Geri Dön

Balon balığı (Tetraodon nigroviridis)'nda süperoksit dismutaz (sod1, sod2, sod3) genlerinin insiliko analizleri ve gen ekspresyonlarının tüm dokularda belirlenmesi

İnsilico analysis of superoxide dismutase (sod1, sod2, sod3) genes and determination of gene expressions in all tissues of puffer fish (Tetraodon nigroviridis)

PDF İndir

  1. Tez No: 840159
  2. Yazar: BÜŞRA KAYA
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHTAP BAYIR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Ziraat, Biotechnology, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Atatürk Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Enzim ve Mikrobiyal Biyoteknoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 60

Özet

Amaç: Bu tez çalışmasında biyoenformatik araçlar ile balon balığı (Tetraodon nigroviridis)'nda süperoksit dismutaz (sod1, sod2, sod3) genlerinin in siliko analizleri gerçekleştirilmesi ve balon balığının bağırsak, beyin, böbrek, karaciğer, kas, kalp, göz, dalak, solungaç, mide, ovaryum ve testis dokularında gen ekspresyonları belirlenmesi hedeflenir. Yöntem: Yapılan çalışmada erkek ve dişi balon balıklarından bağırsak, beyin, böbrek, karaciğer, kas, kalp, göz, dalak, solungaç, mide, ovaryum ve testis doku örnekleri alınarak cDNA elde etmek amaçlanmış olup alınan her dokudan toplam RNA izole edildi. Daha sonra alınan tüm doku örneklerinden qPCR ile süperoksit dismutaz (sod1, sod2, sod3) genlerinin transkriptleri ve RT-qPCR ile transkript miktarları belirlendi. İn siliko analizler kapsamında gen yapısı, korunmuş gen sintenisi, filogenetik ağaç analizleri ve diğer omurgalılarla olan benzerlik-özdeşlik oranlarının tespiti yapıldı. Bulgular: Balon balığı (Tetraodon nigroviridis) süperoksit dismutaz (sod1) geni için dişi balıklarda doku spesifik dağılımı sırasıyla, karaciğerde 28,74 ± 1,21; bağırsakta 13,88 ± 0,5; kasta 5,09 ± 0,42; beyinde 2,72 ± 0,24; kalpte 3,41 ± 0,32; gözde 1,88 ± 0,1; dalakta 1,52 ± 0,1; solungaçta 6,37 ± 0,85; böbrekte 1,62 ± 0,11; midede 2,01 ± 0,14; ovaryumda 7,16 ± 0,96 olarak belirlenmiştir. Erkek balıklarda sod1 geni için doku spesifik dağılımın ise sırasıyla, karaciğerde 40,46 ± 3,22; bağırsakta 22,68 ± 1,63; kasda 8,86 ± 1,04; beyinde 5,14 ± 0,96; kalpte 3,79 ± 0,55; gözde 3,08 ± 0,42; dalakta 3,64 ± 0,88; solungaçta 10,91 ± 1,45; böbrekte 4,08 ± 1,27; midede 3,84 ± 0,99; testiste 10,84 ± 1,08 olduğu tespit edilmiştir. Dişi balon balıklarında süperoksit dismutaz sod2 geni için doku spesifik dağılımı ise sırası ile karaciğerde 32,93 ± 3.01; bağırsakta 19,29 ± 1,99; kasda 16,64 ± 1,52; beyinde 4,91 ± 1,01; kalpte 5,6 ± 1,44; gözde 3,79 ± 0,62; dalakta 3,77 ± 0,85; solungaçta 25,46 ± 1,89; böbrekte 2,85 ± 0,55; midede 2,89 ± 0,22; ovaryumda 13,46 ± 1,07 olarak belirlenmiştir. Erkek balon balıklarında sod2 geni için doku spesifik dağılımı ise sırası ile karaciğerde 35,54 ± 3.08; bağırsakta 19,72 ± 2.11; kasda 12,07 ± 1.19; beyinde 4,14 ± 0.09; kalpte 5,32 ± 1,11 gözde 2,07 ± 0,52; dalakta 1,99 ± 0,28; solungaçta 30,63 ± 3,24; böbrekte 4,81 ± 0,35; midede 4,17 ± 0,96; testis 14,43 ± 1,33 olarak belirlenmiştir. Dişi balon balıklarında süperoksit dismutaz sod3 geni için doku spesifik dağılımı ise sırası ile karaciğerde 33,04 ± 1,17; bağırsakta 23,2 ± 1,11; kasda 6,82 ± 0,09; beyinde 1,85 ± 0,01; kalpte 2,99 ± 0,02; gözde 1,05 ± 0,01; dalakta 1,42± 0,01; solungaçta 16,70 ± 2,07; böbrekte 0,94 ± 0,01; midede 1,05± 0,02; ovaryumda 10,85± 0,99 olarak belirlenmiştir. Erkek balon balıklarında sod3 geni için doku spesifik dağılımı ise sırası ile karaciğerde 42,31± 2.71; bağırsakta 24,76± 2.01; kasda 5,70± 1.11; beyinde 2,67 ± 0,08; kalpte 3,90 ± 0,08; gözde 2,12 ± 0,06; dalakta 1,6 ± 0,04; solungaçta 19,17 ± 1,10; böbrekte 1,60 ± 0,05; midede 1,29 ± 0,04; testis 20,67 ± 1,27 olarak belirlenmiştir. Sonuç: Balon balığı süperoksit dismutaz sod1, sod2 ve sod3 genleri için erkek ve dişi dokuları arasındaki transkripsiyonel farklılıkları incelendiğinde; sod1 geni kalp hariç bağırsak, karaciğer, solungaç, böbrek, mide, kas ve gonadların önemli derecede erkek balıklarda yüksek olduğu ancak diğer dokular arasındaki farklılıkların istatistiksel açıdan önem arz etmediği görülmüştür. Erkek ve dişi balon balıklarındaki sod2 geni için sonuçlar incelendiğinde karaciğer, kas, solungaç, bağırsak, ovaryum ve testis tüm dokulardan yüksek oranda sod2 gen ifadesine sahip olduğunu, bağırsak, kalp ve gonad gibi dokuların istatiksel açıdan önem arz etmediğini göstermiştir. Erkek ve dişi balon balıklarındaki sod3 geni için sonuçlar incelendiğinde kalp, dalak, mide dokularının istatiksel açıdan önem arz etmediği ancak diğer tüm dokular erkek balon balığında önemli derecede yüksek olarak görülmüştür. Karaciğer, bağırsak, solungaç, böbrek, mide ve gonadların önemli derecede erkek balıklarda yüksek (p

