Geri Dön

Antimikrobiyal peptitlerin antikanser özelliklerinin In Siliko yöntemler ile araştırılması

In Silico investigation of anticancer properties of antimicrobial peptides

  1. Tez No: 845373
  2. Yazar: AHMET OZAN ÖZGEN
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ DEVRİM DEMİR DORA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 149

Özet

Amaç: Bu çalışma, antimikrobiyal peptitlerin (AMP) kanser tedavisindeki potansiyellerinin öngörülebilmesi amacıyla çeşitli in-silico yöntem ve araçları kullanarak bir süreç geliştirmeyi hedeflemektedir. Geliştirilen bu süreç sonucunda 10.000 AMP'nin antikanser etkinliklerinin ve fizikokimyasal özelliklerinin tahmini gerçekleştirilecektir. Ayrıca, sonuçların AMP'lerin olası ikili etkilerine ışık tutması beklenmektedir. Yöntem: Ana (eğitim) veri seti kullanılarak araştırmacı tarafından özellik seçimi yapılmış olup bir makine öğrenimi modeli eğitilmiştir. Bu model antikanser etkinliğinin tespit edilmesi için çalışmanın temelini oluşturmaktadır. Model performansı temel başarı metrikleri ile ölçülmüştür. Sonuçların normal dağılım gösterme durumları Shapiro-Wilk testi ve farklı veri setlerindeki performansları da MANOVA testi ile değerlendirilmiştir. Bunun yanı sıra, peptit sekanslarının kümeleme işlemleri, fizikokimyasal özelliklerin tahmini ve üç boyutlu homoloji modellemesi için kullanılan bağımsız araçlar da bu sürecin bir parçası olarak entegre edilmiştir. Bulgular: En başarılı model, rastgele orman algoritması ile amino asit ve dipeptit kompozisyonu özellik kombinasyonuyla elde edilmiştir. Geliştirilen makine öğrenimi modeli bağımsız (validasyon) veri setinde %79,5 doğruluk göstermiştir. Eğitilen modelin ana ve bağımsız veri setlerindeki performansları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamaktadır. Ayrıca, deneysel veri setinde test edilen 10.000 peptitten antikanser etkinliği tespit edilen ve optimal fizikokimyasal özellik gösteren 1648 peptit keşfedilmiştir. Sonuç: Elde edilen bulgular, AMP'lerin antikanser özelliklerinin daha iyi anlaşılması ve bu peptitlerin kanser tedavisindeki potansiyel uygulamalarının geliştirilmesi için değerli bilgiler sunmaktadır.

Özet (Çeviri)

Objective: This study aims to develop a process using various in-silico methods and tools to predict the potential of antimicrobial peptides (AMPs) in cancer treatment. Through the developed process, the anticancer activity, and physicochemical properties of 10,000 AMPs will be predicted. Additionally, it is anticipated that the results will shed light on the possible dual effects of AMPs. Method: The researcher performed feature selection using the main (training) dataset and trained a machine learning model. This model forms the basis of the study for predicting anticancer activity. The success of the model was measured using fundamental performance metrics. The normal distribution of the results was assessed through the Shapiro-Wilk test, and their performances on different datasets were evaluated using the MANOVA test. Additionally, independent tools, such as clustering of peptide sequences, prediction of physicochemical properties, and three-dimensional homology modelling, were integrated as part of this process. Results: The most successful model was achieved using the random forest algorithm with a combination of amino acid and dipeptide composition features. The developed machine learning model demonstrated an accuracy of 79.5% on the independent (validation) dataset. There was no statistically significant difference in the model's performances between the main and independent datasets. Additionally, out of the 10,000 peptides tested in the experimental dataset, 1648 peptides were discovered to exhibit anticancer activity with optimal physicochemical properties. Conclusion: The findings provide valuable information for a better understanding of the AMPs' anticancer properties and the potential applications of these peptides in cancer treatment.

Benzer Tezler

  1. Bioactive peptide encapsulation by electrospinning technique: Characterization of electrospun fibers and mathematical modelling of release kinetics

    Biyoaktif peptitlerin elektroeğirme tekniği ile enkapsülasyonu: Elektroeğrilmiş liflerin karakterizasyonu ve salım kinetiğinin matematiksel modellenmesi

    ZAHİDE KIRBAŞ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİLİZ ALTAY

  2. Fk-16-frenatin 2.1s hibrit peptidin hepatoselüler karsinomada antikanser etkilerinin araştırılması

    Investigation of the anticancer effects of fk-16-frenatin 2.1s hybrid peptide in hepatocellular carcinoma

    TUBA ÇAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SERAP SANCAR

  3. Androctonus crassicauda (Oliver, 1807) akrep türünün dış morfolojik özelliklerinin taramalı elektron mikroskopla belirlenmesi ve zehirinin biyokimyasal analizi

    Determination of morphological properties of Androctonus crassicauda (Oliver, 1807) scorpion species with scanning electron microscope and biochemical analysis of venom

    MEHMET ALİ DEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyokimyaKastamonu Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ZAFER SANCAK

  4. Yeni bir antimikrobiyal peptidin A549 hücre soyunda olası etkilerinin araştırılması

    Investigation of possible effects of a new antimicrobial peptide on A549 cell line

    AYAN HUSEYNZADA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞEHNAZ BOLKENT

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SERAP SANCAR

  5. Androctonus crassicauda akrep zehrinin antikanser özelliğinin incelenmesi

    Investigation of anticancer properties of androctonus crassicauda scorpion venom

    MURAT TİKEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyokimyaHarran Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İSMAİL KOYUNCU