Acanthamoeba castellanii'den HSP70 geninin izolasyonu ve karakterizasyonu
The isolation and characterisation of acanthamoeba castellanii HSP70 gene
- Tez No: 846500
- Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA ÖZÇELİK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Parazitoloji, Parasitology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sivas Cumhuriyet Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Parazitoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Parazitoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Miktarı genellikle stres stres altında artan ve moleküler şaperon olarak da adlandırılan proteinlere ısı şok proteinleri deni. Isı şok proteinleri yeni sentezlenen proteinlerin doğru katlanmasını, membranlar arası protein translokasyonunu, proteinlerin agregasyonuun önlenmesini ve zarar görmüş proteinlerin degradasyon için hedef eklenmesini sağlarlar. Organizmalar arasında yüksek oranda korumuşlardır. Hsp'ler moleküler ağırlıklarına göre adlandırılırlar ve hücresel strese yanıtta Hsp 70 biyokimyasal mekanizmasının kalbidir. Acanthamoeba castellanii insanlarda çoğunlukla Granülomatöz Amfibik Ensefalit (GAE) ve keratite sebep olan amip türüdür. Parazit ve konak etkileşimleri sırasında konak strese girmekte ve bu stresle baş edebilmek için kenti Hsp'lerini kullanmaktadır. Hsp 70 konak-parazit ilişkisi sırasında çok önemlidir. Literatürde Plasmodium falciparum ile yapılan çalışmalara göre parazit Hsp70'i konak hsp70'lerine benzediği için konak immün sistemi tarafından ayırt edilememektedir. Bu nedenle AcHsp70'in özelliklerinin bilinmesi, parazit-konak immün sistemini modifiye etmek açısından önemlidir. İmmün sistemin modifiye edilmesi çalışmalarına bir başlangıç olması amacıyla bu çalışmada AcHsp70 izolasyonunu ve biyokimyasal karakterizasyonu gerçekleştirdik. Yaptığımız çalışmada Pubmed veritabanından yararlanarak biyoinformatik yollarla primerler dizayn edilip PCR ile AcHsp70 açık okuma penceresi elde edilmiştir. Bu pencere ekspresyon vektörüne klonlanarak E. coli hücrelerine transforme edilip AcHsp70 rekombinant proteini elde edildi. Elde edilen protein kolon kromatografisi ile saflaştırıldı. AcHsp70'in fonksiyonunu belirlemeye yönelik olarak hidrofobik özellikleri, farklı nükleotidler ve peptitler varlığında davranışları, farklı pH ve sıcaklıktaki çözünürlüğü, Gibbs serbest enerjisinin belirlenmesi, protein agregasyonu, ATP hidrolizi ve sıcaklık stresi altında diğer Hsp'ler ile etkileşimi incelendi. Sonuç olarak AcHsp70 diğer homolog ve ortologlarına benzer özellikler göstermiştir. AcHsp70'in nükleotit dizisi oldukça universaldir ve biyoinformatik yollarla tahmin edilen yapıda diğer Hsp70'lere benzemektedir. Dolayısı ile parazit Hsp70' leri genel bir mekanizma ile etki etmekte olup immün sistem çalışmalarında benzer yollarla ayırt edilebileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
The proteins that are expressed and augmented under stress conditions and called molecular chaperones are Heat shock proteins help folding of nascent peptides, translocation of proteins through membranes, inhibits protein aggregation and send the misfolded proteins for degradation. Hsps are universally protected in organisms. Hsps are at the middle of stress response. Acanthamoeba castellanii is a common parasite that cause infections. During parasite-host interaction, host is stressed and use it's Hsps to overcome the stres. Acanthamoeba Hsp70 (AcHsp70) is essential for host-parasite interaction. According to the research in the literature with Plasmodium falciparum parasite Hsp70 can not be distinguish by the host due to similarities between host and parasite Hsp70s. For this reason, a knowledge of AcHsp70 properties is important in terms of modifying parasite-host immune system. We isolated and biochemically characterized AcHsp70 as a start to immune system modification research. In this study primers are designed by employing bioinformatics from PubMed database and AcHsp70 open reading frame is isolated by PCR method. This frame is cloned into an expression vector and transformed into E. coli competent cells and AcHsp70 recombinant protein was obtained. This AcHsp70 protein was purified by colon chromatography. To determine AcHsp70 function: hydrophobic properties, behavior under different nucleotides and peptides, solubility under different pH and temperatures, Gibbs Free energy determination, protein aggregation, ATP hydrolysis and interaction with other Hsps under temperature stress were examined. As a result, AcHsp70 showed similarities to its homologs and orthologs. Nucleotide sequence of AcHsp70 is universal and it is similar to the structure that was predicted by bioinformatic methods. Therefore, parasite infect host through a general mechanism and immune system research must be performed in similar action for distinction between host and parasite.
Benzer Tezler
- Bazı Salvia genusu üyelerinin Acanthamoeba castellanii tedavisindeki kullanım potansiyellerinin ve sitotoksik aktivitelerinin araştırılması
Investigation of the usage potentials of some Salvia species on the treatment of Acanthamoeba castellanii and their cytotoxic activities
ENES AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATALAY SÖKMEN
- Elaeagnus umbellata ile konjuge edilmiş gümüş nanopartüküllerine maruz bırakılan acanthamoeba castellanii trofozoitlerinde kist-spesifik protein (CSP21) ve selüloz sentaz II (CSII) genlerinin ifade analizi
Expression analysis of cyst-specific protein (CSP21) and cellulose synthase II (CSII) genes i̇n acanthamoeba castellanii trophozoites exposed to silver nanoparticles conjugated with Elaeagnus umbellata
BÜLENT KAYNAK
Doktora
Türkçe
2024
BiyolojiOrdu ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP KOLÖREN
- Doğada serbest yaşayan acanthamoeba türlerinin genotiplendirilmesi
Genotyping of free-living acanthamoeba species in enviroment
GÜLŞAH EVYAPAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
ParazitolojiÇukurova ÜniversitesiParazitoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL SONER KOLTAŞ
- Ornithogalum sigmoideum ve Trachystemon orientalis' in Acanthamoeba castellanii kistleri ve trofozoitleri üzerine in vitro amoebisidal aktivitelerinin araştırılması
Investigation of in vitro amoebicidal activities of Ornithogalum sigmoideum and Trachystemon orientalis on Acanthamoeba castellanii CYSTS and trophozoites
BÜLENT KAYNAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiOrdu ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEP KOLÖREN
- İnsan parazitleri Acanthamoeba castellanii ve Leishmania tropica'ya karşı Xenorhabdus ve Photorhabdus bakteri sekonder metabolitlerinin etkilerinin araştırılması ve etken maddelerin belirlenmesi
The effects of Xenorhabdus and Photorhabdus bacterial secondary Leishmania tropica and determination of the bioactive compounds
ŞEBNEM HAZAL GÜLŞEN
Doktora
Türkçe
2022
MikrobiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiBiyoloji Bilim Dalı
PROF. DR. SELÇUK HAZIR