Özet (Çeviri)

Purpose: The aim of this thesis is to perform in silico analyses of superoxide dismutase (sod1, sod2, and sod3) genes in the pufferfish (Tetraodon nigroviridis) using bioinformatics tools and to determine the gene expressions in the intestine, brain, kidney, liver, muscle, heart, eye, spleen, gill, stomach, ovary, and testis tissues of the pufferfish. Method: In this study, tissue samples from male and female pufferfish were collected from the intestine, brain, kidney, liver, muscle, heart, eye, spleen, gill, stomach, ovary, and testis with the aim of obtaining cDNA. Total RNA was isolated from each tissue, and subsequently, the transcripts of superoxide dismutase (sod1, sod2, and sod3) genes were determined using qPCR, and transcript quantities were determined using RT-qPCR. In silico analyses included gene structure, conserved gene synteny, phylogenetic tree analyses, and identification of similarity-identity ratios with other vertebrates. Findings: For the pufferfish (Tetraodon nigroviridis) superoxide dismutase sod1 gene, the tissue-specific distribution in female fish was determined as follows: liver 28.74 ± 1.21; intestine 13.88 ± 0.5; muscle 5.09 ± 0.42; brain 2.72 ± 0.24; heart 3.41 ± 0.32; eye 1.88 ± 0.1; spleen 1.52 ± 0.1; gill 6.37 ± 0.85; kidney 1.62 ± 0.11; stomach 2.01 ± 0.14; ovary 7.16 ± 0.96. For male fish, the tissue-specific distribution for the sod1 gene was determined as follows: liver 40.46 ± 3.22; intestine 22.68 ± 1.63; muscle 8.86 ± 1.04; brain 5.14 ± 0.96; heart 3.79 ± 0.55; eye 3.08 ± 0.42; spleen 3.64 ± 0.88; gill 10.91 ± 1.45; kidney 4.08 ± 1.27; stomach 3.84 ± 0.99; testis 10.84 ± 1.08. For the sod2 gene in female pufferfish, the tissue-specific distribution was determined as follows: liver 32.93 ± 3.01; intestine 19.29 ± 1.99; muscle 16.64 ± 1.52; brain 4.91 ± 1.01; heart 5.6 ± 1.44; eye 3.79 ± 0.62; spleen 3.77 ± 0.85; gill 25.46 ± 1.89; kidney 2.85 ± 0.55; stomach 2.89 ± 0.22; ovary 13.46 ± 1.07. For male pufferfish, the tissue-specific distribution for the sod2 gene was determined as follows: liver 35.54 ± 3.08; intestine 19.72 ± 2.11; muscle 12.07 ± 1.19; brain 4.14 ± 0.09; heart 5.32 ± 1.11; eye 2.07 ± 0.52; spleen 1.99 ± 0.28; gill 30.63 ± 3.24; kidney 4.81 ± 0.35; stomach 4.17 ± 0.96; testis 14.43 ± 1.33. For the sod3 gene in female pufferfish, the tissue-specific distribution was determined as follows: liver 33.04 ± 1.17; intestine 23.2 ± 1.11; muscle 6.82 ± 0.09; brain 1.85 ± 0.01; heart 2.99 ± 0.02; eye 1.05 ± 0.01; spleen 1.42 ± 0.01; gill 16.70 ± 2.07; kidney 0.94 ± 0.01; stomach 1.05 ± 0.02; ovary 10.85± 0.99 For male pufferfish, the tissue-specific distribution for the sod3 gene was determined as follows: liver 42.31 ± 2.71; intestine 24.7 6± 2.01 muscle 5.70 ± 1.11; brain 2.67 ± 0.08; heart 3.90 ± 0.08; eye 2.12 ± 0.06; spleen 1.6 ± 0.04; gill 19.17 ± 1.10; kidney 1.60 ± 0.05; stomach 1.29 ± 0.04; testis 20.67 ± 1.27. Results: When examining the transcriptional differences between