DNA barcoding for the identification of Verbascum L. from Turkey
Türkiye'ye ait Verbascum L. türlerinin DNA barkodlaması yöntemi ile kimliklendirilmesi
- Tez No: 845822
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ BAHAR SOĞUTMAZ ÖZDEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Genetik, Bioengineering, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 141
Özet
Endüstrileşme ve çevresel bozulmanın artması, gezegende biyolojik çeşitlilik krizine yol açarak türlerin yok olmasına, dolayısıyla genetik kaynaklarının kaybedilmesine sebep olmaktadır. Genetik kaynakların korunması ile taksonomiye ve türlerin doğru tespitine büyük ölçüde bağımlı olan ekosistemi de korumak mümkün hale gelmektedir. İklim, topografi ve jeomorfoloji gibi öğeler, Türkiye'yi en yüksek bitki çeşitliliği ve endemizme sahip olan merkezlerden biri haline getirmektedir. Türkiye'de yaklaşık olarak 2700 endemik tür olduğu tahmin edilmektedir ve bu çeşitliliğin önemli bir kısmını Verbascum L. cinsi oluşturmaktadır. Yayılım alanı dar olduğundan, habitatının yok olma riski yüksek olan Verbascum L. cinsi, terapötik özellikleri ve ekolojik önemi ile ciddi bir koruma politikasına ihtiyaç duymaktadır. Türler arası morfolojik benzerlikleri ve hibridizasyon olasılıkları sebebiyle endemik Verbascum L. türlerinin doğru tespiti ve sınıflandırılmasında zorluklar yaşanmaktadır. Taksonomik ilişkileri ve türlerin sınırlarını netleştirmek ve Verbascum L. gen kaynaklarını korumak ve tür ayrımı sağlamak için moleküler seviyede tanımlama yapılması büyük önem arz etmektedir. DNA barkodlama yöntemi, DNA barkodları adı verilen kısa ve yeterli varyasyona sahip korunmuş DNA dizilerini kullanarak yüksek seviyede tür ayrımı sağlayabilmektedir. Bu çalışmanın amacı, Türkiye'deki Verbascum L. cinsinin anahtar türlerinin DNA barkodlama yöntemiyle moleküler seviyede tanımlanmasıdır. Bu amaçla, herbaryum koleksiyonlarından, Verbascum L. cinsine ait Anadolu endemik türleri seçilmiştir. Tür tanımlamasını, DNA barkodlama ile standardize edilmesini destekleyen CBOL tarafından önerilen rbcL, matK, ITS ve trnH-psbA barkod bölgeleri kullanılmıştır. DNA sekanslama ve biyoinformatik analizler, kurulmuş olan DNA barkodlama standartlarına göre gerçekleştirilmiştir. ITS ve matK barkod bölgeleri, sırasıyla 15 ve 11 Verbascum L. türünde tanımlanmıştır ve filogenetik analizlerde kullanılmıştır. Bu çalışma, Verbascum L.'nin Türkiye bitki envanterine eklenmesine ve gerektiğinde taksonomik sorunları düzeltmek için moleküler düzeyde düzeltmeler yapılmasına ve DNA barkodlarının literatüre dahil edilmesi ile Verbascum L. gen kaynaklarının korunmasına katkı sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
The increasing industrialization and environmental degradation lead to a planetary biodiversity crisis further leading to species extinction, thus the loss of genetic resources and germplasm. By preserving the genetic resources, it is also possible to protect the ecosystem which highly depends on taxonomy and the accurate identification of the species. The climate, topography, and geomorphology of Turkey make it to be one of the centers for plant diversity and endemism. It is estimated that there are approximately 2700 endemic species in Turkey where the Verbascum L. genus is occupying an important role with its distinctive biodiversity. The distribution range of the Verbascum L. genus is narrow, and the increasing risk of its habitat destruction creates a requirement for a strict conservation policy considering its therapeutic qualities and ecological relevance. Due to the species physical similarity and possibility for hybridization, these endemic Verbascum L. species pose difficulties for correct identification and classification. In order to clarify the taxonomic relationships, boundaries and conservation of Verbascum L. germplasm, it is crucial to use DNA barcoding technique which utilizes short and conserved DNA sequences with sufficient variations known as DNA barcodes to enable the molecular-level identification and differentiation of species. The objective of this study is the molecular identification of key species of the Verbascum L. genus from Turkey by DNA barcoding. For this purpose, the Anatolian endemic species from the Verbascum L. genus were selected mainly from the herbarium collections. The recommended barcode regions by CBOL, namely rbcL, matK, ITS, and trnH-psbA, which enable detection with greater variation, were utilized. The DNA sequencing and bioinformatic analysis were conducted following the established DNA barcoding standards. The barcode regions, ITS and matK, were identified in 15 and 11 Verbascum species respectively and used for the phylogenetic analysis. This study will enable the addition of Verbascum L. to Turkey's plant inventory and make molecular-level adjustments to correct taxonomic problems if necessary. Consequently, the involvement of the DNA barcodes will further contribute to the conservation of the Verbascum germplasm.
Benzer Tezler
- Amilaz enzimi üreten yerli fungus izolatlarının DNA barkodlaması
DNA barcoding of the native fungi isolates producing amylase enzyme
MERVE EROĞLU PARİM
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiIğdır ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZU ÜNAL
- Saccharomyces cerevisiae DNA barkodunun belirlenmesi ve veri tabanının oluşturulması
Determination of the Saccharomyces cerevisiae DNA barcode and creating a data base
MİTHAT KURBAN
Doktora
Türkçe
2019
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REMZİYE YILMAZ
- Kayseri yöresinde yaygınlık gösteren hamam böceklerinin (ınsecta: blattarıa) filogenetik karakterizasyonu ve medikal önemi olan parazitler yönünden vektörlük potansiyellerinin belirlenmesi
The phylogenetic characterization of cockroaches (insecta: blattaria) in Kayseri region and determination of their vector potential for medically important parasites
FATMA CEVAHİR
Doktora
Türkçe
2019
Veteriner HekimliğiErciyes ÜniversitesiParazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖNDER DÜZLÜ
- Türkiye florasına ait Paeonıa L. genusunun dna barkodlama sistemi ile tanılanması ve kök özütlerinin HIV-1 revers transkriptaz üzerine inhibisyonun araştırılması
Identification of Paeonia L. genus of Turkey flora using dna barcoding system and investigation of the inhibition of root extracts on HIV-1 reverse transcriptase
MEHMET VEYSİ ÇETİZ
Doktora
Türkçe
2023
BotanikUşak ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDÜLREZZAK MEMON
DR. ÖĞR. ÜYESİ HALBAY TURUMTAY
- Batı Akdeniz faunasından toplanan Cicadellidae (Hemiptera) familyasına ait bazı türlerin morfolojik teşhisi ve moleküler barkodlanması
Morphological identification and molecular barcoding of some species belonging to the Cicadellidae (Hemiptera) family collected from the Western Mediterranean fauna
ESRA BÖLÜCEK