Developing a novel diagnostic test for Campylobacter species
Campylobacter türleri için yeni bir tanı testinin geliştirilmesi
- Tez No: 862168
- Danışmanlar: DOÇ. DR. JUSTIN PACHEBAT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Veteriner Hekimliği, Besin Hijyeni ve Teknolojisi, Tıbbi Biyoloji, Veterinary Medicine, Food Hygiene and Technology, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Aberystwyth Unıversıty
- Enstitü: Prıfysgol Aberystwyth
- Ana Bilim Dalı: Yurtdışı Enstitü
- Bilim Dalı: Hayvansal Ürünler Hijyen ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kampilobakter spp. insanlarda ve hayvanlarda aşırı gastroenterite neden olabilir; bunun başlıca nedeni kontamine kümes hayvanı etidir. Çiftçilerin ve mezbahaların Campylobacter türlerinin varlığını tespit etmek için hızlı ve acil bir teste ihtiyacı var. çiftliklerde ve tavuk etinde. Bu projede, Campylobacter türleri için pozitif olduğu bilinen broyler tavuklardan toplanan dışkı ve dışkı örneklerinde Campylobacter jejuni DNA'sını tespit etmek için Polimeraz Zincir Reaksiyonu, Gerçek Zamanlı PCR ve LAMP bazlı bir teşhis yönteminin geliştirilmesi gibi çeşitli yöntemler kullanılmaktadır. Campylobacter spp. içeren DNA. Genomik DNA, tavuk dışkısı, çekal bağırsak içeriği ve C. jejuni kolonileri dahil çeşitli kaynaklardan elde edildi. PCR kullanılarak moleküler analiz, birkaç Campylobacter spesifik diziyi hedefleyen primer çiftleri kullanılarak gerçekleştirildi (primer setleri kullanılarak: Cj-Ox F1/R1, Cj-rpo F1/R1, haritaA F/R, Rcamp F1/R1). PCR reaksiyon koşulları, primer konsantrasyonuna (0,25 ve 0,50 pMul-1) ve MgCl2 konsantrasyonuna (3 ve 4,5 mM MgCl2) göre optimize edildi. PCR sonuçları, bu primer setlerinin Campylobacter DNA'sını başarılı bir şekilde çoğaltma yeteneğinde önemli değişkenlik olduğunu gösterdi. Sonuçlar, genomik DNA ekstraksiyonu sırasında taşınan inhibitörlerin amplifikasyonun başarısında veya başarısızlığında önemli bir rol oynadığını, çünkü DNA'nın etanol ile çökeltilmesinin inhibitörleri uzaklaştırdığını ve DNA numunelerinin ve dolayısıyla inhibitörlerin seyreltilmesinin daha yüksek bir amplifikasyon başarı oranıyla sonuçlandığını gösterdi. Çeşitli Campylobacter türlerini hedef alan C. jejuni DNA'sı üzerinde hem prob hem de SYBR-yeşil bazlı yöntemler kullanılarak gerçek zamanlı PCR analizi gerçekleştirildi. belirli hedefler (Ceu, mapA, RCamp). Aynı sekans (ceu geni) hedeflendiğinde SYBR-green bazlı tekniğin prob bazlı yönteme göre daha iyi sonuç verdiği gözlemlendi. Döngü aracılı İzotermal Amplifikasyon deneyleri, ticari olarak temin edilebilen iki LAMP reaktif kiti ile gerçekleştirildi: bir MAST ISOPLEX DNA Lyo Kiti ve bir Biolabs WarmStart LAMP Kiti. Görsel uç nokta LAMP saptama tekniği, LAMP yönteminin 6 DNA örneğinden 4'ünde C. jejuni'yi tespit ettiğini gösterdi. Daha fazla optimizasyon ve LAMP tekniğinin doğrulanması gereklidir, ancak LAMP'ın çok az ekipman gerektirdiği göz önüne alındığında, bu sonuçlar LAMP'ın gelecekte Campylobacter için hızlı, yerinde teşhis testi olarak rol oynayabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Campylobacter spp. may cause extreme gastroenteritis in humans and animals, the predominant reason being contaminated poultry meat. Farmers and slaughterhouses need a rapid, immediate test to detect the existence of Campylobacter spp. in farms and on chicken meat. This project uses several methods, Polymerase Chain Reaction, Real-time PCR and the development of a LAMP based diagnostic method, to detect Campylobacter jejuni DNA in caecal and faecal samples collected from broiler chickens know to be positive for Campylobacter spp. DNA containing