Nadir mutasyonların taramasına yönelik derin dizileme çalışmaları için çok boyutlu havuzlama yaklaşımının geliştirilmesi ve familyal hiperkolesterolemi hasta grubunda uygulanması
Development of a multi-dimensional pooling approach for scanning rare mutations in deep sequencing experiments and application on familial hypercholesterolemia patient group
- Tez No: 847329
- Danışmanlar: PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ SEVGİLİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 176
Özet
DNA dizi analizine dayanan testler düşük maliyetli olmamaları sebebiyle günümüzde genetik hastalıkların geniş kitlelerde taramasında sınırlı olarak kullanılabilmektedirler. Havuzlama yaklaşımı maliyet düşürücü etkisi sayesinde özellikle hastalık tarama programlarında tercih edilmektedir. Yeni Nesil Dizileme (YND/NGS) teknolojisinin havuzlama yaklaşımı ile birlikte kullanılması, genetik hastalıkların toplum çapında taranması önündeki en büyük engel olan maliyet problemine çözüm sağlayarak, kitlelerin genetik hastalıklarının DNA dizileme ile taranmasında kullanılabileceği öngörülmektedir. Bu tez çalışmasında 2 ve 3 boyutlu farklı havuzlama yaklaşımları, basitlik ve kullanım kolaylığı ön planda tutularak test edilmiş, elde edilen sonuçlara göre seçilen 2 boyutlu 8x8'lik havuzlama ile 256 adet FH hastası ve 64 adet kontrol örneğinin 6 geni NGS teknolojisi kullanılarak nadir varyasyonlar açısından taranmıştır. Çalışma kapsamında denenen havuzlama yaklaşımları arasından 2 boyutlu 8x8 ve 16x16'lık havuzlamalar başarılı, 24x24'lük havuzlama ise kısmen başarılı olarak değerlendirilmiştir. Daha yüksek havuzlamalar ise başarısız olarak değerlendirilmiştir. Taranan 320 adet örneğin 75'inde, 40 farklı mutasyondan toplam 89 adet genotip tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Tests based on DNA sequencing analysis have only limited application on screening of genetic diseases in masses, due to their high costs. The pooling approach especially used in disease screening programs, due to its cost reduction benefits. The combination of Next Generation Sequencing (NGS) technology and pooling approach can be used in screening of genetic diseases through the populations as it offers a solution to the high cost problem. In this thesis, different 2 and 3 dimensional pooling approaches are tested without compromising the ease of use. Then, 256 FH patients and 64 control samples were screened through their 6 genes by using NGS technology and 2 dimensional 8x8 pooling approach, which is selected through testing different pooling approaches. Among different pooling approaches tested, 2 dimensional 8x8 and 16x16 pooling strategies are evaluated as successful and 24x24 pooling is evaluated as partially successful. The higher pooling approaches are evaluated as unsuccessful. Among 320 samples screened, 89 different genotypes are detected from 40 different mutations in 75 of the samples.
Benzer Tezler
- Akut intermitan porfiriyalı hastalarda hidroksimetilbilan sentaz gen mutasyon analizi
Hydroxymethylbilane synthase gene mutation analysis in acute intermittent porphyria patients
METİN UYANIK
- Kalıtsal meme kanseri tanısı almış olgularda DNA hasar onarımından sorumlu olan genlerdeki mutasyon sıklıklarının belirlenmesi ve hastalığın kötü prognozu ile ilişkisinin araştırılması
Determination of mutation frequencies in genes responsible for dna damage repair in cases diagnosed with hereditary breast cancer and investigation of its relationship with poor prognosis of the disease
SEDA KURU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
- Mitokondriyal sitopati öntanılı hastalarda MT-TL1 gen mutasyonlarının incelenmesi
Investigating MT-TL1 gene mutations in patients with suspected mitochondrial cytopathy
BENGİSU KEVSER BULDUK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF ÇETİN KOCAEFE
- 2008-2019 yılları arasında Aydın ilinde premarital hemoglobinopati taraması sonuçlarının retrospektif olarak değerlendirilmesi
The retrospective evaluation of premarital hemoglobinopathy screening results between the years of 2008-2019 in Aydın province
MUSTAFA ALTAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
GenetikAdnan Menderes ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖKAY BOZKURT
- Monogenik parkinson hastalığı ön tanısı ile takipli hastalarda gen analizi sonuçları ve klinik etkilerinin incelenmesi
Genetic analysis and related clinical implications of patients followed with A prediagnosis of monogenic parkinson's disease
DİLEK ÖZATA AKSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
GenetikSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF TUNCA