male and female tissues for superoxide dismutase sod1, sod2, and sod3 genes in pufferfish, it was observed that sod1 gene expression was significantly higher in male fish in the intestine, liver, gill, kidney, stomach, muscle, and gonads, except for the heart. However, the differences among other tissues were not statistically significant. For sod2 gene in male and female pufferfish, the results showed high expression in all tissues, including the liver, muscle, gill, intestine, ovary, and testis, with no statistical significance in tissues such as the intestine, heart, and gonads. For sod3 gene in male and female pufferfish, the results indicated that the heart, spleen, and stomach tissues did not show statistical significance, but all other tissues had significantly higher expression in male pufferfish. Liver, intestine, gill, kidney, stomach, and gonads were found to be significantly higher (p

Benzer Tezler

  1. Tez No

    353492

    Balon balığı (Lagocephalus sceleratus, Gmelin, 1789) eksternal ve internal tat tomurcuklarının dağılımı ve yoğunluğu

    The distribution of external and internal taste buds in puffer fish (Lagocephalus sceleratus, Gmelin, 1789)

    MUSA TOLGA TİMURLENK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiSüleyman Demirel Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. KENAN ÇINAR

  2. Tez No

    283468

    Balon balığı, Lagocephalus sceleratus (Gmelin, 1789) (Osteichthyes:Tetraodontidae)'un total lipid ve yağ asidi bileşimi

    Total lipid and fatty acid composition of puffer fish, Lagocephalus sceleratus (Gmelin, 1789) (Osteichthyes:Tetraodontidae)

    ESRA ULUSOY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyolojiSelçuk Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZAHİDE ULYA NURULLAHOĞLU

  3. Tez No

    539975

    Balon balığı davranışı tabanlı yeni bir metasezgisel optimizasyon algoritması

    A new metaheuristic optimization algorithm based on puffer fish behavior

    MEHMET CEM ÇATALBAŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiFırat Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ARİF GÜLTEN

  4. Tez No

    316465

    Benekli balon balığı'nın (Lagocephalus sceleratus Gmelin, 1789) antalya körfezi'ndeki büyüme özellikleri

    Growth characteristics of the silverstripe blaasop (Lagocephalus sceleratus Gmelin, 1789) in Antalya bay

    SUNA TÜZÜN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyolojiAdnan Menderes Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT BİLECENOĞLU

  5. Tez No

    295150

    Akdeniz'deki balon balığı, Lagocephalus sceleratus (Gmelin,1789)' un bazı biyolojik özelliklerinin tespiti

    Determination of some biological features of silverstripe blaasop, Lagocephalus sceleratus (Gmelin,1789) in the Mediterranean Sea

    UFUK GÜRKAN YILDIRIM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Su ÜrünleriSüleyman Demirel Üniversitesi

    Su Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YILDIZ BOLAT

Geri Dön