Geri Dön

Sığırlarda coronavirusların izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve potansiyel aşı genotiplarinin araştırılması

Isolation, molecular characterisation and investigation of potential vaccine genotypes of bovine coronaviruses

PDF İndir

  1. Tez No: 847101
  2. Yazar: SEMAHA GÜL YILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN YILMAZ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Sığır Coronavirusu, Real time RT-PCR, RT-PCR, Virus İzolasyonu, Filogenetik analiz, Bovine Coronavirus, Real time RT-PCR, RT-PCR, Virus Isolation, Phylogenetic Analysis
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Viroloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 154

Özet

Sığır coronavirusları (BCoV) solunum ve sindirim sistemlerinin ayrı veya birlikte infeksiyonlarına yol açmakla birlikte genel olarak yeni doğanlarda buzağı ishali (neonatal calf diarrhea-NCD), ergin sığırlarda kış dizanterisi (Winter dysanteria-WD) ve her yaş grubundaki sığırlarda solunum yolu bozukluklarına (Bovine respiratory disease complex=kompleks solunum yolu hastalığı-BRDC) neden olmakta ve ülkemiz dahil tüm ülkelerde sık görülmektedir. Bu tez çalışmasında Marmara bölgesi Trakya ve Uşak şehrinden toplanan örneklerde moleküler analizler ile virus RNA'sı saptanarak bölgede sirküle olan BCoV'un moleküler prevalansının belirlenmesi, virusun izolasyonu ve potansiyel aşı genotiplerinin araştırılması planlandı. Bu amaçla, Marmara Bölgesi Trakya'da ve Uşak ilinde lokalize olan çiftliklerden ishalli buzağılardan dışkı svabı, solunum sistemi bozukluğu semptomları gözlenen buzağılardan nazal/orofaringeal svablar toplandı. Bu hayvanlardan daha sonraki çalışmalarda serolojik amaçla kullanılmak üzere kan örnekleri de alındı. Toplanan örneklerden, real time RT-PCR (Reverse transcriptase polymerase chain reaction=RT-PCR) ile BCoV RNA'sı saptanan örneklerin, BCoV-S1 genlerinin sekans verileri ile filogenetik ve Heatmap analizleri yapıldı. BCoV RNA'sı saptanan ve RT-PCR ile bant gözlemlenen örneklerle, HRT-18 hücrelerinde BCoV'un izolasyon çalışması yapıldı. Yapılan çalışmalar sonucunda 189'u nazal/orofaringeal svab, 92'si dışkı svabı olmak üzere 281 adet örnek toplandı. Toplamda 62 örnekte BCoV RNA'sı saptandı. Bunlardan 41 adedi nazal/orofaringeal svab, 21 adedi dışkı svabı olarak bulundu. Yaş gruplarına göre semptom gösterme oranı ve pozitiflik durumları değerlendirildiğinde, ishal semptomu en yoğun olarak 8-30 günlük buzağılarda gözlemlendi ve en yüksek pozitiflik oranı da (%28,84) yine bu yaş döneminde tespit edildi. Solunum sisteminde hastalık semptomu