ve CID tekniği, glikan birimleri için B- ve Y- tipi fragmentleri üretirken peptit omurga parçalaması sonucunda peptit fragmentlerine ait b- ve y- tipi iyonları üretir. Son yıllarda fragment iyonların verimliliği arttırmak için Basamaklı Çarpışma İle İndüklenmiş Parçalama (sCID) ve Basamaklı Yüksek Enerjili C-trap İle Parçalama (sHCD) tekniği ortaya çıkmıştır. Bu tekniklerle farklı enerjiler uygulanarak hem glikan hem de peptit fragmentleri hakkında eş zamanlı bilgi edinilir. Tez kapsamında, QTOF s(CID) (Basamaklı Çarpışma İle İndüklenmiş Parçalama) ve Q-Exactive Plus s(HCD) (Bacamaklı Yüksek Enerjili C-trap İle Parçalama) sistemlerinin glikopeptit tanımlama performansları kıyaslanmıştır. Haptoglobin (Hpt) proteininin, Hpt 1-1, Hpt 2-2 ve Hpt-M adı verilen bu üç farklı varyantı tez çalışmasında kullanılmıştır. Her bir varyant, dört tekrarlı olacak şekilde hem QTOF s(CID) hem de Q-Exactive Plus s(HCD) sistemlerinde analiz edilmiştir. QTOF s(CID) sistemi, Q-Exactive Plus s(HCD) sistemine göre hem daha çok glikozilasyon bölgesi hem de daha fazla glikopeptit sayısı tanımlamıştır. Q-Exactive Plus s(HCD) sistemi, QTOF s(CID) sistemine göre daha yüksek toplam ortalama skor sayısı tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Glycosylation is one of the most important post translational modifications of proteins and is involved in all kinds of biological and physiological processes. In order to have information about the identity of the glycoprotein, information about the peptide sequence, glycosylation site, and glycan structure must be generated. Tandem Mass Spectrometry (MS/MS) is widely used for the analysis of glycopeptides. Collision Induced Dissociation (CID), one of the fragmentation methods, works in harmony with the Quadrupole-Time-of-Flight Mass Spectrometry (QTOF-MS) instrument. Higher-Energy C-trap Dissociation (HCD) method works with the Quadrupole Orbitrap (Q-Exactive Plus) instrument. Also, the very similar technique of HCD and CID, generate primarily b- and y-ions from peptide precursor ions, as well as B-and Y-ions from glycans units. In recent years, to increase the efficiency of fragment ions Stepped Collision Induced Dissociation (sCID) and Stepped Higher‐energy C-trap Dissociation (sHCD) techniques have emerged. With these techniques, different energies are applied to obtain simultaneous information about both glycan and peptide fragments. Within the scope of the thesis, glycopeptide identification performances of QTOF s(CID) (Stepped Collision Induced Dissociation) and Q-Exactive Plus s(HCD) (Stepped Higher‐ energy C-trap Dissociation) systems were compared. These three different variants of haptoglobin (Hpt) protein called Hpt 1-1, Hpt 2-2 and Hpt-M were used in the thesis study. Each variant was analyzed in both QTOF s(CID) and Q-Exactive Plus s(HCD) systems in four replicates. The QTOF s(CID) system defined both more glycosylation sites and more glycopeptide numbers than the Q-Exactive Plus s(HCD) system. The QExactive Plus s(HCD) system has a higher total average score than the QTOF s(CID) system.
Benzer Tezler
- Glikopeptitlerin kütle spektrometrik analizleri için yeni bir biyoanalitik yöntem geliştirilmesi ve insan C1-inhibitör proteininin ayrıntılı bölgeye özgü glikozilasyon analizinin gerçekleştirilmesi
Development of a novel bioanalytical method for mass spectrometric analysis of glycopeptides and achieving in-depth site specific glycosylation analysis of human C1-inhibitor
HACI MEHMET KAYILI
- Development of a new bioanalytical method for mass spectrometric analysis of glycopeptides using hydrophilic interaction-based sorbents
Hidrofilik etkileşime dayalı sorbentler kullanılarak glikopeptitlerin kütle spektrometrik analizi için yeni bir biyoanalitik yöntemin geliştirilmesi
ABDULBASİT RAMADAN ALMAHDİ ALTOUMİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaKarabük ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HACI MEHMET KAYILI
PROF. DR. BEKİR SALİH
- In vitro and in silico investigation of NFIB-SUMO interactions
NFIB-SUMO etkileşimlerinin in vitro ve in silico olarak incelenmesi
AYBERK ÖZKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- Türkiye'de coğrafi işaretleme sisteminin mevcut yapısı
Existing structure of system geographical marks in Turkey
YAĞMUR EROL
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
ZiraatGaziosmanpaşa ÜniversitesiTarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİL KIZILASLAN
- Yerel mutfağın turist motivasyonuna etkisi: İzmir'de bir araştırma
The effect of local cuisine on tourist motivation: A research in Izmir
İPEK ENSOYLU DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
TurizmBalıkesir ÜniversitesiTurizm İşletmeciliği Ana Bilim Dalı
PROF. ÖNDER MET