Geri Dön

Elma içkurdu, Cydia pomonella (L.)' ya karşı in siliko metodla aday insektisitlerin belirlenmesi

Determination of candidate insecticides aganist apple borer, Cydia pomonella (L.) by in silico method

  1. Tez No: 841143
  2. Yazar: NURCAN ERSAN ŞEKER
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 73

Özet

Elma içkurdu, cydia pomonella (L.) zararlısının yönetimi, elma, armut, ayva, ceviz gibi meyve üretiminde ciddi kayıplara sebep olan ve tarım endüstrisi için önemli bir sorun haline gelen bir konu olmuştur. Bu tez elma içkurdu zararlısı ile mücadelede modern bir yaklaşım olan in siliko yöntemiyle etkili ve doğal aday ilaç moleküllerinin belirlenmesi amaçlanmaktadır. Bu çalışmada hedef protein ve bitki aktif molekülleri belirlemek amacıyla Protein Data Bank veri tabanı ve Dr. Duke veri tabanından yararlanılmıştır. Seçilen bitki aktif moleküllerin Spartan 14.V1.14 programıyla konformer taramaları, geometri optimizasyonları ve yapı-aktivite ilişki (SAR) analizleri gerçekleştirilmiştir. Moleküler kenetlenme çalışmalarında Autodock Tools 1.5.6, Aotodock Vina programları kullanılmış, ayrıca protein-ligand etkileşimi ve görselleştirme için BIOVIA Discovery Studio Visualizer programı kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlar, bağlanma enerjileri, lineer regresyon grafikleri ve aminoasit etkileşim haritaları üzerinden değerlendirilmiştir. Analiz sonucunda iyi korelasyon sağlayan 11 adet (L-1, L-4, L-7, L-9, L-11, L-12, L-13, L-14, L-16, L-18, L-19) aday ilaç molekülü tespit edilmiştir. Belirlenen 11 aday ilaç molekülünden 7 adet molekülün ilaç olma potansiyeline sahip olduğu saptanmıştır. Bu çalışma sonucunda iyi korelasyon sağlayan, ilaç olma potansiyeline sahip L-7, L-9, L-13, L-14, L-16, L-18, L-19 aday molekülleri öne çıkmaktadır. Bu moleküllerin in vivo deneysel olarak incelenmesi önerilmektedir.

Özet (Çeviri)

The management of the apple borer, cydia pomonella (L.) pest has become an important issue for the agricultural industry, causing serious losses in fruit production such as apple, pear, quince, and walnut. In this thesis, it is aimed to determine effective and natural candidate drug molecules with the in silico method, which is a modern approach in the fight against the apple borer pest. In this study, Protein Data Bank database and Dr. Duke database wered used to identify targets proteins and plant active molecules. Conformer scans, geometry optimizations and structure-activity relationship (SAR) analyzes of selected plant active molecules were performed with Spartan 14.V1.14 program. Autodock Tools 1.5.6 and Aotodock Vina programs were used in molecular docking studies, and BIOVIA Discovery Studio Visualizer program was used for protein-ligand interaction and visualization. The results obtained were evaluated on binding energies, linear regression graphs and amino acid interaction maps. As a result of the analyses, 11 candidate drug molecules (L-1, L-4, L-7, L-9, L-11, L-12, L-13, L-14, L-16, L-18, L19) providing good correlation were identified. Of the 11 candidate drug molecules identified, 7 molecules were found to have the potential. As a result of this study, candidate molecules L-7, L-9, L-13, L-14, L-16, L-18, L-19, which provide good correlation and have drug potential to be drugs, stand out. İn vivo experimental investigation of these molecules is recommended.

Benzer Tezler

  1. Elma içkurdu Cydia pomonella (L.) (Lepidoptera: Tortricidae)'ya karşı çiftleşmeyi engelleme tekniğinin uygulanması

    Application of the mating disruption technigue againstcodling moth Cydia pomonella (L.) (Lepidoptera: Tortricidae)

    GÜLSER CANDAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAHMUT MURAT ASLAN

  2. Isparta ilinde elma bahçelerinde zararlı olan elma içkurdu [Cydia pomonella (L.) Lep.: Tortricidae]'nun yaygın olarak kullanılan bazı insektisitlere karşı duyarlılık düzeylerinin belirlenmesi

    Determination of susceptibility levels of some common insecticides against codling moth (Cydia pomonella (L) Lep.: Tortricidae) using in apple orchards of Isparta

    MESUT İŞCİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    ZiraatSüleyman Demirel Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RECEP AY

  3. Elma zararlıları Cydia pomonella ve Yponomeuta malinellus patoloji ve mikrobiyal kontrolleri

    The Pathology and microbial control of apple pests, Cydia pomonella and Yponomeuta malinellus

    ÖMER ERTÜRK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    BiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ

  4. Çanakkale ili elma bahçelerindeki entomopatojen nematod faunasının belirlenmesi ve elma iç kurdu (Cydia pomonella, Linnaeus) (Lepidoptera: Tortricidae)'na karşı laboratuvarda etkinliklerinin araştırılması

    Determination of entomopathogenic nematode fauna in apple orchards found in Çanakkale and effectiveness on codling moth (Cydia pomonella, Linnaeus) (Lepidoptera: Tortricidae) in laboratory

    NEZİHA BULUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. UĞUR GÖZEL

  5. Ağaçören (Aksaray) ilçesinde ceviz alanlarında elma içkurdu [Cydia pomonella (L.) (Lepıdoptera: tortrıcıdae)]'nun popülasyon gelişimi ve bulaşıklık oranının belirlenmesi

    Determination of population development and infestation rate of codling moth [Cydia pomonella (L.) (Lepidoptera: tortricidae)] in walnut areas in Ağaçören (Aksaray) district

    KİRAZ AYDIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatSelçuk Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. LEVENT ÜNLÜ