Geri Dön

Sığır ve insan respiratör sinsityal virusların filogenetik analizi ve sığırlardan respiratör sinsityal virusun izolasyonu

Phylogenetic analysis of bovine and human respiratory syncytial viruses and isolation of bovine respiratory syncytial virus

PDF İndir

  1. Tez No: 734553
  2. Yazar: ÖZGE AYDIN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN YILMAZ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Veterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Viroloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 143

Özet

Sığır Respiratörik Sinsityal Virus (Bovine respiratory syncytial virus=BRSV) tüm yaş grubu sığırlarda solunum sistemi infeksiyonlarına ve özellikle buzağı ve genç sığırlarda ölüm ve tedavi masrafları sonucu ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Bu tez çalışmasında; BRSV'nin real time RT-PCR (Reverse transcriptase polymerase chain reaction=RT-PCR) ile hızlı tanısı, BRSV-G geninin RT-PCR ile kısmi çoğaltılması, sekans ve filogenetik analizleri yapılarak ülkemiz ve diğer ülkelerdeki sığır ve insan respiratörik sinsityal virusları (BRSV ve HRSV) ile karşılaştırılması ve soy ağacı oluşturulması amaçlandı. RT-PCR sonucu BRSV pozitif olduğu tespit edilen örneklerden aşı ve diğer çalışmalarda kullanılmak üzere virus izolasyonu çalışmaları da planlandı. Ayrıca BRSV'ye karşı oluşan spesifik antikorlar saptanarak hayvanların bağışıklık durumunun araştırılması amaçlandı. Bu amaçlara yönelik olarak Trakya bölgesi ve Uşak ilinde lokalize olmuş çiftlikler ziyaret edilerek, solunum sistemi bozukluğu görülen buzağı ve genç sığırlardan örnekler alındı. BRSV-N genini hedefleyen real time RT-PCR ile pozitiflik saptanan örneklerde sekans amacıyla BRSV-G geni hedeflenerek RT-PCR yapıldı. Sekans ve filogenetik analizler sonucunda elde edilen dizilimler ülkemiz ve diğer ülkelerde tespit edilen BRSV ve HRSV genotipleri ile karşılaştırıldı ve soy ağacı oluşturuldu. RT-PCR sonucu BRSV yönünden pozitif olduğu tespit edilen örneklerden BRSV izolasyonu amacıyla MDBK hücre kültürü kullanıldı. BRSV'ye karşı oluşan antikorlar ELISA ile tespit edildi. Çalışmada real time RT-PCR ile incelenen toplam 314 örnekten 14 örnekte (%4.4) BRSV-RNA saptandı. BRSV-N geni hedeflenerek yapılan real time RT-PCR ile pozitif bulunan örneklerden BRSV-G geni hedeflenerek yapılan RT-PCR çalışmaları sonucunda 4 nazal/orofarengeal svab ve 1 akciğer örneğinin sekans analizi yapıldı. Sekans ve filogenetik analizler sonucu oluşturulan soyağacı verilerine göre bu çalışmada saptanan genotiplerin daha önce ülkemizde tespit edilen ve Gen Bankası'na bildirilen BRSV-G geni dizilimleri ile %89-%98 oranında benzer olduğu ve BRSV Subgrup III'e ait olduğu bulundu. Diğer ülkelerde saptanan BRSV genotipleri ile karşılaştırıldığında Amerika'da ve Çekya'da bildirilen genotipler ile arasında %90-%93 oranında en yüksek benzerlik saptandı. Bu çalışmada saptanan BRSV genotipleri, ülkemizde tespit edilen ve Gen Bankası'na bildirilen HRSV-G geni ile karşılaştırıldığında %43-%48 benzerlik bulundu. MDBK hücre kültüründe yapılan virus izolasyon çalışmalarında RT-PCR ile BRSV pozitif olarak tespit edilen örneklerden virus izole edilemedi. Aşısız ve aşılı buzağı ve genç sığırlardan alınan toplam 162 kan serumu örneğinden 76 örnekte (%46,9) BRSV seropozitifliği saptandı. Sonuç olarak, BRSV'nin hızlı tanısı amacıyla prob temelli real time RT-PCR, BRSV'de olabilecek değişiklik ve mutasyonların takibi için ise BRSV-G geni hedeflenerek sekans analizleri ve filogenetik analizler kullanılabilir. Aşılamalara rağmen ülkemizde virus sirküle olmaktadır bu nedenle BRSV infeksiyonlarına yönelik araştırmalar, aşılamalar ve eradikasyon çalışmalarının devam etmesinde yarar vardır.

