Forensic age prediction based on DNA methylation using next generation sequencing
Yeni nesil dizileme ile DNA metilasyonuna dayalı adli yaş tahmini
- Tez No: 845836
- Danışmanlar: PROF. DR. Ayşe SERİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Adli Tıp, Forensic Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Bağımlılık ve Adli Bilimler Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Adli Bilimler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
DNA metilasyon tekniğine dayalı adli yaş tahmini çalışmaları son dönemlerde artış göstermektedir. Bu çalışmada 4-99 yaş arası 25 kişiden alınan yanak içi sürüntü örneğinde yeni nesil dizileme platformu ile 12 CpG bölgesinde (EDARADD, ELOVL2 RASSF5, MIR29B2CHG, FHL2, SMC4, TRIM59, LDB2, ELOVL2-AS1, CNTNAP2, ARHGAP22 ve CCDC102B) yaşa bağlı metilasyon seviyeleri araştırılmıştır. CpG bölgelerinin seçimi diğer araştırma grupları tarafından yayınlanan kısa listelere dayanmaktadır. Bir yaş tahmin modeli geliştirmek için doğrusal regresyon ve çoklu doğrusal regresyon kullanılmıştır. İstatistiksel değerlendirmede 10 CpG bölgesi (EDARADD, ELOVL2 RASSF5, MIR29B2CHG, FHL2, SMC4, LDB2, CNTNAP2, ARHGAP22 ve CCDC102B) için p değeri 0,02976 olup, istatistiksel olarak anlamlıdır. 5,1 yıllık Ortalama Mutlak Sapma ile kronolojik yaş ile tahmin edilen yaş arasında güçlü bir korelasyon tespit edilmiştir (R2=0,736; düzeltilmiş R2=0,5199). Çapraz doğrulanmış modelde, RASSF5 (p=0.033), MIR29B2CHG (p=0.034) ve SMC4 (p=0.0323) değişkenleri (CpG siteleri), %95 güven aralığında öngörücü değişken (Yaş) üzerinde önemli bir etkiye sahiptir. Bu eğitim veri seti ile çoklu R2 değeri 0,9878 (düzeltilmiş R2=0.9332) ve 2,3 yıllık Ortalama Mutlak Sapma ile kronolojik yaş ile tahmin edilen yaş arasında güçlü bir pozitif korelasyon gözlenmiştir. Bisülfit dizileme ile elde edilen metilasyon düzeylerinin doğruluğunu değerlendirmek için bu çalışmaya %0, %10, %25, %50, %75 ve %100 metilasyon olmak üzere yedi metilasyon standardı dahil edilmiştir. Beklenen metilasyon ile gözlenen metilasyon arasında güçlü bir korelasyon olduğunu gösteren 0.9887 R2 değeri elde edilmiştir. Bu sonuçlar metilasyon paternlerini ölçmede tekniğin güvenilirliğini ve kesinliğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Age estimation basing on DNA methylation technique has been on increase in the past years. In this study, we assessed age-associated methylation for 12 CpG sites, (EDARADD, E LO VL2 RASSF5, MIR29B2CHG, FH L2, SM C4, T RI M59, L D B2, ELOVL2-AS1, CNTNAP2, ARHGAP22 and CCDC102B) in 25 buccal samples of living individuals aged 4 -99 years using Next Generation sequencing platform. Selection of the CpG sites used in our model was based on short-lists published by other research groups. Linear regression and multiple linear regression were used to develop an age prediction model. A multiple linear regression validation model with 10 CpG sites (EDARADD, ELOVL2 RASSF5, MIR29B2CHG, FHL2, SMC4, LDB2, CNTNAP2, ARHGAP22 and CCDC102B) revealed a p-value of 0.02976 which is statistically significant. R2 of 0.736 was obtained indicating a strong correlation between chronological age and predicted age with a Mean Absolute Deviation (MAD) of 5.1 years between chronological age and predicted age and an adjusted R2 of 0.5199. In the cross validated model, the variables(CpG sites) RASSF5 (p = 0.033), MIR29B2CHG (p = 0.034) and SMC4 (p =0.0323) had a significant influence on the predictor variable (Age) at a 95% confidence level. The Multiple R square value of 0.9878 with this training set of data was obtained indicating a strong positive correlation between predicted age with a Mean Absolute Deviation (MAD) of 2.3 years between chronological age and predicted age and an adjusted R square value of 0.9332. Seven methylation standards of 0%,10%, 25%, 50%, 75%and 100% percentage methylation were included in this study in order to evaluate the accuracy of methylation levels obtained by bisulphite sequencing. R square value of 0.9887 was obtained indicating a strong correlation between expected methylation and observed methylation. This demonstrated the reliability and precision of the technique in measuring methylation patterns.
Benzer Tezler
- DNA metilasyonu ile yaş tahmininin lösemi hastalarında değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
KADRİYE CAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Adli Tıpİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaFen Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM BÜLBÜL ERCAN
- Biyolojik yaş tayininde kullanılmak üzere EDARADD bölgesinin metilasyonunun yaş ile bağlantısının belirlenmesi
Determining the association between age and EDARADD region methylation for use in biological age estimation
BEYZANUR KALENDER
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Adli TıpÜsküdar ÜniversitesiAdli Bilimler Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA ÜNSAL SAPAN
- İnsan kulağından geometrik morfometri analizi ile yaş tahmini
Estimation of age with geometric morphometry analysis from human ear
VAHDET ÖZKOÇAK
- Adli yaş tayininin üç boyutlu cone beam bilgisayarlı tomografide diş pulpa kavitesi ile değerlendirilmesi
Evaluation of forensic age estimation with dental pulp cavity at the three-dimensional cone beam computed tomography
ESER BAYRAKTAR
- Machine learning techniques for prediction of human age based on teeth x-ray images
Diş röntgeni görüntülerine dayalı insan yaşının tahmini için makine öğrenmesi teknikleri
ROOMA SATTAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAntalya Bilim ÜniversitesiElektrik ve Bilgisayar Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SHAHRAM TAHERI