Development of a loop mediated isothermal amplification (LAMP) assay for identification of meat species.
Et türlerinin belirlenmesi için ilmiğe dayalı izotermal çoğaltma temelli tespit yöntemi geliştirilmesi.
- Tez No: 849636
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM, PROF. DR. FÜSUN EYİDOĞAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 118
Özet
Et türlerinin etiketlenmesi sağlık açısından ve ekonomik, sosyokültürel açılardan oldukça önemlidir. Bu nedenle düşük maliyetli ve doğru bir yöntem geliştirilmesine ihtiyaç vardır. İlmiğe dayalı izotermal çoğaltma (LAMP) çıplak gözle sonuçların değerlendirilmesi için ekonomik ve hassas bir yöntemdir. Bu çalışmada işlenmiş ve işlenmemiş etlerde domuz türünün yüksek hassasiyetle tespit edilebilmesi için LAMP kullanılmıştır. Domuz türüne özgü olan sitokrom b geni hedeflenmiştir ve LAMP yöntemi optimize edilmiştir. Direk LAMP yöntemi kullanılarak toplam test süresi bir saatin altına düşürülmüş ve DNA izolasyonu ihtiyacı ortadan kaldırılmıştır. İkili kolorimetrik tanı hidroksi naftol mavisi ve krezol kırmızısı boyaları kullanarak sağlanmıştır, görsel tanı iyileştirilmiştir. Krezol kırmızısı ile tanıda 1 picogram hassasiyet elde edilirken, ikili kolorimetrik tanı ile 0,1 picogram seviyesine arttırmıştır. Farklı çeşitlerde işlenmiş et örnekleri test edilerek yöntemin işlenmiş etlerde başarıyla domuz eti varlığını tespit edebildiği gösterilmiştir. Farklı oranlarda domuz eti içeren et karışımlarının test hassasiyetinin işlenmiş ve işlenmemiş etlerde %0,1 olduğu bulunmuştur. Geliştirilen yöntemin domuz tür tayinine spesifik olduğu farklı türlere ait olan on farklı et türünün test edilmesiyle belirlenmiştir. Geliştirilen LAMP yönteminin sonuçları gerçek zamanlı PCR (polimeraz zincir reaksiyonu) sonuçlarıyla karşılaştırılmıştır ve geliştirilen yöntemle elde edilen sonuçların doğruluğu ve kıyaslanabilir olduğu gösterilmiştir. Reaksiyon tüplerinin -20°C de, en az 6 aya kadar stabil kalabildiği gösterilmiştir. Tüm sonuçlar ele alındığında, geliştirilen LAMP yöntemi sahada işlenmiş ve işlenmemiş et örneklerinden domuz türünün tayin edilmesi için kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
Labeling meat species is crucial for sociocultural, health, and economic reasons. Therefore, developing cost-effective and precise methods is necessary. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) is an economical and sensitive method for visual detection. This study used LAMP for high-sensitivity identification of pork species in processed and unprocessed meats. The porcine-specific cytochrome b gene was targeted, and the LAMP assay was optimized. The Direct LAMP was used to reduce the total test time to less than an hour and eliminate the need for DNA isolation. Dual colorimetric detection was provided using hydroxynaphytol blue and cresol red dyes, improving visual detection. The cresol red detection had a sensitivity of 1 picogram, while dual colorimetric detection increased sensitivity to 0.1 picogram. Testing different kinds of processed meat samples has proven that the method successfully detects pork in processed meats. Meat mixtures with varying percentages of pork were tested, and it was found that the test sensitivity for processed and unprocessed meat was 0.1%. The developed assay was determined to be specific to pork identification by testing ten types of meats that belong to different species. The results of the developed assay were compared to the real-time PCR (polymerase chain reaction) results, and it was shown that the method could produce accurate and comparable results. It has been shown that the reaction tubes remain stable for at least six months at -20°C. Taken together, the results demonstrate that the developed LAMP assay can be used for on-site pork identification from processed and unprocessed meat samples.
Benzer Tezler
- Development of a loop mediated isothermal amplification (LAMP) based detection platform for genetically modified organism (GMO) detection
Genetı̇ğı̇ değı̇ştı̇rı̇lmı̇ş organı̇zma (GDO) tespı̇tı̇ ı̇çı̇n ı̇lmı̇ğe dayalı ı̇zotermal çoğaltma (LAMP) tabanlı algılama platformu gelı̇ştı̇rı̇lmesı̇
AYÇA NAZLI MOĞOL
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
DOÇ. DR. REMZİYE YILMAZ
- Bitki hastalığı tespiti için ilmiğe dayalı izotermal çoğaltma yönteminin optimizasyonu
Optimization of loop mediated isothermal amplification assay for plant disease detection
HASAN SAĞCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NESLİHAN TURGUT KARA
- Method development and optimization for nucleic acid detection platforms
Nükleik asit tespit platformları için yöntem geliştirilmesi ve iyileştirilmesi
SÜMEYRA VURAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyomühendislikSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MELTEM ELİTAŞ
- Development of a nucleic acid-based isothermal diagnostic test for border disease which causes losses in animal husbandry
Hayvancılıkta kayıplara neden olan border hastalığı için nükleik asit temelli izotermal tanı kiti geliştirme
SANEM AYAZ KÖK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜMEYRA TAŞKENT SEZGİN
DOÇ. DR. GÜLİSTAN MEŞE ÖZÇİVİCİ
- Enfeksiyon tanısında cihaz bağımsız amplifikasyon yöntemi geliştirme ve değerlendirilmesi
Development and evaluation of a device-independent amplification method for infection diagnosis
HASAN SAĞCAN
Doktora
Türkçe
2024
Biyokimyaİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ZEKİ ŞENGİL