Geri Dön

Sığırlarda coronavirusların izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve potansiyel aşı genotiplarinin araştırılması

Isolation, molecular characterisation and investigation of potential vaccine genotypes of bovine coronaviruses

PDF İndir

  1. Tez No: 847101
  2. Yazar: SEMAHA GÜL YILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN YILMAZ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Sığır Coronavirusu, Real time RT-PCR, RT-PCR, Virus İzolasyonu, Filogenetik analiz, Bovine Coronavirus, Real time RT-PCR, RT-PCR, Virus Isolation, Phylogenetic Analysis
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Viroloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 154

Özet

Sığır coronavirusları (BCoV) solunum ve sindirim sistemlerinin ayrı veya birlikte infeksiyonlarına yol açmakla birlikte genel olarak yeni doğanlarda buzağı ishali (neonatal calf diarrhea-NCD), ergin sığırlarda kış dizanterisi (Winter dysanteria-WD) ve her yaş grubundaki sığırlarda solunum yolu bozukluklarına (Bovine respiratory disease complex=kompleks solunum yolu hastalığı-BRDC) neden olmakta ve ülkemiz dahil tüm ülkelerde sık görülmektedir. Bu tez çalışmasında Marmara bölgesi Trakya ve Uşak şehrinden toplanan örneklerde moleküler analizler ile virus RNA'sı saptanarak bölgede sirküle olan BCoV'un moleküler prevalansının belirlenmesi, virusun izolasyonu ve potansiyel aşı genotiplerinin araştırılması planlandı. Bu amaçla, Marmara Bölgesi Trakya'da ve Uşak ilinde lokalize olan çiftliklerden ishalli buzağılardan dışkı svabı, solunum sistemi bozukluğu semptomları gözlenen buzağılardan nazal/orofaringeal svablar toplandı. Bu hayvanlardan daha sonraki çalışmalarda serolojik amaçla kullanılmak üzere kan örnekleri de alındı. Toplanan örneklerden, real time RT-PCR (Reverse transcriptase polymerase chain reaction=RT-PCR) ile BCoV RNA'sı saptanan örneklerin, BCoV-S1 genlerinin sekans verileri ile filogenetik ve Heatmap analizleri yapıldı. BCoV RNA'sı saptanan ve RT-PCR ile bant gözlemlenen örneklerle, HRT-18 hücrelerinde BCoV'un izolasyon çalışması yapıldı. Yapılan çalışmalar sonucunda 189'u nazal/orofaringeal svab, 92'si dışkı svabı olmak üzere 281 adet örnek toplandı. Toplamda 62 örnekte BCoV RNA'sı saptandı. Bunlardan 41 adedi nazal/orofaringeal svab, 21 adedi dışkı svabı olarak bulundu. Yaş gruplarına göre semptom gösterme oranı ve pozitiflik durumları değerlendirildiğinde, ishal semptomu en yoğun olarak 8-30 günlük buzağılarda gözlemlendi ve en yüksek pozitiflik oranı da (%28,84) yine bu yaş döneminde tespit edildi. Solunum sisteminde hastalık semptomu