Özet (Çeviri)

Bovine Respiratory Syncytial Virus (BRSV) causes respiratory system infections in cattle of all age groups and economic losses as a result of death and treatment costs, especially in calves and young cattle. The aim of this PhD thesis was rapid diagnosis of BRSV by real time RT-PCR, partial amplification of the BRSV- G gene by RT-PCR, sequence and phylogenetic analyses and comparison with other BRSV and HRSV (Human Respiratory Syncytial Virus) genotypes in the GenBank from our country and other countries by generating phylogenetic trees. Virus isolation from BRSV positive samples was also planned to be used in vaccine research and other studies. It was also aimed to investigate the immune status of animals by detecting specific antibodies against BRSV. For this aims, farms localized in Trakya regions and Usak province were visited, samples were taken from calves and young cattle which shows respiratory system disorders. These samples were analyzed by real time RT-PCR using BRSV-N gene specific primers and probe. Samples found positive by real time RT-PCR were further analyzed for sequencing by RT-PCR using BRSV-G gene specific primers. The results of the sequence and phylogenetic analyzes were compared with the genotypes BRSV and HRSV reported from our country and other countries, and phylogenetic trees were generated. Virus isolation studies were performed by inoculating RT-PCR positive samples in MDBK cell cultures. Antibody response to BRSV was measured in sera by ELISA. In this study, BRSV-RNA was detected in 14 (4,4%) of the 314 samples by real time RT-PCR. RT-PCR was performed by targeting BRSV-G gene specific primers on 4 nasal/oropharyngeal swab and 1 lung sample for sequencing. Phylogenetic analysis of these sequences indicated that the BRSVs were clustered in Subgroup III and were closely related (89%-98%) to previously identified Turkish genotypes. Sequences of 4 nasal/oropharyngeal swab and 1 lung sample compared with the BRSV genotypes reported from other countries, 90%-93% the highest similarity was found with the genotypes reported in the USA and Czechia. When sequences of 4 nasal/oropharyngeal swab and 1 lung sample compared with the HRSV genotypes reported from our country, 43%-%48 similarity was found. No virus could be isolated from the samples tested. Antibodies to BRSV were detected in 76 of a total of 162 vaccinated and unvaccinated calves sera (46,9%). In conclusion, probe based real time RT-PCR can be applied for rapid diagnosis. BRSV-G gene sequence analyzes and phylogenetic analyzes can be used to detect mutations in BRSV G gene. It is important that BRSV infections are detected in spite of vaccination. For this reason, further studies are necessary on surveyans, vaccination and eradication of BRSV infections.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    615910

    Kist hidatik şüpheli hastaların tanısında indirekt hemaglütinasyon ve immünokromatografik yöntemin karşılaştırılması

    The comparision of indirect hemagglutination and immunochromatographic methods in diagnosis of patients with cyst hydatid doubt

    DUYGU ÖZTAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    MikrobiyolojiGaziantep Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TEKİN KARSLIGİL

  2. Tez No

    618042

    Farklı türlere ait adenovirus hexon gen bölgesinin karşılaştırmalı analizi

    Comparative analysis of adenovirus hexon gen region of different species

    ALİYE BAŞTUĞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Veteriner HekimliğiAnkara Üniversitesi

    Viroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TUBA ÇİĞDEM OĞUZOĞLU

  3. Tez No

    772260

    Serological investigation of peste des petits ruminants in lambs in Iraq-Kirkuk region

    Irak–Kerkük bölgesinde kuzularda küçük ruminant vebası (pestedes petits ruminants ppr)'ın seroprevalansı

    SARWAT KHORSHED RAHEEM

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Sağlık YönetimiVan Yüzüncü Yıl Üniversitesi

    Sağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜLEYMAN KOZAT

  4. Tez No

    507864

    Klinik olarak pneumoni tespit edilen buzağılarda haptoglobin, serum amiloid a ve hepsidin değerlerinin araştırılması

    Investigation of haptoglobin, serum amyloid a and hepcidin values in calves with the clinically diagnosed pneumonia

    ALİ BURAK DÖRTKARDEŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Veteriner HekimliğiMehmet Akif Ersoy Üniversitesi

    İç Hastalıkları (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞİMA ŞAHİNDURAN

  5. Tez No

    847101

    Sığırlarda coronavirusların izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve potansiyel aşı genotiplarinin araştırılması

    Isolation, molecular characterisation and investigation of potential vaccine genotypes of bovine coronaviruses

    SEMAHA GÜL YILMAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Veteriner Hekimliğiİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Viroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSEYİN YILMAZ

Geri Dön