gösteren buzağılar ise en yoğun olarak 61-180 günlük buzağılarda gözlendi ancak en yüksek pozitiflik oranı (%40) 0-7 günlük yaş aralığında tespit edildi. Aşısız çiftliklerden alınan 74 adet örnekten 18 adedinde ve aşılı çiftliklerden alınan 207 örneğin 44'ünde BCoV-RNA'sı tespit edildi. Klasifikasyon olarak aşı ve real time RT-PCR'ın baz alınarak, pozitiflik saptanan aşılı ve aşısız çiftlikler ile yapılan istatistik çalışmasından elde edilen 0,147 Ki-Kare değeri ile aşı durumunun PCR test sonuçlarını anlamlı bir şekilde etkilemediği belirlendi. S1 genine spesifik primerlerle 14 adet örneğin sekans analizi yapılarak gen dizilimleri elde edildi. GenBank'tan elde edilen, dünyanın çeşitli bölgeleri ve ülkemizden BCoV'a ait olan S1 genine ait diğer gen dizilimleri, aşı suşları ve referans gen dizilimleri ile filogenetik analiz yapıldı ve soy ağacı oluşturuldu. Filogenetik ve Heatmap sonuçlarına göre çalışmamızda elde edilen gen dizilimleri Avrupa suşları ile birlikte GIb sub-grupları arasında kümelendi ve dünyanın diğer bölgelerinden seçilen gen dizilimlerine göre en fazla benzerliği Avrupa suşları ile gösterdi (%97,6-%100). Tez çalışması kapsamında toplanan örnekler kendi aralarında %97,8-%100 oranında benzerlik gösterdiler. Ayrıca, bu tez çalışmasında elde edilen örnekler, Betacoronavirus cinsi içersinde yer alan Embecovirus alt cinsindeki betacoronavirus-1 cinsine dahil olan CRCoV, DcCoV_HKU23, Yak-coronavirus, ve HECV_4408 ile birlikte kümelenmiştir. Diğer hayvan CoV'larından en benzer olarak DcCoV-HKU23 %97,85-99,14 ve insan CoV'larından en benzer olarak HECV-4408 (%98,28-99,14) suşu bulundu. Real time RT PCR ve RT-PCR ile pozitif olarak tespit edilen örneklerden HRT-18 hücre kültüründe izolasyon çalışması yapılarak bir buzağının nazal/orofaringeal svab ve bir buzağının da dışkı svabından BCoV izole edildi. Sonuç olarak, tez çalışmasının yapıldığı bölgede GIb subgrubuna dahil suşların sirküle olduğu belirlendi. Ayrıca saptanan BCoV'lar ile bazı insan coronaviruslarının genotipik olarak benzer bulunması zoonotik açıdan dikkat çekilmesi gereken bir noktadır. Elde edilen veriler ışığında kolostrum ile sağlanmaya çalışılan bağışıklığın yetersiz olduğu görülmektedir. Aşılamalara rağmen buzağılarda BCoV'un yaygın olarak sirküle olması, BCoV ile daha kapsamlı bir mücadele için, biyogüvenlik uygulamalarının iyileştirilmesiyle birlikte, genotipik olarak değişen saha suşlarına uygun aşı suşlarının kullanılmasını ve buzağıların düşen meternal antikorlar sonucu infeksiyona yakalanmaması için bu kritik dönemde aşılanmasını gerektirmektedir. Aralık 2023 , 158 sayfa.