gösteren buzağılar ise en yoğun olarak 61-180 günlük buzağılarda gözlendi ancak en yüksek pozitiflik oranı (%40) 0-7 günlük yaş aralığında tespit edildi. Aşısız çiftliklerden alınan 74 adet örnekten 18 adedinde ve aşılı çiftliklerden alınan 207 örneğin 44'ünde BCoV-RNA'sı tespit edildi. Klasifikasyon olarak aşı ve real time RT-PCR'ın baz alınarak, pozitiflik saptanan aşılı ve aşısız çiftlikler ile yapılan istatistik çalışmasından elde edilen 0,147 Ki-Kare değeri ile aşı durumunun PCR test sonuçlarını anlamlı bir şekilde etkilemediği belirlendi. S1 genine spesifik primerlerle 14 adet örneğin sekans analizi yapılarak gen dizilimleri elde edildi. GenBank'tan elde edilen, dünyanın çeşitli bölgeleri ve ülkemizden BCoV'a ait olan S1 genine ait diğer gen dizilimleri, aşı suşları ve referans gen dizilimleri ile filogenetik analiz yapıldı ve soy ağacı oluşturuldu. Filogenetik ve Heatmap sonuçlarına göre çalışmamızda elde edilen gen dizilimleri Avrupa suşları ile birlikte GIb sub-grupları arasında kümelendi ve dünyanın diğer bölgelerinden seçilen gen dizilimlerine göre en fazla benzerliği Avrupa suşları ile gösterdi (%97,6-%100). Tez çalışması kapsamında toplanan örnekler kendi aralarında %97,8-%100 oranında benzerlik gösterdiler. Ayrıca, bu tez çalışmasında elde edilen örnekler, Betacoronavirus cinsi içersinde yer alan Embecovirus alt cinsindeki betacoronavirus-1 cinsine dahil olan CRCoV, DcCoV_HKU23, Yak-coronavirus, ve HECV_4408 ile birlikte kümelenmiştir. Diğer hayvan CoV'larından en benzer olarak DcCoV-HKU23 %97,85-99,14 ve insan CoV'larından en benzer olarak HECV-4408 (%98,28-99,14) suşu bulundu. Real time RT PCR ve RT-PCR ile pozitif olarak tespit edilen örneklerden HRT-18 hücre kültüründe izolasyon çalışması yapılarak bir buzağının nazal/orofaringeal svab ve bir buzağının da dışkı svabından BCoV izole edildi. Sonuç olarak, tez çalışmasının yapıldığı bölgede GIb subgrubuna dahil suşların sirküle olduğu belirlendi. Ayrıca saptanan BCoV'lar ile bazı insan coronaviruslarının genotipik olarak benzer bulunması zoonotik açıdan dikkat çekilmesi gereken bir noktadır. Elde edilen veriler ışığında kolostrum ile sağlanmaya çalışılan bağışıklığın yetersiz olduğu görülmektedir. Aşılamalara rağmen buzağılarda BCoV'un yaygın olarak sirküle olması, BCoV ile daha kapsamlı bir mücadele için, biyogüvenlik uygulamalarının iyileştirilmesiyle birlikte, genotipik olarak değişen saha suşlarına uygun aşı suşlarının kullanılmasını ve buzağıların düşen meternal antikorlar sonucu infeksiyona yakalanmaması için bu kritik dönemde aşılanmasını gerektirmektedir. Aralık 2023 , 158 sayfa.

