Investigation of in silico anticancer potential of selected natural products potent modulators of epidermal growth factor receptor
Bazı doğal bileşiklerin epidermal büyüme faktörü reseptörü üzerine potansiyel modülatör etkilerinin in silico araştırılması
- Tez No: 856804
- Danışmanlar: PROF. DR. İDRİS ARSLAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mühendislik Bilimleri, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 67
Özet
Kanser hastalığı günümüz dünyadasındaki en ölümcül hastalıkların başında gelmektedir. Kanser vücudumuzda bulunan hücrelerin kontrolsüz bir şekilde bölünmesini ve hücre bölünmesi dinamiklerinin bu bölünmeyi kontrol edemeyişini ifade etmektedir. Kontrolsüz bölünen hücrelerin vücuda yayılarak başka organlarda bölünmeye devam etmesi metastaz olarak adlandırılmaktadır. Aslında kanser ölümlerinin >90% oranında metastazdan kaynaklanmaktadır. Hücre bölünmesini control eden çok sayıda inta- ve ekstrasellular ajan vardır. Büyüme faktörleri tıpkı hormonlar gibi hücreler için sinyal taşıyan aracı moleküllerdir. Epidermal Büyüme Faktörü Reseptörü proteini hücre yüzeyinde bulunan ve hücre bölünmesini kontrol eden ağa sinyal gönderen önemli bir proteindir. Bazı kanser türlerinde EGFR proteinin aşırı ifade edildiği ve kanseri tetikleyen mekanizmalardan birisi olduğuna dair güçlü kanıtlar vardır. Kanser tedavisinde kullanılan afitinib ve gefitinib ilaçlar FDA tarafından onaylanmış ve EGFR hedefli ilaçlardır. Doğal bileşikler canlı organizmalarca üretilen etkin ve biyoaktif ajanladır. Birçok ilaç tasarımında doğal ilaçlardan faydalanılmıştır. Bu tez çalışmasında; triterpenoid bileşiklerden olan ve üzerinde çok sayıda bilimsel çalışma yapılan betulinik asit ve ursolik asit bileşiklerinin doğal ve Klik Kimyası yöntemiyle sentezlenmiş kimi türevlerinin olası EGFR düzenleyici etkisi araştırılmıştır. Araştırmada; moleküler kenetlenme ve serbest bağlanma enerjisine bağlı affinitenin hesaplanmasında kullanılan bilgidayar algoritmaları kullanılmıştır. Çalışmada elde edilen sonuçlara göre tüm seçilen ligandlar EGFR proteinine farklı oranlardaki güçlükte bağlanabilmiştir.
Özet (Çeviri)
Cancer can be shortly described as a disorder in multicellular organisms in which some of the cells grow abnormally and spread to other organs of the body called metastasis. It can embark on almost any tissue in the human body. Normally, human cells grow and multiply by means of tightly controlled cell division to generate new cells as the body requires them. Actually, metastasis makes up the main cause of death for approximately more than >90% of patients with cancer. Drug discovery dates back to the ancient times of human civilization. Historically, treatments and/or new medicines were generally discovered by chance or through observation of their therapeutic effect on disease phenotypes, either directly in humans or in models of disease. However, modern drug discovery research depends on pre-clinical (basic research) and clinical trials and includes expensive and complicated processes. Natural products are a great group of secondary metabolites produced by living organisms to optimize nature. Natural sources such as terrestrial higher plants, fungi, bacteria, and marine organisms synthesize the metabolites to adapt the their microenvironments. To date, many FDA approved drugs have been discovered for therapeutic use from natural sources, including Taxol (paclitaxel), vincristine/vinblastine (anticancer), fingolimod (multiple sclerosis), cyclosporine and doxorubicin (immunosuppressant). Nowadays, naturally occurring compounds are a great reservoir for drug discovery and design. In this MSc thesis, we have focused on potential modulatory activities of triterpenoid-based natural products and their derivatives by Click Chemistry towards epidermal growth factor receptor (EGFR) protein through computed-aided screening. Our findings revealed that azole derivatives of betulinic acid and ursolic acid showed significantly binding affinity on EGFR protein by molecular docking
Benzer Tezler
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- SCARA5 reseptörünün SRCR bölgesinin hesaplamalı yapısal modellenmesi ve bilgisayar temelli ilaç tasarım yöntemi kullanılarak geliştirilecek reseptör bloker'ının MCF-7 insan meme kanser hücre hattındaki sitotoksik etkilerinin in vitro araştırılması
Computational structural modelling of the SRCR region of the SCARA5 receptor and in vitro investigation of the cytotoxic effects of a receptor blocker developed by using computer-based drug design method in MFC7 human breast cancer cell line
ORHAN KOÇAK
- Antimikrobiyal peptitlerin antikanser özelliklerinin In Siliko yöntemler ile araştırılması
In Silico investigation of anticancer properties of antimicrobial peptides
AHMET OZAN ÖZGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DEVRİM DEMİR DORA
- Crossıella sp. SN42'nin prostat kanseri hücre hattı üzerindeki sitotoksik potansiyelinin araştırılması
Investigation of the cytotoxic potential of crossiella sp. SN42 in prostate cancer cell line
YEDA KELEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SERCAN ERGÜN
DOÇ. DR. HİLAL AY
- Hedefe dayalı sanal tarama yöntemleri ile yeni allosterik shp-2 inhibitör adaylarının keşfi ve biyolojik etkinliklerinin araştırılması
Discovery of novel allosteric shp-2 inhibitor candidates by structure-based virtual screening methods and investigation of their biological activities
MİNE İSAOĞLU