Data mining studies on the whole genome sequence data of bacillus velezensis (eu07) in purpose of dsrna silence against phytophthora infestans
Phytophthora infestans'a karşı dsrna susturma amacıyla bacillus velezensis (eu07) bütün genom sekans verileri üzerinde veri madenciliği çalışmaları
- Tez No: 855756
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖMÜR BAYSAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Mikrobiyoloji, Biyoistatistik, Molecular Medicine, Microbiology, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoinformatik Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Dünya nüfusunun artmasıyla beraber çevre kirliliği, iklim değişikliği, barınma ihtiyacının karşılanması için tarım arazilerinin tahribatı gibi birçok sorun meydana gelmiştir. Nüfusun artmasıyla beraber artan tarım ihtiyacı büyük bir sorun haline gelmiştir. Tarımsal kimyasalların bilinçli ya da bilinçsiz kullanımı, gübrelerin, herbisitlerin ve fungisitlerin bilinçsiz kullanımı ekolojik dengeyi büyük ölçüde etkilemektedir. Sürdürebilir tarımsal müdahalelerle hem ürün verimliliği artırabilir hem de çevre kirliliği gibi birçok sorunun önüne geçilebilir. Bilim ve teknolojinin ilerlemesiyle birlikte biyoinformatik alanında son derece önemli gelişmeler kaydedilmesi sürdürebilir tarımda da oldukça önemli bir yere sahiptir. Sürdürebilir tarımda kullanılacak olan mikroorganizmanın konakçı, patojen, hastalık, çevre gibi faktörle etkileşiminin bilinmesi oldukça önem arz etmektedir. Biyoinformatik, herhangi bir organizmanın genomunun bugüne kadar hiç bilinmeyen özelliklerinin ortaya çıkarılmasında son derece işlevseldir. Bu bağlamda antisens RNA teknolojileri ile herhangi bir mikroorganizmanın genlerini susturmak için antisens RNA teknolojileri kullanılırken, bu çalışmada ilk defa farklı bir durum denenmiştir. Bakterinin kendi içerisinde bu amaçla ürettiği genleri belirleyebilecek ve transkripsiyon düzeyinde patojenin virülans proteinlerini kodlayacak aday gen dizilerinin olup olmadığını tespit etmek amacıyla eşleştirme yapılmıştır. Phytophthora infestans'a karşı dsRNA silencing amacıyla Bacillus velezensis (EU07) genom sekansı ile veri madenciliği yapılmıştır. Ve bu çalışma Phytophthora infestans'ın neden olduğu“geç yanıklık”hastalığında biyoinformatik tabanlı tarımsal biyoteknolojinin kullanıldığı ilk çalışma olma özelliğini taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
Many problems such as environmental pollution, climate change, and the destruction of agricultural lands to meet the need for shelter have occurred with the increase in the world population. The increasing need for agriculture has become a major problem. Conscious or unconscious use of agricultural chemicals, including fertilizers, herbicides and fungicides, greatly affects the ecological balance. Both product efficiency and many problems, such as environmental pollution, can be prevented with sustainable agricultural interventions. Extremely important developments in the field of bioinformatics have a very important place in sustainable agriculture with the advancement of science and technology. It is very important to know the interaction of the microorganisms to be used in sustainable agriculture with factors involving host, pathogen, disease and environment. Antisense RNA technologies are used to silence the genes of any microorganism with antisense RNA technologies. Bioinformatics is extremely functional in revealing the hitherto unknown features of the genome of any organism. In this context, a different situation was tried for the first time in this study. Match-in was performed to identify the genes of the bacterium and to determine whether there were candidate gene sequences encoding the virulence proteins of the pathogen at the transcription level. Therefore, data mining was performed with the Bacillus velezensis (EU07) genome sequence for dsRNA silencing against Phytophthora infestans. This is the first study in which bioinformatics-based data mining approach was used in assessing candidate genes in bacterial genome matching with pathogen's genome in purpose of ds RNA silencing to control of the“late blight”disease caused by Phytophthora infestans.
Benzer Tezler
- Genom sekanslama yöntemi ile Türkiye denizlerinde dağılım gösteren istavrit türlerine özgü (Trachurus mediterraneus, Trachurus trachurus, Trachurus picturatus, Perciformes: Carangidae) SNP marker geliştirilmesi
Development of SNP markers with genome sequencing method for trachurus species (Trachurus mediterraneus, Trachurus trachurus, Trachurus picturatus, Perciformes: Carangidae) distributed in Turkish seas
ZEHRA DUYGU DÜZGÜNEŞ
Doktora
Türkçe
2025
GenetikRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERKAN GÜL
PROF. DR. YUSUF BEKTAŞ
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- Diesel motorları yakıt püskürtme sistemlerinin dinamik simülasyonu
Başlık çevirisi yok
İRFAN KARAGÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Makine MühendisliğiUludağ ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OĞUZ BORAT
- Doğuştan kalça çıkıklı hastalarda kalça patolojilerinin bilgisayarlı tomografi ile değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
NECDET ŞÜKRÜ ALTUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Ortopedi ve TravmatolojiGazi ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ORHAN ASLANOĞLU
- İşletmelerde veri örgütlenmesi ve yönetim açısından bilgi sistemleri
Başlık çevirisi yok
FAHAMET TOPALOĞLU