Özet (Çeviri)

Bovine Coronaviruses (BCoV) cause respiratory and digestive system infections in cattle results in the neonatal calf diarrhea (NCD), winter dysanteria (WD), and in all age groups of cattle, bovine respiratory disease complex (BRDC) and are frequently seen in many countries including Turkey. In this thesis, the investigation of potential vaccine genotypes, isolation of virus and determination of the molecular prevalance of BCoV circulating in the region by detecting the viral RNA with molecular analyses in samples from Trace district (Marmara region) and Uşak province were planned. For this purpose, faecal swabs were collected from calves with diarrhea and nasal/oropharyngeal swabs were collected from calves with respiratory symptoms from farms located in Thrace district and Uşak province. Blood samples were also collected from these animals for later use in serology. Phylogenetic and Heatmap analyses were performed with the sequence data of BCoV-S1 genes of the samples in which BCoV-RNA was detected by real time RT-PCR (Reverse transcriptase polymerase chain reaction=RT-PCR) from the collected samples. BCoV isolation study in HRT-18 cell was performed using the samples positive for BCoV-RNA by PCR and amplification seen in RT-PCR. Result of this study has shown that amongst 281 samples, 189 nasal/oropharyngeal swabs and 92 faecal swabs, BCoV-RNA was detected in 62 samples in total. Of these, 41 were nasal/oropharyngeal swabs and 21 were faecal swabs. When symptom rate and positivity status were evaluated according to age groups, diarrhea was observed most intensely in 8-30 days old calves and the highest positivity rate (28.84%) was also detected in this age period. Calves with xvii respiratory symptoms were most frequently observed in calves aged 61-180 days, but the highest positivity rate (40%) was detected in the 0-7 days old calves. BCoV-RNA was detected in 18 of 74 samples from unvaccinated farms and in 44 of 207 samples from vaccinated farms. Based on vaccinations and real time RT-PCR positivity, it was determined that vaccination status did not significantly affect the PCR test results with a Chi-Square value of 0.147 obtained from the statistical study conducted with vaccinated and non-vaccinated farms where positivity was detected. Sequence analyses of 14 samples were performed with S1 gene specific primers and gene sequences were obtained. Phylogenetic analysis was performed with gene sequences of the S1 gene belonging to BCoV from various regions of the world including our country, vaccine strains and reference S1 gene sequences obtained from GenBank and a phylogenetic tree was constuctured. According to the phylogenetic and Heatmap results, the gene sequences obtained in our study were clustered among the GIb sub-groups together with the European strains and showed the highest similarity with the European strains (97.6%-100%) compared to the gene sequences selected from other regions of the world. The samples collected within the scope of this study showed 97,8%-100% similarity among themselves. Furthermore, the samples obtained in this study were clustered together with CRCoV, DcCoV-HKU23, Yakcoronavirus, and HECV-4408, which belong to the genus Betacoronavirus-1 in the subgenus Embecovirus within the genus Betacoronavirus. Among the other animal CoVs, DcCoVHKU23 was the most similar strain (97,85-99,14%) and among the human CoVs, HECV-4408 was the most similar strain (98,28-99,14%). BCoV was isolated from nasal/oropharyngeal swab of a calf and faecal swab of another calf by performing isolatixon studies using HRT-18 cell culture from the samples detected positive by real time RT PCR and RT-PCR. In conclusion, it was determined that strains belonging to GIb subgroup were circulating in the region where this study was conducted. Furthermore, detected BCoVs and some human coronaviruses showing similarities genotypically is a point that requires attention from a zoonotic perspective. In the light of the data obtained, it is seen that the immunity provided by colostrum is inadequate. The widespread circulation of BCoV in calves despite vaccination requires the use of vaccine strains suitable for genotypically varying field strains, along with the improved biosecurity practices for a more comprehensive mitigation against BCoV, and vaccination of calves during this critical period to prevent infection as a result of decrease in meternal antibodies. December 2023, 158 pages.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    411976

    Santral puberte prekozlu çocuklarda gnrh analog tedavisinin ön hipofiz hormonlarına etkisinin değerlendirilmesi

    Effects of gnrh analogue treatment on anterior pituitary hormones in children with central precocious puberty

    HAVVA NUR PELTEK KENDİRCİ

    Tıpta Yan Dal Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıSağlık Bakanlığı

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEHRA AYCAN

  2. Tez No

    411987

    Klon ve normal sığır embriyo plasentalarında insülin benzeri büyüme faktör-ı (IGF-I), vasküler endotelyal büyüme faktör (VEGF) ve nöronal hücre adhezyon molekül (NCAM) ekspresyonun immunositokimyasal ve moleküler tekniklerle incelenmesi

    Evaluation of expression of insulin-like growth factor-i (IGF-I), vascular endothelial growth factor (VEGF) and neuronal cell adhesion molecule (NCAM) by immunocytochemical and molecular techniques in cloned and normal bovine placentas

    FATİH KARAKAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyoteknolojiKocaeli Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKKI DALÇIK

    PROF. DR. SEZEN ARAT

  3. Tez No

    412193

    Developing writing skills through drama in EFL classroom

    Yabancı dil sınıflarında yazma becerilerinin drama ile geliştirilmesi

    ENVER BAĞÇECİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Eğitim ve ÖğretimMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    İngiliz Dili Eğitimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ŞEVKİ KÖMÜR

  4. Tez No

    412344

    Türkçe eğitiminde ortaokul öğrencilerinin ilgi alanlarına giren konuların belirlenmesi üzerine bir araştırma

    In this study, it is aimed to determine the interests of secondary school students in Turkish education

    HALİL ZENCİROĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Eğitim ve ÖğretimMevlana Üniversitesi

    Türkçe Eğitimi Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. NESRİN ZENGİN

  5. Tez No

    412356

    Öğretmen görüşlerine göre mesleki gelişim: Nitel bir çalışma

    Professional development by teachers opinions: A qualitative study

    NİHAL TOPÇUOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Eğitim ve ÖğretimMevlana Üniversitesi

    Eğitim Yönetimi, Teftişi, Planlaması ve Eko. Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. AYŞE NEGİŞ IŞIK

Geri Dön