Özet (Çeviri)

Bovine Coronaviruses (BCoV) cause respiratory and digestive system infections in cattle results in the neonatal calf diarrhea (NCD), winter dysanteria (WD), and in all age groups of cattle, bovine respiratory disease complex (BRDC) and are frequently seen in many countries including Turkey. In this thesis, the investigation of potential vaccine genotypes, isolation of virus and determination of the molecular prevalance of BCoV circulating in the region by detecting the viral RNA with molecular analyses in samples from Trace district (Marmara region) and Uşak province were planned. For this purpose, faecal swabs were collected from calves with diarrhea and nasal/oropharyngeal swabs were collected from calves with respiratory symptoms from farms located in Thrace district and Uşak province. Blood samples were also collected from these animals for later use in serology. Phylogenetic and Heatmap analyses were performed with the sequence data of BCoV-S1 genes of the samples in which BCoV-RNA was detected by real time RT-PCR (Reverse transcriptase polymerase chain reaction=RT-PCR) from the collected samples. BCoV isolation study in HRT-18 cell was performed using the samples positive for BCoV-RNA by PCR and amplification seen in RT-PCR. Result of this study has shown that amongst 281 samples, 189 nasal/oropharyngeal swabs and 92 faecal swabs, BCoV-RNA was detected in 62 samples in total. Of these, 41 were nasal/oropharyngeal swabs and 21 were faecal swabs. When symptom rate and positivity status were evaluated according to age groups, diarrhea was observed most intensely in 8-30 days old calves and the highest positivity rate (28.84%) was also detected in this age period. Calves with xvii respiratory symptoms were most frequently observed in calves aged 61-180 days, but the highest positivity rate (40%) was detected in the 0-7 days old calves. BCoV-RNA was detected in 18 of 74 samples from unvaccinated farms and in 44 of 207 samples from vaccinated farms. Based on vaccinations and real time RT-PCR positivity, it was determined that vaccination status did not significantly affect the PCR test results with a Chi-Square value of 0.147 obtained from the statistical study conducted with vaccinated and non-vaccinated farms where positivity was detected. Sequence analyses of 14 samples were performed with S1 gene specific primers and gene sequences were obtained. Phylogenetic analysis was performed with gene sequences of the S1 gene belonging to BCoV from various regions of the world including our country, vaccine strains and reference S1 gene sequences obtained from GenBank and a phylogenetic tree was constuctured. According to the phylogenetic and Heatmap results, the gene sequences obtained in our study were clustered among the GIb sub-groups together with the European strains and showed the highest similarity with the European strains (97.6%-100%) compared to the gene sequences selected from other regions of the world. The samples collected within the scope of this study showed 97,8%-100% similarity among themselves. Furthermore, the samples obtained in this study were clustered together with CRCoV, DcCoV-HKU23, Yakcoronavirus, and HECV-4408, which belong to the genus Betacoronavirus-1 in the subgenus Embecovirus within the genus Betacoronavirus. Among the other animal CoVs, DcCoVHKU23 was the most similar strain (97,85-99,14%) and among the human CoVs, HECV-4408 was the most similar strain (98,28-99,14%). BCoV was isolated from nasal/oropharyngeal swab of a calf and faecal swab of another calf by performing isolatixon studies using HRT-18 cell culture from the samples detected positive by real time RT PCR and RT-PCR. In conclusion, it was determined that strains belonging to GIb subgroup were circulating in the region where this study was conducted. Furthermore, detected BCoVs and some human coronaviruses showing similarities genotypically is a point that requires attention from a zoonotic perspective. In the light of the data obtained, it is seen that the immunity provided by colostrum is inadequate. The widespread circulation of BCoV in calves despite vaccination requires the use of vaccine strains suitable for genotypically varying field strains, along with the improved biosecurity practices for a more comprehensive mitigation against BCoV, and vaccination of calves during this critical period to prevent infection as a result of decrease in meternal antibodies. December 2023, 158 pages.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    557327

    Şanlıurfa ilindeki ishalli buzağılarda coronavirusların ELISA yöntemi ile araştırılması

    Investigation of coronaviruses by ELISA method in diarrheic calves in Sanliurfa province

    RAMAZAN ABİKOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Veteriner HekimliğiHarran Üniversitesi

    Viroloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ İRFAN ÖZGÜNLÜK

  2. Tez No

    872264

    Resveratrolün In Vitro ortamda bovine coronavirus üzerine antiviral aktivitesinin belirlenmesi ve immünolojik gen ekspresyon seviyelerinin değerlendirilmesi

    Determination of antiviral activity of resveratrol on bovine coronavirus In Vitro system and evaluation of immunological gene expression levels

    HASAN SERCAN PALANCI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiSelçuk Üniversitesi

    Veterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OYA BULUT

  3. Tez No

    542532

    Solunum yolu enfeksiyonu klinik belirtileri gösteren sığırlarda bovine coronavirus (BCOV) enfeksiyonlarının PCR tekniği ile araştırılması

    Investigation of bovine coronavirus (BCOV) infections in cattle with clinical signs of respiratory tract infection by PCT technique

    MELTEM MENEKŞE

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Veteriner HekimliğiSelçuk Üniversitesi

    Viroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATİLLA ŞİMŞEK

  4. Tez No

    80009

    Sığırlarda cysticercus bovis enfeksiyonunun indirekt floresan antikor testi ile teşhisi

    Serodiagnose der Zystizerkose des rindes mit der indirekter immunofluoreszenantikörper-reaktion

    MUSTAFA KÖSE

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Veteriner HekimliğiSelçuk Üniversitesi

    Parazitoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FEYZULLAH GÜÇLÜ

  5. Tez No

    80015

    Sığırlarda Brucellosis'in kan serumunda ELİSA ile teşhisi ve diğer serolojik testlerle karşılaştırılmalı araştırılması

    A Study on the diagnosis of brucellosis by ELİSA in blood sera of cattle and comparison with other serological tests

    ABDULKASIM İÇYEROĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Veteriner HekimliğiFırat Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İ. YAVUZ SEZEN

Geri Dön