Yarasa viromlarının metagenomik analizi
Metagenomic analysis of bat viromes
- Tez No: 848188
- Danışmanlar: PROF. DR. EMRE KESKİN, DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜGE FIRAT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 233
Özet
İnsanlarda ve hayvanlarda şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirusu (SARS- CoV), Orta Doğu solunum sendromu ile ilişkili koronavirus (MERS-CoV), Ebola virusu, Nipah virusu ve Hendra virusu gibi ciddi hastalıklara yol açan çeşitli zoonotik virusların doğal rezervuarları yarasalardır. Son yıllarda başta koronaviruslar olmak üzere bazı virusların çeşitli ara konak başka hayvanları kullanarak rezervuar konak olan yarasalardan insanlara sıçramış olabileceğinin deneyimlenmiş olması, bu memeli grubuna olan ilgiyi gün geçtikçe artırmaktadır. Türler arası bulaşma riskini aydınlatmak amacıyla farklı coğrafi bölgelerde yaşayan yarasaların barındırdıkları virusların karakterizasyonu büyük önem taşımaktadır. Son yıllarda gittikçe hız kazanan metagenomik çalışmalar bize sadece organizmaların kendilerinden değil, çevresel örneklerden de kümülatif çeşitliliği ortaya çıkarabileceğimizi göstermiştir. Yüksek Verimli Dizileme (HTS) yüksek verim ve hız sunan bir dizileme teknolojisidir; bu teknolojinin metagenomik çalışmalara adapte edilmesi ise elde edilen veriyi astronomik sayılara ulaştırmış, bu verilerin işlenmesi için de biyoinformatik araçlar gün geçtikçe gelişmeye başlamıştır. Viral metagenomik çalışmaların HTS teknolojisiyle birlikte ürettiği veri, biyoinformatik araçların ulaşılabilirliği, kullanılabilirliği ve doğrulanabilirliği gerekliliğini doğurmaktadır. Bu tez çalışmasında yerleşim yeri itibariyle insanla ilişkisi muhtemel yarasa türlerinden alınan orofarengeal sürüntü, rektal sürüntü ve dışkı örnekleri nükleik asit izolasyonuna tabi tutulmuş, tüm genom amplifikasyonu uygulanarak zenginleştirilmiş, Shotgun dizileme teknolojisi ile dizilenmiş ve pratik bir biyoinformatik iş akışına dahil edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Bats are the natural host of various zoonotic viruses, such as coronavirus, Ebola, Nipah, and Hendra, that can cause serious illnesses like acute respiratory syndrome in humans and domestic animals. In recent years, it is believed that coronaviruses such as SARS-CoV-2 may have jumped from bats to humans through intermediate hosts, leading to increasing interest in this mammal group. To understand the risk of interspecies transmission, it is important to study the viruses hosted by bats in different geographical regions. Metagenomic studies, which are becoming more popular, can reveal the cumulative diversity of organisms and environmental samples. High-Throughput Sequencing (HTS) is a technology that offers high yield and speed compared to traditional sequencing techniques and its application in metagenomic studies generates large amount of data. The data generated by viral metagenomic studies using HTS technology requires bioinformatics tools for accessibility, usability, and validation of the data. In this thesis study, oropharyngeal swab, rectal swab and fecal samples taken from bat species likely to be related to humans due to their location were subjected to nucleic acid isolation, enriched by applying whole genome amplification, sequenced with Shotgun sequencing technology and included in a practical bioinformatics workflow.
Benzer Tezler
- Yarasa algoritmasının unımodal, multımodal ve kaydırılmış sayısal optimizasyon problemleri (CEC05) üzerinde geliştirilmesi
Modification of bat algorithm on unimodal, multimodal and shifted numeric optimization problems (also known as CEC05)
SELİM YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSüleyman Demirel ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ECİR UĞUR KÜÇÜKSİLLE
- Büyük ölçekli sürekli optimizasyon problemleri için yarasa algoritması tabanlı hibrit yöntemlerin geliştirilmesi
Development of hybrid methods based on bat algorithm for large-scale continuous optimization problems
GÜLNUR YILDIZDAN
Doktora
Türkçe
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKonya Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER KAAN BAYKAN
- Yarasa algoritması kullanarak yapay sinir ağlarının eğitilmesi
Training artificial neural networks using bat optimization algorithm
LUBNA LUAY KAMAL KAMAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSelçuk ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİFE KODAZ
- Yarasa algoritması ile tıbbı veri setlerinin kümelenmesi
Clustering of medical data sets with bat algorithm
MINA ARJAMAND FADHIL FADHIL
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSelçuk ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜLAY TEZEL
- Eskişehir'de dağılım gösteren yarasa (Chiroptera) türleri
Distribution of bat (Chiroptera) species in Eskisehir region
EMRE BARLAS