Developing mutants of negative regulator of immune response gene (CPL-3) in tomato using CRISPR/Cas9
CRISPR/Cas9 kullanarak domatesde bağışıklık duyarlı genın (CPL-3) negatıf regülatör mutantlarının gelıştırılmesı
- Tez No: 859102
- Danışmanlar: DOÇ. DR. UFUK DEMİREL, DOÇ. DR. ALLAH BAKHSH JOIYA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 188
Özet
Bakteriyel enfeksiyonlar domates üretimi için önemli bir tehdit unsurudur ve bitkinin biyokimyasal ve moleküler özelliklerini etkiler. Bu çalışma, önde gelen ticari domates çeşitlerinde (Rio-grande, Sazlıca ve Falcon) RNA Polimeraz II (RNAP) C-Terminal Domain Phosphatase-like 3 (SlCPL-3) genlerinin tanımlanmasını ve karakterizasyonunu amaçlamaktadır. 11 ekzondan oluşan SlCPL-3 geni, CPDC ve BRCT olmak üzere iki protein altünitesini kodlar. Bu çalışmada, çeşitli biyoinformatik araçlar kullanılarak, tahmine dayalı bir 3 boyutlu yapı ve fosforilasyon potansiyelinin araştırılması gerçekleştirilmiştir. Domateslerdeki mutant gelişimi, Pst DC-3000'i bulaşıcı patojen olarak kullanarak, biyotik stres altında CPL-3 gen ekspresyonunun araştırılmasına olanak sağlamıştır. Çalışmadan elde edilen sonuçlar, bakteriyel stres altında SlCPL-3 geninin aktivasyonunu ve çeşitli zaman aralıklarında artan gen ekspresyonu ortaya çıkarmıştır. Mutant bitkiler, yabanıl tip bitkilerle karşılaştırıldığında daha düşük CPL-3 ekspresyonu sergilemiş; bu durum, biyotik stresle bağlantılı bir markör olan PR-1 geninin giderek azalan ekspresyonuyla tamamlanmıştır. Bu bulgular, CRISPR/Cas9 yöntemiyle CPL-3 genini hedeflemenin, başta bakteriyel patojenler olmak üzere çeşitli biyotik stres faktörlerine karşı bitki direncini arttırma konusunda umut vaat ettiği hipotezini desteklemektedir.
Özet (Çeviri)
Bacterial infections pose a substantial threat to tomato production, impacting the biochemical and molecular attributes of the crop. This study elucidates the identification and characterization of RNA Polymerase II (RNAP) C-Terminal Domain Phosphatase-like 3 (SlCPL-3) genes in prominent commercial tomato cultivars (Rio-grande, Sazlica, and Falcon). Comprising 11 exons, the SlCPL-3 gene encodes two protein domains, CPDCs, and BRCT. Employing various bioinformatic tools, a predictive 3-D structure and an exploration of phosphorylation potential were conducted. Mutant development in tomatoes allowed an exploration of CPL-3 gene expression under biotic stress, utilizing Pst DC-3000 as the infectious pathogen. Results unveiled the activation of the SlCPL-3 gene during bacterial stress, with upregulated expression observed across various time intervals. Mutant plants exhibited diminished CPL-3 expression compared to wild-type plants, complemented by a subsequent reduction in PR-1 gene expression a marker linked with biotic stress. These findings support the hypothesis that targeting the CPL-3 gene through CRISPR/Cas9 holds promise for enhancing crop resilience against bacterial pathogens.
Benzer Tezler
- Identification and targeting of deregulated metabolic pathways in metastatic prostate cancer cells
Metastatik prostat kanseri hücrelerinde deregüle edilen metabolik mekanizmaları ortaya çıkarmak ve hedeflemek
IRMAK KAYSUDU
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ÇİZMECİOĞLU
- Investigation of baff expression and signaling pathway in Helicobacter-infected gastric epithelial cells on molecular level
Helikobakter – infekte mide epitel hücrelerinden baff üretiminin ve sinyal yolağının moleküler düzeyde araştırılması
MİRAY KARAYILAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Investigation of the interactions between NFIB and potential binding partners MAD2B and ATXN3
NFIB proteininin potansiyel bağlanma partnerleri olan ATXN3 ve MAD2B ile etkileşiminin araştırılması
EDA YILMAZYILDIRIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- Kapalı kapsüllü susam mutantlarının fertilite düzeylerinin karşılaştırılması
Comparison of the fertility levels of the closed capsule sesame mutants
ŞEN İNAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
ZiraatAkdeniz ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. M. İLHAN ÇAĞIRGAN
- Rosaceae familyasına ait bazı türlerden elde edilen ekstraktların, pestisit genotoksisitesine karşı antigenotoksik etkisinin araştırılması
Investigation of the antigenotoxic effect of extracts from some species of the rosaceae family against pesticide genotoxicity
HATİCE POYRAZ
Doktora
Türkçe
2024
GenetikNevşehir Hacı Bektaş Veli ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜBEYDE KUMBIÇAK