Campylobacter spp. Genomic DNA was obtained from several sources including chicken faeces, caecal gut contents, and C. jejuni colonies. Molecular analysis using PCR was performed using primer pairs targeting several Campylobacter specific sequences (using primer sets: Cj-Ox F1/R1, Cj-rpo F1/R1, mapA F/R, Rcamp F1/R1). PCR reaction conditions were optimised with respect to primer concentration (0.25 and 0.50 pMµl-1), and MgCl2 concentration (3 and 4.5mM MgCl2). The PCR results showed that there was significant variability in the ability of these primer sets to successfully amplify Campylobacter DNA. Results suggested that inhibitors carried over during genomic DNA extraction play an important role in the success or failure of the amplification, as ethanol precipitation of DNA removes inhibitors, and dilution of DNA samples, and thus inhibitors, results in a higher amplification success rate. Real-time PCR analysis using both probe and SYBR-green based methods was performed on C. jejuni DNA targeting several Campylobacter spp. specific targets (Ceu, mapA, RCamp). It was observed that SYBR-green based technique results in a better result than the probe based method when targeting the same sequence, (ceu gene). Loop-mediated Isothermal Amplification assays were carried out with two commercially available LAMP reagent kits: a MAST ISOPLEX DNA Lyo Kit and a Biolabs v WarmStart LAMP Kit. The visual endpoint LAMP detection technique showed that LAMP method detected C. jejuni in 4 out of 6 DNA samples. Further optimisation and validation of the LAMP technique is required, however given that LAMP requires very little equipment, these results suggest that LAMP may have a role as a rapid, on-the-spot diagnostic test for Campylobacter in the future.
Benzer Tezler
- Çocukluk çağı aktif ve latent tüberkülozunun tanısında, idrarda ve kanda bakılan interferon gamma ile indüklenebilir protein 10 (IP-10) testinin yeri
Use of interferon gamma inducible protein 10 (IP-10) test in the diagnosis of childhood active and latent tuberculosis in urine and blood
SALİM CAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NAZAN DALGIÇ
UZMAN AYŞE ŞAHİN
- Multiplex-PCR based screening and computational modeling of virulence factors and T cell mediated immunity in Helicobacter pylori infections for accurate clinical diagnosis
Helicobacter pylori enfeksiyonlarının doğru klinik tanısı için virülans faktörleri ile T hücreye bağımlı bağışıklığın çoklu-PZT ile taranması ve biyoinformatik modellemesi
SİNEM ÖKTEM OKULLU
Doktora
İngilizce
2017
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
PROF. DR. ZÜHTÜ TANIL KOCAGÖZ
- Reinforcement learning-driven ensemble neural networks for heart disease prediction
Kalp hastalığı tahmini için takviyeli öğrenme tabanlı topluluk sinir ağları
ÖZGE HÜSNİYE NAMLI DAĞ
Doktora
İngilizce
2025
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEDA YANIK ÖZBAY
- Kronik hepatit b hastalarında sağlık okuryazarlığı ölçeği geliştirilmesi ve düzeyinin istatistiksel ve makine öğrenmesi yöntemleriyle modellenmesi
Development of a health literacy scale in patients with chronic hepatitis b and modeling of health literacy levels using statistical and machine learning methods
BARIŞ ELALTUNTERİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE YAYLALI
- Abdominal image segmentation and visualization using hierarchical neural networks
Hiyerarşik sinir ağları ile abdominal görüntü bölütleme ve üç boyutlu görüntüleme
MUSTAFA ALPER SELVER
Doktora
İngilizce
2010
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiDokuz Eylül ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CÜNEYT GÜZELİŞ